בגיל 16 התחתן עם בתה של אימו החורגת, ולאחר שנה וחודשיים נולדה בתם הבכורה אסתר. ארבע שנים למד בקלויז הגר"א שבבית הכנסת הגדול של וילנה, בתמיכתה של חמותו. לאחר שתי שנות נישואין החלו הוא ואשתו לעסוק גם בהלואות בריבית. אביו עודדו לעלות לארץ ישראל וכעבור זמן הוא כותב:[1] "במה תגרע ירושלים מווילנא? ולמה רק זקנים יסעו לירושלים לקברות בהר הזיתים, והלא טוב יותר שגם צעירים יסעו שמה, להרחיב המסחר וחרושת המעשה". הוא נסע לאודסה ומשם כתב לאשתו על רעיון העלייה, מתוך תקוה שתבוא אחריו. הוא הפליג באניה ליפו, וכך הוא מתאר את קבלת הפנים: "הגיעה האניה על יד חוף יפו, עגנה בלב ים הרחק מאד מהיבשה, כי לא היה אז נמל מתוקן, ונדהמתי בראותי כי חטפני ערבי בחפזון והשליכני אל תוך ספינה קטנה המלאה אנשים ונשים ושפתה כמעט שוה להמים". בירושלים למד בבית מדרש "מנחם ציון" שליד בבית הכנסת החורבה, במקביל שימש כמלמד במטרה "לחנך בני עניים לתורה ולתעודה" כלשונו. אשתו סירבה לעזוב את וילנא והוא שהה בגפו בירושלים בשנים תרל"ב–תרל"ג.
בשנת 1872 חזר לווילנה, והחל לעבוד בדפוס מָ"ץ, בתפקיד מנהל ומגיה במשך 15 שנה. פרט לעבודתו, בשבתות וחגים היה דורש באחד מבתי הכנסת במקום.
כל חייו הירבה לעשות מעשי צדקה ואף נתן לעיתים קרובות מכספו למען שכר לימוד ליתומים, הוצאות כלכלה לחיילים היהודים בצבא ועוד. באותה עת הקים בסתר מפעל הגרלות לא חוקי, כששליש מתוך כלל ההכנסות הופרשו לצדקה. במקביל המשיך באיסוף תרומות מבעלי יכולת. בשנת תרנ"א הקים בית מלאכה לגרביים וכפפות והחל לעסוק במסחר. במסגרת זו נסע למקומות רבים ברוסיה, ובכל מקום דאג גם לדרוש בבתי הכנסת ולעשות מעשי צדקה. בית המלאכה שלו פעל עד שנת תרע"ו. באותה שנה נסע למינסק לרגל עסקיו. ההתנגשות בין הרוסים לבין הגרמנים במלחמת העולם הראשונה, מנעה ממנו לחזור לווילנה. הוא השתקע בפולטבה, ופתח שם בית עסק קטן. לאחר שלוש שנים הגיעו אליו גם אשתו ושתי בנותיו, והם התגוררו במקום עד שנת תרפ"ב. ביום א' בחנוכה של אותה שנה מתה אשתו בגיל שבעים. בן ציון חזר לווילנה והתגורר שם עד שנת תרפ"ה. כל אותה עת המשיך ובמעשי הצדקה ובדרשותיו שהתאפיינו בסגנון מיוחד, אליהן היו מגיעים המונים מכל שכבות העם והוא היה מקרבם בחן ובנועם לאביהם שבשמים.
