ממשלת המעבר האתיופית מתייחסת לכינוי לתקופה שלאחר השתלטות ארגוני המורדים בראשם קואליציית המורדים האיחדג, תקופה זו מתחילה מהשתלטות המורדים על אתיופיה ב-27 במאי1991 ועד אימוץ החוקה החדשה וההכרזה על הרפובליקה הדמוקרטית הפדרלית של אתיופיה בדצמבר1994. תקופה זו היא למעשה תקופה שמאופיינת בסכסוכים צבאיים בין ארגוני הגרילה לבין הממשלה ומפלגת האיחדג בנוסף למשבר בכלכלה האתיופית ושינוי לכלכלה קפיטליסטית נוסח ארצות הברית, בתקופה זו אתיופיה למעשה מאבדת את גישתה לים האדום מאחר שמשאל העם על עצמאות מחוז אריתריאה עבר ברוב גדול. ההיסטוריה הנוכחית של אתיופיה היא למעשה תוצר של תקופה זו. ב-1993 גם מדינת אריתריאה קיבלה את עצמאותה ממנה באופן רשמי.
אחרי שהצליחו להשיג שליטה, המנהיגים האתיופים והאריתריאים היו במערכה של עימותים כלכליים-פוליטיים, ובעיות ביטחון שאיימו להכניע את שתי הממשלות חדשות. מלס זנאווי ואיסאייס אפוורקי לקחו על עצמם לפתור בעיות אלה. על מנת להשיג את המטרות האלה, שתי הממשלות אימצו אסטרטגיות דומות, שהתרכזו בפיוס לאומי, דמוקרטיזציה סופית, יחסים טובים עם המערב, מערך סוציאלי והתפתחות כלכלית. כל מנהיג, אף על פי כן, נקט בטקטיקה שונה על מנת לבצע את השינוי.
אף על פי שבמוצהר הייתה זו ועידה פתוחה, האיחדג שלט באופן הדוק על התהליכים. הוועידה אימצה צ'רטר לאומי, שנחתם על ידי נציגים של כשלושים ואחת מהקבוצות הפוליטיות, ובכך הקימו את ממשלת המעבר האתיופית, שהורכבה מענפים מבצעיים ומחוקקים, ואישרו את ההסכם בין השעביה לאיחדג שהפכה את העיר אסאב לנמל חופשי תמורת משאל עם על עצמאות אריתריאה בתוך שנתיים. ממשלת המעבר הורכבה ממשרדים של הנשיא, ראש הממשלה ומועצת שרים מולטי-אתנית שמנתה שבעה עשר חברים. על מנת להבטיח נציגות פוליטית רחבה, מועצה של שמונים ושבעה חברים נוצרה, שתבחר את הנשיא החדש, תחוקק חוקה חדשה, ותנהל מעבר לממשלה לאומית חדשה. חברי האיחדג מנו שלושים ושניים משמונים ושבעת המושבים במועצה. אבו קיבלה שנים עשר מושבים, דדאוו והתנועה הדמוקרטית העממית האתיופית כבשו כל אחת עשרה מושבים. עשרים ושבע קבוצות אחרות זכו במושבים הנותרים.
הצ'רטר הלאומי יצר עיקרון למה שצפוי היה להיות בתקופה של כשנה וחצי עד שנתיים של תקופת המעבר. הצ'רטר קרא ליצירה של טיוטה לחוקה חדשה שתיכנס לתוקף עד תחילת 1995. וגם חייב את ממשלת המעבר לנהל בהתאמה עם ההצהרה העולמית של האו"ם לזכויות אדם ולא להתערב בעניינים פנימיים של מדינות סמוכות. הצ'רטר הכיר את בזכות של כל העמים באתיופיה להגדרה עצמית, בהקשר של פדרליזם אתני, וקראה ליצירה של מחוזות ומועצות אזוריות על הבסיס האתני. הוועידה הלאומית הייתה צעד ראשון בשחזור של ממשלה לגיטימית מרכזית. עם סוף מלחמת האזרחים בכל רחבי הארץ, המטרות המרכזיות היו פיתוח כלכלי והבעיה האריתריאית שבה אתיופיה תפסיד לבסוף את הנמלים בים סוף.
