לאחר מכן אימן את מכבי נתניה, הפועל באר שבע, הפועל כפר סבא והפועל רמת גן, ממנה פוטר חודש לפני סיום העונה. את העונה שלאחר מכן החל איוניר כמאמן הכח רמת גן אך עזב אותה בתחילת העונה לאחר שהוחלט להורידה לליגה השלישית בעקבות קשייה הכלכלים. בעונת 2003/2004 חתם איוניר בנצרת עילית, אותה העלה מהליגה השנייה לליגת העל לראשונה בתולדותיה. בעונתה הראשונה בליגה הבכירה הפתיעה נצרת עילית כשסיימה במקום החמישי אך עונתו השלישית של איוניר בקבוצה לא הייתה מוצלחת והקבוצה סיימה במקום ה-11 וירדה חזרה לליגה הלאומית.
ביולי 2006 מונה למאמן נבחרת נערים א' של ישראל, וביוני 2008 קודם לתפקיד מאמן הנבחרת הצעירה. כמאמן הנבחרת הצעירה הוביל אותה למשחקי הפלייאוף על העלייה לאליפות אירופה עד גיל 21, בהם הודחה הנבחרת במפגש כפול על ידי נבחרתה של איטליה. הוא המשיך לאמן את הנבחרת הצעירה גם במוקדמות יורו 2011 אך הוחלף לקראת סוף הקמפיין על ידי גיא לוזון. בשנת 2010 שימש כסקאוט של נבחרת ישראל הבוגרת וכן מאמן נבחרת נערים ב'.
ב-9 בינואר2011 מונה למאמן מכבי תל אביב כאשר הקבוצה דורגה במקום השלישי בטבלה שבו גם סיימה את העונה. את עונת 2011/2012 פתחה הקבוצה בצורה טובה כשהעפילה לליגה האירופית וניצחה בארבעת משחקי הליגה הראשונים, אולם בהמשך העונה חלה ירידה ביכולת הקבוצה, ולאחר רצף הפסדים שדרדר אותה למקום התשיעי בטבלה בתום המחזור ה-14, פוטר מתפקידו ב-5 בדצמבר 2011.
ב-22 במאי 2013 מונה למנהל המקצועי במחלקת הנוער של הפועל באר שבע. לאחר שנה סיים את תפקידו במועדון, ובדצמבר 2014 מונה למנהל המקצועי במחלקת הנוער של בית"ר טוברוק. לקראת עונת 2016/2017 מונה למאמן עירוני קריית שמונה, אך לאחר שמונה מחזורים פוטר מתפקידו.
ב-15 באוקטובר2020 מונה למאמנה של הפועל אום אל-פחם[5], וב-26 בפברואר 2021 עזב את הקבוצה[6]. ב-5 באפריל, חודש וחצי בלבד לאחר שהתפטר, שב לתפקיד המאמן באום אל פחם. ב-1 במרץ 2022 פוטר מתפקידו[7]. ב-11 באוגוסט2022 חזר לקדנציה שלישית באום אל-פאחם[8]. ב-15 בספטמבר התפטר מאימון הקבוצה[9].