בווילנה פגש אלמנה זקנה וחולה ומתוך מעשה חסד נשא אותה לאשה, כדי לאפשר לה לצאת מרוסיה, לבנותיה באמריקה. לאחר שהתברר שאין בכוחותיה לנסוע לאמריקה, עלה איתה לארץ-ישראל, שם התגוררו בנו עקיבא אלפס וחמיו זיסל חבס. כשנתים התגורר עם אשתו בפתח תקווה, שם היה מגיד-שיעורים ב"תפארת בחורים", והוא כותב: "וסבלתי מאשתי לא מעט". לאחר מכן עברו לירושלים, ונכנס ביחד עמה לבית "מושב זקנים" הירושלמי, באגף המיועד לחשוכי מרפא, והוסיפה לחיות שנה וחצי. היא נקברה בהר הצופים. לאחר פטירתה, בא ברית הנישואים עם אלמנת דיין בשם דבורה לאה, לה היה נשוי עשר שנים. בארץ הוא היה מעורה בפעולת אגודת ישראל, ושמו מופיע ברשימת גדולי התורה שחתמו בשנת תרפ"ז על כרוז הקורא לצאת מ"כנסת ישראל" של הוועד הלאומי.
בראש חודש כסלו שנת תש"א, יצא ספר זכרונותיו שחתם את מעגל יצירותיו ופרשת חייו. הספר יצא בהוצאת "ועד היובל" שהורכב מידידים ומעריצים בראשות הרב אליעזר ריבלין. הוא מת מיתת נשיקה ונקבר בהר הזיתים בירושלים.
על הספרים שכתב והדפיס
בן ציון אלפס, יהודי חרדי, שם לו למטרה לחסום את ההשכלה-החילונית על ידי כתיבת ספרות יהודית שורשית בשפה מודרנית. ב-1900 החל לפרסם סדרת סיפורים שנקראה "מעשה אלפס", המבוססים על יסודות מוסר וחסידות. רומנים סנטימנטליים דידקטיים לבני הנעורים שנודעה להם השפעה רבה. "מעשה אלפס", הופיעה ב-12 מהדורות. בנוסף, כתב חיבורים רבים אשר עסקו בנושאים מגוונים: הלכה, אגדה, דרש, פרשנות לתנ"ך ולתורת ישראל פרשנות לתפילות – ובעיקר לתפילות החגים, ספר תחינות בשם "מקור דמעה" (248 תחינות בשפה עממית עסיסית, מדובבות את הלב והנפש), "אוצר התחיה" ("צאינה וראינה" בשפה מודרנית ומובנת לכל) וחוברות פובליציסטיות שונות לשם השפעה דתית ומוסרית. הוא תרגם ליידיש ספרי דרוש ומוסר של מחברים שונים. גדולי ישראל עודדו אותו רבות לפרסם חיבוריו. "החפץ חיים" רבי ישראל מאיר הכהן מראדין כתב אליו: "שהוא מזכה את הרבים".
בכתיבה החל לעסוק במקביל לעבודתו בבית הדפוס, והדפסת ספריו נעשתה במקום עבודתו, ותמיד על חשבונו ובזמנים שלא היה עומס עבודה אחר. הספר הראשון היה "אבן שלמה", "ספר היראה" מאת יונה גירונדי היה השני וגם הוא הודפס על חשבון אלפס. כך עשה עם ספרים נוספים וכאשר חלק מהפועלים נשארו ללא עבודה צירף למלאכת הכתיבה את עמיתו אברהם מו"ץ, כדי לסיים בזמן ולספק להם עבודה. לאחר הדפסת הספרים, הוא נתן חלק מהם, לדפוס ראם כדי שיפיצו אותם תמורת עמלה, והם כללו בכל פעם ספר אחד במשלוחי ההזמנות. אם לא נקנה ספר זה מימן אלפס את דמי המשלוח. הוא עצמו הניח בכל תיבת גרביים ששלח לסוחרים עותק מספרו, בבחינת שלח לחמך.
בווילנה, קנה ממנו שלמה שרברק את כל חלקי יצירתו "מעשה אלפס" והחל להדפיסם בבית הדפוס שלו. אחר כך ביקש ממנו לכתוב חוברת "צאינה וראינה" שתהייה "מאדערנע" כדבריו. לאור ההצלחה הכלכלית של מכירת הספרים, פנו אליו גם מדפוס רזינקרנץ והחלו גם הם להדפיס עותקים של ספריו. אלמלא קטעה מלחמת העולם הראשונה את פעילותו היה מדפיס את כל התורה וחמש המגילות.
