בתחילת שנות ה-90 עבר לתל אביב והקים בה כולל בשם "מכתם לדוד". כעבור זמן התמנה לרב שכונת נחלת יצחק ורב בית הכנסת "הפועל המזרחי". במקביל שימש במשך תשע שנים כר"מ בישיבת אור עציון. בתקופה זו כיהן כחבר בוועדת הכשרות של הרבנות בתל אביב, הקים בה בית הוראה טלפוני והופקד על תחום כשרות בתי המלון בעיר.
בשנת ה'תש"נ (1990) הקים את עמותת "אביב התורה" והוא עומד בראשה. העמותה מעודדת מחנכים דתיים להתגורר בתל אביב ולהשתלב בחינוך הדתי בה, מפעילה גני ילדים וצהרונים שבהם לומדים יחד ילדים דתיים וחילונים, וכן מדרשה שמקיימת ימי לימוד תורה שבועיים לנשים מהעיר ומחוץ לה.
בשנות העלייה מברית המועצות לשעבר בשנות ה-90 פעל לצד תנועת ויצו תל אביב לקליטת עולים בשכונה. מאז שנת ה'תש"ס (2000) משמש כיועץ הלכתי לעמותת "רעות" המפעילה בתי אבות ובית חולים סיעודיים בתל אביב ובירושלים. הוא חבר בוועדת הלסינקי של משרד הבריאות. בשנת 2007 הקים את פרויקט "עולים בהצלחה" לקליטת יהודי אתיופיה ביפו והביא למינויו של רב קהילה בן העדה הפועל לצדו למען הקהילה המקומית.[4]
הרב הראשי האשכנזי בפתח תקווה
בכ"ח שבט ה'תשע"ב (21 בפברואר2012) נבחר ברוב גדול לתפקיד הרב הראשי האשכנזי של פתח תקווה,[5] לצד עמיתו הרב בנימין אטיאס, הרב הראשי הספרדי.[6] הקים בעירו מערך כשרות ייחודי, במסגרתו תאגיד כשרות אשר כפוף באופן שוטף לדרישות הרבנות המקומית, מעסיק ומפעיל משגיחי כשרות, כך שהמשגיחים אינם מקבלים את משכורתם מבתי העסק.[7]
בשנת התשע"ו (2016) עמד בראשות ועדה מיוחדת מטעם הרבנות הראשית לבחינת מערך הכשרות בישראל.[8] באותה שנה, בשל מחלה, העביר הרב יעקב אדלשטיין את סמכויותיו בתחום הכשרות ברמת השרון לרב הלוי.[9] בשנת ה'תשפ"ב הצטרף כחבר במועצה הציבורית של "בית הציונות הדתית".[10]
מדי חודש אלול נוהג לקיים בעירו שורת שיעורי תורה בלמעלה ממאה מוקדים שונים, באירוע המכונה "מסע המושבה".[11] בתקופת המחאה נגד הרפורמה המשפטית הוזמן בידי תומכי הרפורמה ומתנגדיה לפתוח "מעגלי שיח" משותפים בכיכר גורן בעיר.[12] לצד רעייתו הקים את "יסודות - מרכז יהודי למשפחה", במסגרתו מתקיימים הרצאות וסדנאות, בית הוראה למענה על שאלות הלכתיות, קו טלפוני לשאלות בנושאי משפחה וכנסי קיץ לנשים בעיר.[13]
באייר תשפ"ד, הודיעה ועדת הרב אריאל כי לאור פעילות של "מועמדים רבים נוספים, מהציבור הדתי וקרבתו", נגד החלטת הוועדה, וערעורים כנגדה מצד אנשי ציבור – הוועדה מכירה בכך שלא הצליחה להעמיד "מועמד מוסכם" והיא מעבירה את הסמכות ליישם את החלטת הוועדה בנושא הבחירות לרבנות הראשית חזרה לבצלאל סמוטריץ', אך הבהירה שהחלטת הוועדה לא השתנתה והיא עדיין בתוקף.[16]
