נמנה עם מייסדיו של היומון היידי הציוני "די אידישע שטימע" בקובנה ב-1919, והיה עורכו הראשון. ב-1920 נבחר לוועד הפועל של "המועצה הלאומית" (ביידיש: 'הנאציונאל-ראט' – המוסד העליון שניהל את האוטונומיה היהודית בליטא), בו כיהן עד לפיזורו בסוף 1924, תחילה כמזכיר הוועד הפועל ולאחר מכן כסגן נשיא המועצה. היה עורך ביטאון המועצה: "ידיעות פון אידישן נאציאנאל-ראט אין ליטע" והשתתף בניסוח ההצעה לסעיפי האוטונומיה היהודית בחוקה הליטאית.[1] באוקטובר1922 נבחר מטעם הסיעה היהודית לחבר הסיימאס הראשון והמשיך בתפקיד זה גם בסיימאס השני והשלישי עד לפיזורו הלכה למעשה בסוף 1926 (בעקבות הפיכה צבאית שבראשה עמד אנטאנס סמטונה).[2]
ב-1924 נבחר כחבר מועצת עיריית קובנה מטעם הסיעה היהודית, יחד עם הד"ר אבא לפין[3] ב-1925 הצטרף להנהלה של איגוד הבנקים העממיים (ה"פאלקסבאנק") היהודיים בליטא (כיהן כיושב ראש מועצת איגוד הבנקים העממיים), שימש כיו"ר מרכז קרן היסוד בליטא, היה מראשי תנועת "צעירי ציון", יו"ר התנועה הציונית הסוציאליסטית (צ"ס), נציג תנועתו בקונגרסים הציוניים[1] וממייסדיו של "דאָס וואָרט" ('המילה'), ביטאון צ"ס בליטא. כמו כן, כיהן כחבר בוועד הארצי לעזרת הפליטים היהודיים מפולין עם פלישת גרמניה הנאצית לפולין. בשל מסירותו הרבה לטיפול בבעיות קהילתו היהודית היה ידוע בכינויו "דער לייב" – "האריה [של יהדות ליטא]".
ב-1940, תחת הכיבוש הסובייטי, נאסר על ידי השלטונות החדשים באשמת פעילות ציונית, ביחד עם מנהיגים ועסקני ציבור בולטים אחרים (ביניהם ד"ר ראובן רובינשטיין, הירש לוין, יעקב גולדברג, דוד איציקוביץ והמורה יהושע (איקא) גרינברג[4]), וישב בכלא עד לפלישתגרמניה הנאצית לליטא ב-1941. צחוק הגורל הוא שעם כניסת הקלגסים הנאצים לקובנה, פרצו האסירים את גדרות הכלא וגרפונקל שוחרר... אך רק לתקופה קצרה שכן חיש מהר נכלא בגטו קובנה.[1] שם שימש כממלא מקומו של יו"ר האלטסטנראט בגטואלחנן אלקס, ולעיתים עמד בניסיונות קשים במגעיו עם הנאצים ואף עונה. בקיץ 1944, סמוך לחיסולו הסופי של הגטו, הועבר למחנה קאופרינג ליד דכאו שם היה כלוא עד לשחרורו.
עם קום המדינה התמנה לרשם האגודות השיתופיות הראשון של מדינת ישראל (צבר ניסיון בתחום זה עוד מימי שבתו בליטא שם היה פעיל בקואופרציה לאשראי וכיהן כיו"ר מועצת איגוד הבנקים העממיים), תפקיד בו שימש עד צאתו לגמלאות ב-1962[5]. נטל חלק פעיל בניסוח חוק האגודות השיתופיות ובארגון ממוסד של תחום הקואופרציה בארץ ואף כתב בנושא[6].
גרפונקל כתב את הספר המרכזי על חורבן יהדות קובנה: קובנה היהודית בחורבנה. בהוצאת יד ושם, ירושלים, 1959. כאחד מניצולי השואה חש חובה להנציח את פרק ליטא היהודית בסדרה "יהדות ליטא", והיה עורך ראשי של הכרך הרביעי על תקופת השואה שהופיע לאחר מותו. כמו כן היה חבר פעיל במועצת יד ושם.