בערוב ימיו הוא סיכם את פעילותו: "נ"ב ספרים שלי שנדפסו בירושלים דליטא – בעיר וילנא. ועוד שמונה ספרים שלי שנדפסו בירושלים רבתי"
ספריו
הגדה של פסח: עם ציורים יפים ועם ביאור חדש מעשה אלפס ועוד מעלות והוספות רבות. ש. עאשטיין, 1924.
מחזור: עם פירוש ע"ט בשם בית ישראל וילקוט פנינים יקרים ומעשה אלפס :נוסח ספרד. שבועות. י. וועלטשער עט פ. מ"ץ 9, 190.
ספר תולדת אדם בו יסופר תולדת איש המעולה שלמה זלמן מווילנא יחזקאל פייוויל, בן ציון אלפס הוצאת ישורון, 1948.
אהבה־לבבית טהורה: רומן בדפוס א.ל. כהנא, 1934.
המטיף : ישא מדברותיו לכל מועדי השנה, גרשון פיסטון, בן-ציון אלפס, פרלג ז. ס. שרברק, 1910.
סידור קרבן מנחה: כולל סדר התפלות לכל ימות השנה עם העתקה חדשה לשפת יהודית המדוברת בשם בית ישראל : וילקוט פנינים יקרים : יכיל שלשים ושתים ביאורים יקרים . צ. ה. מ"ץ, 1924.
ש"ס תחנה חדשה בדפוס והוצאת חברת רוזינקרנץ ושריפטזצר, 1925
Mayśe Alfes: der berihmṭer yunger darshen : oder Meshiaḥ ilmim ... Avraham Meʼir Rubinshṭain, בן-ציון אלפס Sh. Shreberḳ, 1910
Seyfer hamigdolim, oder, Der Idisher lufṭ balon: ... migdal oz Shem H. ṿe-G.V. נח חיים, בן- ציון אלפס בהוצאת בית מסחר הספרים של ר' נפתלי ציילינגאלד, 1912.
Mayśe Alfes: der berihmṭer yunger darshen : oder Meshiaḥ ilmim ... Avraham Meʼir Rubinshṭain, בן-ציון אלפס Sh. Shreberḳ, 1910
Igeret ha-Shabat: afreyndlikhen brief fun di ... kale Shabes̀ tsu ... khośn kneseś Yiśroel .נח חיים בן משה (מקאברין), בן-ציון אלפס Bi-defus Rozenḳrants u-Shrifṭzeṭtser, 1904.
Maʻaśeh Alfes: a ṿirḳlikhe hertslikhe libe tsu dem ayntsigen : ṿelkhen men darf lieben 1924.
Seyfer Emes̀ ṿeemuneh: af tsu ṿayzen miṭ oys̀es̀ umofs̀im . נח חיים בן משה, בן ציון אלפס ירחמיאל מענדיל קליימאן, 1908
לקריאה נוספת
'אלפס, בנציון', בתוך: דוד קלעי, ספר האישים: לכסיקון ארצישראלי, תל אביב: מסדה – אנציקלופדיה כללית, תרצ"ז, עמ' 51–52.(הספר בקטלוג ULI)
נורית גוברין, "'אהבה לבבית טהורה': בן-ציון אלפס ומלחמתו לחינוך הנשים'", בתוך: דוד אסף [ואחרים] (עורכים), מווילנה לירושלים: מחקרים בתולדותיהם ובתרבותם של יהודי מזרח אירופה מוגשים לפרופסור שמואל ורסס (ירושלים: הוצאת ספרים ע"ש י"ל מאגנס, האוניברסיטה העברית, תשס"ב 2002), עמ' 361–384. (כונס בספרה: קריאת הדורות, כרך א (תשס"ב 2002), עמ' 225–249.)