תחת הסדר החדש, מועצת הנציגים בחרה במלס זנאווי לנשיא של ממשלת המעבר, על מנת לבצע את התנאים המנהליים של הצ'רטר הלאומי, ממשלת המעבר חילקה את המדינה לשמונה אזורים עצמאיים מבוססים אתנית והכרה בשלוש ערים עצמאיות שהם מולטי-אתניות אדיס אבבה, דירה דאווה והרר. העמים הגדולים האמהרים, האורומו, סומלים, תגרים והעפרים קיבלו מחוז עצמאי משלהם, בעוד שהעמים הקטנים קובצו יחד למחוזות משולבים מדינת האומות, הלאומים ועמי הדרום, בנישנגול-גומאז וגמבלה. כל מחוז הכיל מספר נפות ותתי נפות. המחוז הגדול ביותר הוא של האורומו שהכיל כ- 220 פלכים, המחוז הגדול אחריו היה של האמהרים שהכיל 126 מתוך 600 הפלכים שבאתיופיה. תחת המערכת הזאת, כל אחד מה מחוזות היה אחראי על חוקים אזוריים וסמכות שיפוטית מעל הקהילות מקומיות, בזמן שהממשלה המרכזית נשארה אחראית על עניינים צבאיים, ענייני חוץ, מדיניות כלכלית, דרישות אזרחות, ומטבע.
על מנת לאייש את היחידות המנהליות החדשות, ממשלת המעבר קבעה בחירות לאומיות. התאריך הרשמי לבחירות היה בתחילה 1991 אך נדחה מסיבות פוליטיות מנהליות לתוך 1992. עד אז, הרשויות רשמו כמעט יותר מ-200 מפלגות פוליטיות שהציגו את מועמדותם בבחירות, רק למעט מהם, הייתה השפעה משמעותי בלעצב את שיטת הממשל. ממשלת המעבר החלה בבחירות מקדימות לוועדות של הרשויות המקומית באפריל ובמחוזות ב-21 ביוני 1992.
בעיות ביטחון מנעו מהבחירות להתקיים בכמה אזורים, ובאופן ניכר בעפר, סומלי והררי. קבוצה של כ-250 משקיפים של האו"ם הסיקו שהבחירות של יוני סבלו ממספר ליקויים רציניים, שכללו היעדרות של תחרות אמיתית, הפחדה של מפלגות ומועמדים, השבתה של משרדי מפלגה פוליטיים, ואפילו ירי על מועמדים. המשקיפים טענו שבעיות מנהליות לוגיסטיות ושונות קלקלו את התהליך של הבחירות ושרבים מהאוכלוסייה לא הבינו מדוע הבחירות נחוצות. כתוצאה מכך, כמה מפלגות פוליטיות, כמו אבו, הארגון העממי הכלל-אמהרי והארגון הדמוקרטי העממי של גידאו, הורידו את מועמדותם כמה ימים לפני הבחירות. ב-22 ביוני ארגון אבו פרש מהממשלה ופנה למאבק מזוין. למרות כל זאת ממשלת המעבר קיבלה את התוצאות הבחירות, על אף שהקימה ועדה לחקר האי סדירויות.
בזירה הכלכלית, ממשלת המעבר ירשה מדינה במשבר, בנאום הציבורי הראשון של מלס זנאווי אחרי שהאיחדג הצליח להשתלט על אדיס אבבה הכריז שקופת המדינה ריקה, לא מספיק צרות אלו יותר משבע מיליון בני אדם היו בסכנת רעב בעקבות הבצורת ומלחמת האזרחים. סטטיסטיקות כלכליות שיקפו את ההערכה הזאת, ובשנת כספים האתיופית של 1990 ו 1991, התל"ג ירד בכ 5.6 אחוז, הירידה הגדולה ביותר מאז הבצורת של 1984.
על מנת לפתור את הבעיות האלה, ממשלת המעבר נטשה את השיטות הנכשלות של מנגיסטו. התחלה הייתה לפרק את המערכת כלכלית הנוכחית עם כלכלת שוק קפיטליסטית חופשית ופרטית. בדצמבר1992 אומץ שיטה כלכלית חדשה הממשלה לקחה תחת שליטתה סקטורים כלכליים מהותיים כמו בנקאות, ביטוח, נפט, מכרות, ותעשיות כימיות. אף על פי כן, קימעונות, תחבורה ציבורית, ייצאו וחקלאות. בזמן שעסקים קטנים הופרטו, החקלאות קיבלה תשומת הלב והשקעה. עד 1993 חוות המדינה של תקופת מנגיסטו פורקו והופרטו. אתיופיה התחילה לקבל עזרה כלכלית מכמה מקורות, כוללת מאירופה, הבנק העולמי, יפן, קנדה, וארצות הברית. התפתחויות כמו אלה סיפקו יסוד סולידי לשיפור כלכלי של רווחי העתיד וב 1993 היו עדיין בשיאם. בעקבות זאת היה ברור שאתיופיה תישאר אחת המדינות העניות בעולם בעתיד הצפוי מראש.
