היהודים שהתגוררו באיזביצה הוחזקו בנפרד מהנכנסים החדשים. הם שוכנו בצד השני של פסי הרכבת. כמו כן, היהודים שנשלחו מגרמניה ואוסטריה הובדלו מיהודי פולין בצבע שלט החובה של מגן דוד, צהוב ליהודים גרמנים וכחול ליהודי פולין. על מנת לפנות מקום לטרנספורטים הנכנסים, 2,200 יהודים מקומיים נשלחו למחנה ההשמדה בלז'ץ ב-24 במרץ 1942. בין מרץ למאי 1942 הועברו לאיזביצה מרחבי אירופה כ-12,000 עד 15,000 יהודים חדשים כחלק ממבצע ריינהרד. ביניהם מהנדסים, רופאים, כלכלנים, גנרלים בצבא ופרופסורים מווינה, האג, היידלברג, ורוצלב ומפראג.[2] האסירים שוכנו בכמה צריפי עץ שיכולים להכיל כמחציתם, לחוצים זה בזה כמו סרדינים. השאר נאלצו להתקיים בחוץ בתנאי קור. היהודים שהו בצריף בדרך כלל לא יותר מארבעה ימים, כמעט בלי שום דבר לאכול. קורבנות רבים נכנעו לטיפוס בגלל תנאים סניטריים ירודים בגטו.[1] לזרים, שרבים מהם בקיאים בגרמנית, היה קל יותר להתנהל עם מדכאיהם הנאצים מאשר ליהודים הפולנים מתוך הגטו. השפלות ודיכוי היו דבר שבשגרה.
רצח המוני בגטו
בשלב המוקדם של קיום הגטו, הרסו הנאצים את בית העלמין היהודי המקומי. המצבות חוללו ושימשו לבניית קירות של כלא חדש. כל הגטו באיזביצה חוסל החל מ-2 בנובמבר 1942[3] מה שהוביל לשבוע של הרג המוני בבית העלמין. כמה אלפי יהודים (שהוערכו בכ-4,500) נטבחו על ידי גדוד מתנדבי טרווניקי אוקראינים. הנרצחים הושלכו לקברי אחים שנחפרו במהירות. הרציחות בוצעו על ידי רוצחים מאומנים ששתו בכבדות, אך חיילי גדוד 101 של משטרת המילואים הגרמנית שגייסו את האסירים הנידונים שתו גם הם, במיוחד בלילה.[4] במקום גטו איזביצה הוקם גטו שני, קטן יותר, לכ-1,000 יהודים מקומיים. הוא פורק ב-28 באפריל 1943 והאסירים שנותרו נשלחו למחנה ההשמדהסוביבור. מתוך כלל אזרחי איזביצה היהודים (מעל 90% מאוכלוסייתה לפני המלחמה), רק 14 שרדו את השואה.[2] בית העלמין היהודי באיזביצה שוחזר על ידי הקרן לשימור המורשת היהודית בפולין.[5]