בר"ח אלול ה'תשפ"ד, במסגרת הבחירות לרבנות הראשית לישראל (2024), הודיע הרב הלוי על כוונתו להתמודד על תפקיד הרב הראשי האשכנזי לישראל.[17] כשלושה שבועות לאחר מכן הודיע בצלאל סמוטריץ', על תמיכת מפלגתו ברב הלוי לתפקיד הרב הראשי.[18] בבחירות שנערכו לאחר כשבוע קיבל הרב הלוי 40 קולות, לצד הרב קלמן בר, רבה של נתניה, שקיבל אף הוא 40 קולות. ועדת הבחירות קבעה כי יערך סבב בחירות שני בין השניים.[19] לאור זאת חתמו למעלה מ-70 רבנים על הצטרפות לקריאת הרב יעקב אריאל לתמיכה ברב הלוי.[20] לאחר מכן יצאה הכחשה למכתב מהרב אריאל. בסבב בחירות שני שנערך בין הרב הלוי והרב בר, קיבל האחרון 77 קולות וניצח בבחירות לתפקיד הרב הראשי לישראל, לעומת הרב הלוי אשר קיבל 58 קולות.[21]
בהתאם לפרשנותו להגותו של הראי"ה קוק, רואה הרב מיכה הלוי ברבנות הראשית לישראל כמי ש"מציבה את האידיאל הרוחני המשפיע על כל אחד ואחד בארץ ישראל". לדעתו עיקר תפקיד הרבנות הוא להיות "מלכות של תורה", וערכה לא מצומצם לסוגיית שביעות הרצון הציבורית משירותיה.[22] הוא מתנגד לגיור ומתן כשרות שלא מכוח הרבנות הראשית.[23] תומך במחאה ציבורית כנגד תופעות דוגמת חילול שבת ופירוק המשפחה המסורתית, אולם מדגיש שיש להימנע ממחאות פוגעניות.[24]
רואה בשירות בצה"ל מצווה, ומחנך לשירות צבאי משמעותי, זאת לצד הערכה רבה כלפי עולם התורה החרדי.[30]
בשנת תשנ"ו היה בין מקימי ארגון רבני צהר, והיה מראשי מיזם עריכת החופות ללא תמורה כספית. מאוחר יותר פרש מהארגון, בשל תפיסתו שהפיכת הארגון לאופוזיציה לרבנות פוגעת בזהותה היהודית של המדינה.[31] בשנת 2013, בתקופת הבחירות לרבנות הראשית, הביע התנגדות חריפה למועמדות הרב דוד סתיו לתפקיד הרב הראשי לישראל, בטענה כי דרכו משקפת רצון להציג אלטרנטיבה לרבנות הראשית.[32] בהקשר דומה, בשנת 2015 בראיון לקו החדשות "הקול החרדי", מתח ביקורת על הרב שלמה ריסקין, רבה של אפרת, אשר לדבריו "ניסה לחייב את הרבנות לפעול לפי דעתו בגיור".[33]
בשנת 2017 הצטרף למכתב רבנים המברך את ראש הממשלהבנימין נתניהו וממשלת ישראל ה-34, "על שמירת קדושת הכותל ועל הפעולות לחיזוק מערך הגיור הממלכתי".[34] בשנת 2019, לקראת הבחירות לכנסת ה-21, הצטרף למכתב רבנים בו נתבקשו ראשי מפלגות דתיות להתנות כניסה לקואליציה עתידית בהכנסת שמירה על "השבת הציבורית" לקווי היסוד שלה.[35] בשנת 2018, לאחר שנטען שכתב האישום בתיק הפיגוע בדומא נשען על הודאות שנמסרו לאחר עינויים, הצטרף למכתב רבנים שקרא לעצירת ההליך המשפטי והקמת ועדת חקירה לבחינת הטענות.[36] לאחר שעמירם בן אוליאל הורשע בפיגוע, הצטרף למכתב אישי ציבור ורבנים אשר קרא להוצאת בן אוליאל מבידוד והעברתו לאגף תורני.[37]
רואה בפעילות ארגונים הפועלים בתחום הכשרות שלא במסגרת הרבנות, דוגמת ארגון כושרות, הצגת "אלטרנטיבה לרבנות" בפועל.[38] מתנגד לעליית יהודים להר הבית ורואה בה "חילול השם".[39] הביע הסתייגות רעיונית מהיתר הלכתי ללידת ילדים במסגרת משפחה חד-הורית, בטענה כי תפקידו של רב להקרין לציבור חזון ולא הלכה בלבד.[40] לצד רבנים נוספים, השתתף בגיבוש תיקון לחוק בחירת רבני הערים, שנועד להעביר את מירב כח הבחירה של רבני הערים לידי שר הדתות ומועצת הרבנות הראשית.[41]
