נולד בשנת 1856 בעיר מוהילב שבאימפריה הרוסית (כיום בבלארוס) לאביו הלל הכהן כהנא כגן ולאמו רבקה לבית ורהפטיג. הלל כגן ורבקה היו בני דודות, אמותיהם היו בנותיו של הרב יצחק גולדברג ורעייתו חסיה מקלצק, בלרוס.[1][2][3]בהמשך עברה המשפחה לסנקט פטרבורג, ואביו הלל כגן התפרנס ממסחר. בשנת 1882 נשא לאשה את שפרה-בתיה לבית פבזנר, אחותו של שמואל יוסף פבזנר. בני הזוג הכהן עברו להומל שבלארוס, שם עסק מרדכי בן הלל הכהן בתעשייה ובמסחר של מוצרי עץ.
במלאת 150 שנה להולדתו פורסמו יומניו ("יומנים 1934–1936").
הסופר אשר ברש מתאר את הכהן בספרו "כעיר נצורה" בדמותו של ליש בן פלתיאל.
גם ש"י עגנון מזכיר אותו בספר "תמול שלשום" כדמות חשובה ביפו של ראשית המאה ה-20.[7]
נפטר בשנת 1936 בחיפה, והובא למנוחות על פי צוואתו בבית העלמין בבנימינה.
משפחתו
ארבעה בנים היו למרדכי ושפרה-בתיה הכהן: הלל, שמעון, שמואל[8] ודוד; ושלוש בנות: דינה, רוזה וחנה. בנו, דוד הכהן, היה לימים חבר שש הכנסות הראשונות. בתו חנה נישאה למנהיג הציוניארתור רופין. בתו רוזה גינוסר-גינצבורג, שהייתה עורכת הדין הראשונה בארץ, נישאה לבנו של אחד העם, שלמה גינוסר-גינצבורג. כלתו נחמה זלטובסקי-הכהן (אשת שמעון הכהן), שהייתה חברה ב"הגנה", נרצחה בהתקפה על אוטובוס 2094 ונחשבת להרוגה הראשונה במלחמת העצמאות.[9] בתו דינה נישאה ללואי ברושה, צרפתי קתולי שהיה רופא ווטרינר. בעקבות התנגדותו של אביה לנישואין אלו, התגייר החתן בגיור רפורמי. בתקופת מלחמת העולם השנייה הסתתרו דינה ובתה הלן בכפר בדרום צרפת, ולאחר המלחמה עלו דינה ובעלה עם משפחתם לארץ ישראל. הם התיישבו בבנימינה אך בשל מחלה שתקפה את לואי, שבו לצרפת. הנכדה הלן נישאה לקצין יהודי בריטי בשם מארמוט.[10]
מבקר עד ערב: ספר יובל לר' מרדכי בן הלל הכהן במלאת חמשים שנה לעבודתו הספרותית, תרל"ד-תרפ"ד (תשורה מאת ידידיו ומכבדיו), ירושלים: מדפיס, תרפ"ה. (התוכן: I: מבקר עד ערב: המאמר הראשון וקטע מספר האחרון של חתן היובל. II: מרדכי בן הלל הכהן: ביוגרפיה וביבליוגרפיה מאת ז’ פישמן. III: תרל"ד-תרפ"ד מאמרים שונים. VI: חגיגת היובל. V: מכתבים ותלגרמות של ברכה מסופרים, עסקנים ומוסדות.)
צבי קרול (עורך), אור לעת ערב: ספר יובל לר' מרדכי בן הלל הכהן: במלאת ששים שנה לעבודתו הספרותית: תרל"ד-תרצ"ד, ירושלים: דפוס הספר, תרצ"ד.
לקריאה נוספת
'הכוהן, מרדכי (בן־הלל)', בתוך: דוד קלעי, ספר האישים: לכסיקון ארצישראלי, תל אביב: מסדה – אנציקלופדיה כללית, תרצ"ז, עמ' 175–177. (הספר בקטלוג ULI)