אתיופיה: בעיות ביטחון
אחד הבעיות הכי רציניות של ממשלת המעבר היו אי היכולת שלה לשמור על הביטחון ברחבי אתיופיה. אחרי שהחזית המהפכנית עלתה לשלטון, היא פירקה את הצבא האתיופי שמנה כ-440,000 חיילים. כתוצאה מכך, כמה מאות אלף אנשי צבא לשעבר פנו לפשע כדרך חיים. רבים מהחיילים לשעבר תרמו לאי יציבות באדיס אבבה וחלקים במזרח בדרום ובמערב אתיופיה. על מנת לפותר את הבעיות האלה, ממשלת המעבר יצרנ את הוועדה לשיקום חיילים ומתנדבי מלחמה, באמצע 1993 הארגון טען שעזר בשיקום של יותר מ 159,000 חיילים לשעבר בתחומים חקלאיים שונים. בנוסף, פקידים טענו שהם המשיכו לספק עזרה לכ-157,000 חיילים לשעבר שחיו במרכזים עירוניים שונים.
אורומיה: באמצע 1991 כוחות הממשלה התנגשו ביחידות של אבו בדרום מערב דירה דאווה על הזכויות לאסוף הכנסות של צמח הגאת שנלעס באופן פופולרי בקרן אפריקה ובתימן. אף על פי ששתי הקבוצות חתמו הסכם שלום באוגוסט, המתחים עדיין התקיימו, והלוחמה המשיכה בסביבות דירה דאווה והרר שהסתיימה בשנה זו. ב 1992 היחסים בין האיחדג לאבו המשיכו להתדרדר, עם עימותים מזוינים שהתרחשו ברחבי מערב ומזרח אתיופיה. אחרי שאבו נפסלה ממועמדות בבחירות על ידי הממשלה ביוני, לחימה כוללת התרחשה בדרום ודרום מערב המדינה, אך כוחותיה היו חלשים על מנת להחזיק את המאמץ ליותר מכמה שבועות. באפריל1993 הארגון הודיע שוב פעם שהרחיב את המבצעים שלו, אך משקיפים רבים פיקפקו בהכרזה זו וביכולת של ארגון זה לבצע פעולות צבאיות יעילות כנגד הממשלה.
עפר: ממשלת המעבר נלחמה בבעיות גם כנגד העפרים הכפריים שיושבים בעמקים עד לחוף של ים סוף באריתריאה, במיוחד במשך השנה הראשונה. בספטמבר1991 מספר עפרים תקף משאית מזון ליד העיירה מייל שממוקמת על הדרך שבין אדיס אבבה לעסב והרגו כשבעה בני אדם. על מנת להחזיר את הביטחון באזור האיחדג יצאה בקמפיין צבאי באזור וירתה במתפרעים הכפריים. מאז, יחסי האיחדג והעפרים נשארו מתוחים. כמה מהעפרים שיתפו פעולה עם ארגון אבו אך רבים מהם הצטרפו לתנועה לשחרור עפר, שבתחילת שנת 1993 טענה שהיא מונה כ-2,500 חברים.
דירה דאווה: באזור זה ממשלת המעבר נלחמה כנגד החזית לשחרור גורגורה ויסה. ב-4 באוקטובר1991 הייתה התנגשות מזוינת בין כוחות הממשלה לבין ארגון זה, המתקוממים יצאו בהשבתה זמנית של הרכבת בין ג'יבוטי לאדיס אבבה בתחנת דירה דאווה והפריעו בסחר שבין אתיופיה לג'יבוטי השכנה. הלחימה הפריעה להפצה של מזון לכמעט מיליון פליטים במזרח אתיופיה. בתחילת 1992 ארגון זה סירב להכיר בשלטון האיחדג באזור המאוכלס ביסים בדירה דאווה. עד 1993 תנועת הרכבות בין אתיופיה לשכנתה ג'יבוטי לא הופרע.
אמהרה: במשך יולי וספטמבר1991, האיחדג ניהל מספר קרבות באזורי גוג'אם ובגמדר שבצפון אתיופיה כנגד ארגון היחאפה, הפלג הפוליטי העיקרי שהוצא אל מחוץ לחוק.
