בשנת 1559 חזר קוכנובסקי לפולין סופית, שם נשאר פעיל כהומניסט וכמשורר רנסאנס. הוא שהה במשך חמש עשרה השנים הבאות קרוב לחצרו של זיגמונט השני אוגוסט, מלך פולין, ושימש תקופה מסוימת כמזכיר המלך. בשנת 1574, בעקבות הוויתור של אנרי משושלת ולואה על כס השלטון של מלך פולין לאחר שנבחר זמן קצר קודם לכן (ושבמועמדותו לכס המלכות הפולני תמך קוכנובסקי), התיישב קוכנובסקי באחוזה משפחתית בצ'רנולאס (אנ') ("היער השחור") כדי לנהל את חייו של אציל כפרי. בשנת 1575 נישא לדורוטה פודלודובסקה (Dorota Podlodowska), ונולדו להם שבעה ילדים.
קוכנובסקי מכונה לפעמים בפולנית "Jan z Czarnolasu" ("יאן מהיער השחור"). שם הוא כתב את יצירותיו הזכורות ביותר, כולל "גירוש השליחים היוונים" ו"הקינות".
קוכנובסקי לא הפסיק מעולם לכתוב בלטינית; עם זאת, ההישג העיקרי שלו היה יצירת שירה בשפה הפולנית שהפכו אותו לקלאסיקה עבור בני דורו ולדורות הבאים.[3] יצירת המופת הגדולה הראשונה שלו הייתה Odprawa posłów greckich (גירוש השליחים היוונים, 1578). זו הייתה טרגדיה בחרוזים לבנים שגוללה את התקרית שהובילה למלחמת טרויה, על בסיס כתביו של הומרוס.[4] זו הייתה הטרגדיה הראשונה שנכתבה בפולנית, והתמה של האחריות של המדינאות ממשיכה להדהד עד היום. ההצגה הוצגה בחתונתם של יאן זמויסקי וקריסטינה רדזיוויל בטירת אויזדוב (אנ') בוורשה ב-12 בינואר 1578.
יצירת המופת הידועה ביותר של קוכנובסקי היא טרני (Treny, 1580) סדרה של תשע-עשרה אלגיות על מותה של בתו האהובה בת השנתיים וחצי אורשולה (Urszula). הוא תורגם לאנגלית (כ"קינות") בשנת 1920 על ידי דורותיאה פראל, ובשנת 1995 על ידי סטניסלב בארנצ'אק ושיימוס היני.
פואמות ידועות נוספות של קוכנובסקי הן Proporzec albo hold pruski (הדגל, או ההומאז' הפרוסי), השיר הסאטירי זגודה (הֶסכֵּם) שיצא לאור ב-1564, ופרשקי העליז (מכתמים, פורסם ב-1584), המזכיר את הדקאמרון. התרגום שלו לתהילים זכה להערכה רבה. הוא גם כתב בלטינית, ודוגמאות לכך היו Lyricorum libellus (ספר מילות שירים קטן, 1580), Elegiarum libri quatuor (ארבעה ספרי אלגיות, 1584), ושירים רבים שהולחנו לאירועים מיוחדים. הוא העשיר מאוד את השירה הפולנית על ידי אזרוח צורות שירה זרות, שידע להחדיר בהן רוח לאומית.
כתביו פורסמו באופן קולקטיבי לראשונה בקרקוב בשנים 1584–90, אבל מה שמכונה פרסום היובל, שהופיע בוורשה ב-1884, עדיף. רבים משיריו תורגמו לגרמנית על ידי ה. ניטשמן (1875).[5]