"מולאן" זכה במספר פרסי אנני, היה מועמד לפרס אוסקר בקטגוריית הפסקול הטוב ביותר וכן לפרס גלובוס הזהב בקטגוריית הפסקול הטוב ביותר והשיר הטוב ביותר לשנת 1998. מכון הסרטים האמריקאי בחר את "מולאן" כמועמד לרשימת עשרת סרטי האנימציה הטובים ביותר.
הסרט נפתח בכך שההונים, בראשות שאן יו האכזרי, פולשים להאן, סין, והקיסר הסיני מפקד על גיוס כללי: על גבר אחד מכל משפחה להצטרף לצבא הסיני. במקביל אנו מתוודעים לגיבורת הסרט, מולאן, צעירה סינית טובת לב אך מגושמת, שמגיעה למפגש כושל עם שדכנית שבסופו השדכנית מכריזה שמולאן "לעולם לא תביא למשפחתה כבוד".
שליחי הקיסר מגיעים לביתה של מולאן, ופא ז'ו, אביה של מולאן והגבר היחיד במשפחה, מתכנן להתגייס לצבא למרות גילו ונכותו. מולאן מחליטה להתחזות לגבר וללכת במקומו, גונבת שריון, חרב וסוס ויוצאת באישון לילה. פא ז'ו מגלה זאת ומתפלל אל אבות משפחתו בתחינה שיגנו על בתו, ואלו מזמנים את דרקון האבן הגדול שלהם כדי להגן עליה. לרוע המזל, פסל הדרקון הגדול לא מתעורר לחיים, ומושו, דרקון קטן, הולך להגן על מולאן, ללא ידיעתם של האבות.
לאחר קשיי התאקלמות חברתיים ופיזיים, מצליחה מולאן (המאמצת את השם פינג) להפוך ללוחמת הטובה בגדוד, תחת פיקודו של קפטן לי שאנג, בנו של גנרל הצבא הסיני, ומתיידדת עם חבריה החדשים: יאו, לינג וצ'ין-פאו. מושו, שרוצה לראות בהצלחתה של מולאן כדי לזכות בהכרתם של האבות הקדמונים, מזייף פקודה מהגנרל לי, שמורה ללי שאנג להצטרף לחזית. לי שאנג ממלא את הפקודה, והוא וחייליו מגיעים לכפר שרוף, ושם מגלים שגנרל לי וכוחותיו הובסו על ידי ההונים. אבלים וחפויי ראש, הם עוזבים את ההרים במהירות כדי לנסות להקדים את ההונים ולהגן על עיר הבירה, ובדרכם הם נתקלים בכוח הגדול של ההונים. בתושייה רבה, מולאן יורה פגז תותח ויוצרת למפולת שלגים, שבה נקברים חיילי האויב, ואף לי שאנג כמעט נהרג אך ניצל בידי מולאן. שאן יו תוקף בחמת זעם את מולאן, וחותך אותה באזור החזה. מולאן נאלצת לקבל טיפול רפואי, ובמהלכו מתגלה שהיא אישה. כתודה על כך שמולאן הצילה את חייו, לי שאנג מחליט לחוס על חייה ולא להוציא את מולאן להורג (כפי שהחוק מחייב), אך מגרש אותה משורות הצבא. מולאן נשארת מאחור, בעוד החיילים עוזבים לעיר הקיסרית כדי לדווח על מותם של ההונים - ומגלה שלא כל ההונים נהרגו במפולת, ומספר קטן של הונים ששרדו, כולל שאן יו, עושים את דרכם אל עיר הבירה הקיסרית.
מולאן מגיעה אל עיר הבירה במהלך חגיגות הניצחון על ההונים, ומנסה להזהיר את לי שאנג בנוגע לשאן יו, אבל הוא מסרב להקשיב. ההונים מופיעים, לוכדים את הקיסר ומתבצרים בארמון. בעצתה של מולאן, לי שאנג וחייליו נכנסים לארמון מחופשים לפילגשים, ומביסים את אנשיו של שאן יו. לי שאנג מסכן את חייו בעודו מגן על הקיסר, ומולאן מושכת את שאן יו אל הגג, ופורקת אותו מחרבו. מולאן מסמנת למושו, והוא משגר לעבר מפקד ההונים טיל זיקוקים שמחסל אותו. מולאן מהוללת על עוז רוחה ידי הקיסר והעם של סין, שאף משתחווה לה ביראת כבוד, ונאותה לקבל את הציצה של הקיסר וחרבו של שאן יו במתנה, אך מסרבת בנימוס להצעתו לשמש כיועצת שלו, ומבקשת לחזור למשפחתה. היא חוזרת הביתה ומציגה את המתנות לאביה, שמדגיש כי העיקר הוא שבתו שלמה ובריאה, ולא הכבוד שהביאה למשפחתה. לי שאנג, שהתאהב במולאן, מגיע לביתה בתואנה שהוא רק רוצה להחזיר לה את הקסדה, אך מקבל את הזמנת המשפחה להישאר לארוחת ערב. בסוף הסרט מכריזים האבות הקדמונים על מושו כשומר המשפחה.