גמבלה: האיחדג לחם כנגד החזית העממית לשחרור גמבלה, שטענו על הזכות לשלוט באזור ללא התערבות האיחדג. נפילת שלטונו של מנגיסטו יצר משבר לכ-500,000 סודאנים שחיו במחנות פליטים בגמבלה ובסביבתה. אף על פי שהממשלה החדשה טענה שהם יכלו להישאר באתיופיה, כמעט כל הפליטים, פוחדו מפעולות התגמול בשביל לספח האזור לסודאן וכנגד מיליטנטים מקומיים וסודאנים שהאיחדג ניהל כנגדם מאבק. כתוצאה מכך בתחילת שנת 1992 נשארו רק כ-15,000 פליטים סודאניים במערב אתיופיה.
מדינת האומות, הלאומים ועמי הדרום: במחוז זה, הפשע היה בעיית הביטחון העיקרית. במרץ 1992 חיילי האיחדג עצרו 1,705 שודדים חמושים ולכדו אלפי כלי נשק, כולל מקלעים, משגרי רקטות ורימונים. חרף פעולות אלו, משקיפים מערביים האמינו שבעיות ביטחון אלו ימשיכו להטריד את השלטון של האיחדג בעתיד הצפוי מראש בגלל המספר הגדול של המובטלים בדרום המדינה.
בניגוד לתנועות והארגונים באתיופיה, באריתריאה כמעט כל האריתראים תמכו בשעביה ובמטרותיה. שנתיים לאחר ההשתלטות על אריתראיה, השעביה הקימה את הממשלה המחוזית האריתראית וגירשה את כל החיילים והפקידים האתיופים למחוז תיגראי. באוקטובר1992 ממשלת אריתריאה פתחה את בתי הספר וחודשים לאחר מכן הקימה מערכת משפט עצמאית, פעולות אלו נעשו לאחר שארגון השעביה הוציא צו שירות לאומי לכל אזרחי אריתריאה שקרא להם לבנות מחדש את המדינה ולהתנדב בצבא, במשטרה, כפקידי ממשלה, מורים ורופאים.
בנוסף לכך לאחר הפלת משטרו של מנגיסטו האיחדג והשעביה נוסחו הסכם ב-1991 על קיום משעל עם לעצמאות אריתריאה לאחר שנתיים. ב-1993 החל משעל העם באריתריאה. תוצאות המשעל שהחל ב-23 באפריל ועד 25 באפריל1993 היו תמיכה של 99.8%, משקיפי האו״ם שנכחו בקלפיות אישרו שהמשאל עבר ללא תקלות, מספר שעות לאחר פרסום התוצאות המדינות ארצות הברית, מצרים, איטליה וסודאן הכירו במדינה החדשה ואריתראה הצטרפה לארגון האומות המאוחדות.
ביוני1994 הבוחרים אתיופיים בחרו נציגים לאספה המחוקקת, שהייתה אחראית על כתיבת חוקה דמוקרטית חדשה. האיחדג קיבלה 484 מתוך 547 מושבים באספה. החוקה החדשה שתיתן זכויות מיוחדות לקבוצות אתניות השונות באתיופיה אושרה בדצמבר, ונעשתה יעילה רק באוגוסט1995. במאי1995 גוף מחוקק חדש, בית הנבחרים האתיופי, נבחר עם רוב המושבים שאוישו על ידי האיחדג. באוגוסט האספה המחוקקת העבירה רשמית את כוחה לבית המחוקקים החדש, והמדינה שינתה את שמה ל-רפובליקה הדמוקרטית הפדרלית של אתיופיה. באותו חודש בית המחוקקים בחר במלס זנאווי לכהן כראש הממשלה. בנוסף לכך ב-1994 בית המשפט האתיופי החל בתהליכים פליליים נגד חברים ותומכים של שלטון מנגיסטו בעבירות שביצעו במשך ואחרי הטרור האדום והטיהורים. עד 1997 יותר מ 5,000 חשודים הואשמו בפשעי מלחמה כמו עינויים, רצח, ורצח עם. תביעה החלה ב 1996 כנגד 73 חברי הדרג לשעבר, 23 מהם כולל מנגיסטו, נשפטו בהיעדרם. קבוצות זכויות אדם ביקרו את העובדה שרבים מהחשודים שכולל יותר מ-2,000 נכלאו בבית סוהר ללא משפט מאז שנת 1991.