הוא עבר לגרמניה, שם למד את התאוריה של הגל והחל להתרועע עם אנשי שמאל גרמנים. בצרפת פגש את פייר-ג'וזף פרודון ואת הגולים הפולנים ומשם עבר לשווייץ, שם פעל בשיתוף עם תנועות סוציאליסטיות שונות. ב־1842, פרסם באקונין בעילום שם את ספרו 'הריקאציה בגרמניה', ובו משפטו המפורסם: "תשוקת ההרס היא תשוקת היצירה", משפט שמפלגות סוציאליסטיות רבות בעולם תלו על קירות משרדיי המפלגה, ונתן השראה. כפיתוח פרשנות מהפכנית לדיאלקטיקה של הגל. בחיבור הוא גם טען כי העם הגרמני אינו יכול לקפוא על שמריו, ולכן עליו לשאוף לקידום המהפכנות.
הממשל הרוסי ידע על הפעילות המהפכנית של באקונין ובשנת 1843 דרש ממנו לחזור לתחומי האימפריה הרוסית. באקונין סירב וכתוצאה מכך, בשנת 1844 הוא נושל מכל רכושו ברוסיה והתקבלה החלטה שאם יחזור, יישלח לסיביר.
ב־1848, עם חזרתו לפריז, הוציא לאור מנשר תוקפני נגד רוסיה אשר הביא לגירושו מצרפת. התנועה המהפכנית של 1848 נתנה לו את ההזדמנות לה חיכה להפיץ את דעותיו ברבים.
באקונין היה בין יוזמי הקונגרס הסלאבי בפראג (ביוני 1848), בו ראה הזדמנות להתאחדות הסלאבים כנגד האימפריות הרוסית והאוסטרית. כתוצאה מכך, הוא נאסר בדרזדן ב־1849. תחילה נשפט למוות ולאחר מכן גזר דינו הומר למאסר לכל החיים. הוא הועבר לסמכויות רוסיה ונשלח לסיביר ב־1857. הוא הצליח לברוח דרך יפן וארצות הברית עד שהגיע לבריטניה ב־1861. הוא בילה את שארית חייו בגלות, בעיקר בשווייץ.
באקונין היה חבר מ־1867 בליגה לשלום וחופש. ב-1869 הקים את ה"ברית הדמוקרטית החברתית" אשר הצטרפה לאינטרנציונל הראשון. בסוף 1870 השתתף בהתקוממות בליון. ב־1872 בקונגרס האינטרנציונלי בהאג הוא גורש מהמפלגה המרקסיסטית בעוון מעילת כספים, דבר שהתברר כמזימה נגדו, שנועדה למנוע את המשך התחזקותו הפוליטית בתוך המפלגה.
כתבי באקונין משקפים נאמנה את אישיותו. הם צבעוניים ומלאי חיים אך אימפולסיביים, לא מאורגנים ולעיתים גם לא עקביים. מתוך כתביו עולה כי העקרונות הבסיסיים המרכיבים את התנאים החיוניים לכל התפתחות אנושית, קולקטיבית או אינדיבידואלית בהיסטוריה הם: חיות אנושית, מחשבה ומרד.
לדידו של באקונין כלכלה חברתית ופרטית מתאימה למרכיב הראשון, מדע למרכיב השני וחופש למרכיב השלישי. אלה הם שלושת המרכיבים הבסיסיים בתאוריה שלו.
באקונין הצהיר פעם שקיום האל איננו עולה בקנה אחד עם אושר, כבוד, חוכמה, תחושה מוסרית וחירות האדם מאחר שאם אכן קיים אלוהים, הרי כי החוכמה והרצון האנושיים, אפילו אם הם גדולים וחזקים, מתגמדים לעומת החוכמה והרצון האלוהי.
בכתביו, הדגיש באקונין את תפקידם של הקולקטיב, ההתקוממות העממית והמרד הספונטני, ביצירת חברה חופשית נטולת מעמדות. הוא דחה כל מערכת אידיאלית מרעיון האלוהים ועד כל אוטוריטה חיצונית. בין אם הריבונות נובעת מרצון השליט או מהזכות להצבעה דמוקרטית. חופש האדם, לדעתו, נובע מציות לחוקי הטבע. כאשר האדם מזהה אותם ככאלה ולא מקיימם עקב כפייה חיצונית, אנושית או אלוהית, קולקטיבית או אינדיבידואלית. בדרך זו בעיית החופש תיפתר, חוקי הטבע יומשגו על ידי גילויים מדעיים והידע עליהם יתפשט באופן אוניברסלי בין כל האנשים. האדם לא יוכל אלא לציית לחוקי הטבע כאשר הוא יזהה אותם כחוקים של טבעו. על כן לדידו של באקונין הצורך לארגון פוליטי וחוקתי ייעלם.
באקונין גרס כי על המהפכן להיות ללא רגשות או אינטרסים אישיים, ללא עקרונות מוסר, דת או פטריוטיזם אשר עלולים, לפי דעתו, להסיט אותו ממשימתו. מטרת משימה זו, לדעת באקונין, להשתמש בכל האמצעים הקיימים על מנת להחליף את החברה הקיימת. בעניינים פוליטיים היה זה באקונין אשר עורר את האנרכיסטים להתבונן באנשי השוליים, הלוא הם העובדים הלא מאורגנים ומאוגדים, בחברה המודרנית ולא על הפרולטריון המתועש כסוכן האמיתי של המהפכה. הוא האמין שהדחפים המהפכניים היו חזקים יותר בדרום ומזרח אירופה במיוחד איטליה, ספרד ורוסיה לעומת המדינות המתקדמות מהצפון.
ציטוט מפורסם של באקונין בנושא זה הוא: "חירות ללא סוציאליזם היא אי צדק, ואילו סוציאליזם בלי חופש-הריהו עבדות."
רעיונותיו הפכו דומיננטיים במאה העשרים בקרב חלקים גדולים של תנועת העבודה הרדיקלית. רבים מרעיונותיו כמעט זהים למה שכונה בהמשך סינדיקליזם. באקונין השפיע על תנועות רבות של איגודים מקצועיים - במיוחד בספרד. כתביו כוללים את "אלוהים והמדינה", "הקומונה הפריסאית ורעיון המדינה" וחיבורים רבים אחרים שהשפעתם על התנועה האנרכיסטית משמעותית גם כיום.
באקונין ומרקס
יריבו האידאולוגי העיקרי של באקונין היה קרל מרקס. בין היתר אמר על מרקס שהוא "יהיר, בוגדני וערמומי", אף שהעריך את עומק הגותו. מרקס עצמו לא העריך את באקונין, וראה בו טיפוס ספק שרלטן ספק מטורף, שהשקפותיו אבסורדיות וברבריות.
באקונין צפה שהשקפת העולם של קרל מרקס תביא בסופו של דבר לרודנות. ב־1870 אף פרסם אזהרה בזאת הלשון:
"קחו את המהפכן הקיצוני ביותר, הושיבו אותו על כס כל הרוסים והעניקו לו סמכויות דיקטטוריות, ובתוך שנה הוא יהא גרוע מן הצאר."
.svg){kind=small}
