צו בוייה גרם לזעזוע בקרב הקתולים ולמרד נגד המלךאנרי השלישי, מלך צרפת. הקתולים התאחדו בשם השילוש הקדוש כדי להגן על הכנסייה הקתולית. התנועה התפשטה במהירות, תחילה בחבל פיקרדי ואחר כך בכל רחבי צרפת, ונתמכה על ידי ספרד שצבאה ניצב על גבולה הצפוני של צרפת בארצות השפלה.
תקופת אנרי הראשון
בנובמבר 1576 ארגן אנרי הראשון הדוכס מגיז את הליגה הקתולית בפריז. בדצמבר של אותה שנה המלך אנרי השלישי, שפחד מעליית כוחו של בית גיז, השלים עם קיומה של ליגה זו והעמיד את עצמו בראשה. בשנה שלאחריה נרגעו הרוחות ונחתם שלום ברז'ראק שהביא לסיומה של מלחמת הדת השישית (17 בספטמבר1577).
ב-1582 כרת הדוכס מגיז ברית עם פליפה השני מלך ספרד שמימן את פעולות הליגה הקתולית. ב-1584, מותו של יורש העצר פרנסואה דוכס אנז'ו (19 ביוני) הותיר את אנרי מלך נווארה ההוגנוטי (לימים אנרי הרביעי, מלך צרפת) כיורש העצר החדש. האפיפיור סיקסטוס החמישי נידה את אנרי מלך נווארה ושלל ממנו את הזכות לשמש כיורש עצר. הכמורה הקתולית, בהשפעת הישועים, קראה לכל המאמינים אל דגל הליגה הקתולית כדי להילחם בהוגנוטים. כדי להחליש את מעמדו של בית המלוכה הצרפתי, שהיה מתחרהו על השלטון באירופה, פליפה השני מספרד אישר את הסכם ז'ואנוויל (31 בדצמבר 1584) שלפיו מועמדם של הקתולים, שארל הראשון, קרדינל דה בורבון, הוכר כיורש העצר הצרפתי.
ב-31 במרץ1585 הכריזה הליגה הקתולית על תמיכתה במלך אנרי השלישי בתנאי שיכיר בדת הקתולית כדת המדינה ויכנס את אספת המעמדות הצרפתית לעיתים מזומנות. ב-7 ביולי של אותה שנה נאלץ המלך לחתום על הסכם לפיו ביטל את צווי הסובלנות כלפי ההוגנוטים, והוציא את הכפירה הפרוטסטנטית אל מחוץ לחוק. מאורע זה הביא למלחמת הדת השמינית. יורש העצר אנרי מלך נווארה פתח במלחמה נגד אנרי הדוכס מגיז ונגד המלך אנרי השלישי (מלחמת שלושת ההנרים) והביס אותם בקרב קוטרה (1587). אולם גם אנרי הדוכס מגיז זכה בניצחונות (קרב אונו וקרב וימורי 1587).
במקביל לליגה הקתולית התארגנה ברית ערים שכללה את פריז ואת ערי חבל שמפאן, חבל בורגון וחבל טורן. הייתה זו ברית סודית של הקתולים הקיצוניים שהעמידו לרשותה כוחות צבא ניכרים. ברית זו שללה את חוקיותו של אנרי השלישי כמלך צרפת וראתה את הריבונות באספת המעמדות הצרפתית. הקתולים הקיצוניים הקימו ממשלה מהפכנית בפריז וקראו למלך ספרד לפלוש לאנגליה ולצרפת, ולדוכס מגיז לכבוש את פריז.
העימות מול אנרי השלישי
ב-12 במאי1588 נמלט המלך אנרי השלישי מפריז, אחרי שהדוכס מגיז השתלט על העיר. ב-15 ביולי של אותה שנה הוא נאלץ לחתום על צו שלפיו העיר בולון-סור-מר שלחופי התעלה הועמדה לרשות הליגה הקתולית כדי שאנשיה יוכלו לקבל שם את פני חיל המשלוח הספרדי. יתר על כן, המלך נאלץ למנות את הדוכס מגיז למפקד העליון של הצבא המלכותי, ולקרוא לאספת המעמדות הצרפתית, שרוב נציגיה התנגדו לשלטונו, להתכנס בארמונו בעיר בלואה (שעל גדות הנהר לואר).
משהגיע הדוכס מגיז, הוא נרצח מיד בידי אנשי משמרו של המלך, גופתו נשרפה ואפרו הושלך אל הנהר (23 בדצמבר 1588). ביום המחרת ניתן צו מעצר נגד מנהיגי הליגה הקתולית, ולואי השני הקרדינל מגיז, אחיו של הדוכס מגיז, הוצא להורג. מאורעות אלה גרמו להתקוממות כללית נגד המלך. הפגנות רחוב קראו להדחתו והתאולוגים של סורבון, בתמיכת האפיפיור סיקסטוס החמישי, שחררו את הצרפתים משבועת האמונים למלך אנרי השלישי. כל חבלי צרפת תמכו בליגה הקתולית, ובמיוחד חבל לורן שהיה כפוף לבית גיז. אחרי מות הדוכס מגיז, אחיו שארל מלורן, דוכס מאיין מילא את מקומו כראש הליגה הקתולית.
המלך כרת ברית עם אנרי מלך נווארה, ושניהם הטילו מצור על פריז. ב-1 באוגוסט1589, בעת שהמלך הכין את צבאו למתקפה על פריז, הוא נפצע קשה בידי המתנקש ז'אק קלמנט איש הליגה הקתולית, ומת למחרת. עם מותו של המלך הפך אנרי מלך נווארה למלכה החוקי של צרפת. אולם הליגה הקתולית סירבה להכיר בו, ותמכה בשארל הראשון קרדינל דה בורבון כמועמדה לכס המלוכה. הליגה הקתולית שנתמכה על ידי פליפה השני מלך ספרד הייתה חזקה דייה כדי לאלץ את אנרי מלך נווארה לסגת צפונה ולבקש את עזרת אנגליה.
תקופת אנרי הרביעי
ב-21 בספטמבר 1589 אנרי מלך נווארה הביס את שארל מלורן דוכס מאיין, שפיקד על צבא הליגה הקתולית, בקרב ארק שהתחולל ליד חופי התעלה. אליזבת הראשונה, מלכת אנגליה שלחה לאנרי מלך נווארה אנשי צבא, זהב ואספקה. בתגובה, פליפה השני הפנה את חיל המשלוח הספרדי בפלנדריה לעזרת הליגה הקתולית. ב-14 במרץ1590 התחולל קרב איברי שבו הובס שוב צבא הליגה הקתולית בידי אנרי מלך נווארה.
הליגה הקתולית, שכרתה ברית עם ספרד נגד בית המלוכה של צרפת, החלה לאבד את מעמדה בקרב הלאומנים הצרפתיים. אחרי 1591 היא איבדה את תמיכתן של ערי צרפת בזו אחר זו. ב-25 ביולי1593 אנרי מלך נווארה קיבל עצמו את הדת הקתולית, וב-27 בפברואר1594 הוא נמשח למלך צרפת בקתדרלה של שארטר בשם אנרי הרביעי. ב-5 ביוני1595 הביס המלך אנרי הרביעי את שארית כוחות הליגה הקתולית בקרב פונטן-פרנסז בחבל בורגון. באוקטובר 1595 הוא חתם על הסכם שלום עם שארל מלורן, דוכס מאיין, ובכך הליגה הקתולית הגיעה לקיצה.
