אמיר דרורי היה ראש מחלקת המבצעים באגף המטה הכללי (1977) וראש מחלקת ההדרכה (1978–1981) בדרגת אלוף. בספטמבר 1981[16] מונה לאלוף פיקוד הצפון ונשא בתפקיד זה בעת מלחמת שלום הגליל, שבה פיקד על כוחות צה"ל בלחימה בכוחות אש"ף ובצבא הסורי. בתפקידו זה פיקד על 2 גייסות, 9 אוגדות ועוצבות נוספות, ובין היתר פיקד על כיבושם של ביירות, הרי השוף, ג'בל ברוך והבקאע. דרורי המשיך בתפקידו כאלוף הפיקוד למעלה משנה אחרי טבח סברה ושתילה, לאחר שוועדת כהן, שחקרה אירוע זה, לא מצאה לנכון להגיש נגדו מסקנות אישיות. ב-1985, בשובו משנת השתלמות בארצות-הברית, מונה דרורי למפקד המפח"ש. 5 שנים קודם לכך, ב-1979, כשהוצע להקים את מפח"ש, היה דרורי מהמתנגדים הבולטים לכך[17], ועל רקע זה אף הגיש אז את התפטרותו, שלא התקבלה. לטענתו ב-1979, מחלקת ההדרכה בנויה לבצע את התפקיד המיועד למפח"ש וכי הזעזועים שיתלוו להקמתו מיותרים[18]. ב-1986 מונה לכהונת סגן הרמטכ"ל.
דרורי היה המועמד המועדף על ידי הרמטכ"ל משה לוי כמחליפו. לוי שכנע את דרורי להישאר בצבא כמפקד חילות השדה (מפח"ש) החל מינואר 1985, ובאוגוסט 1986 דאג לוי למנותו לראש אג"ם וסגן הרמטכ"ל במסגרת ההתמודדות על תפקיד הרמטכ"ל[19]. דרכו של אמיר דרורי בצה"ל הגיעה לקיצה אחרי שדן שומרון הועדף על פניו. בתגובה הביע דרורי בפני כתבים צבאיים ביקורת חריפה על הליך המינויים בצבא[20], ובעקבות זאת ספג ביקורת מצד חברי כנסת[21]. לכך לוו ידיעות על נזיפה חמורה משר הביטחון רבין[22] שלא נמצא לה זכר בדברי ההערכה שהביע רבין באותה התקופה במכתב אישי לאמיר דרורי[23]. דרורי סיים את שירותו הפעיל בצה"ל ב-6 באפריל 1987 עם החלפתו באהוד ברק[24]. במכתב הפרידה ציין שר הביטחון יצחק רבין[25]:
- - - דרך ארוכה עשית בשורות צה"ל - - - כמעט תמיד בשדה, כמעט תמיד בקו האש. שירתת במקומות היותר קשים, בזירות הקרב של מדינת ישראל. לקחת חלק במלחמות, ובמלחמות שבין המלחמות. הובלת פלוגות, גדודים, חטיבות וגייסות אל תוך היורה הרותחת של המלחמה. הצלקות בגופך הן עדות למקומך.
בקיץ 1988, לאחר סיום שירותו הצבאי ותקופת לימודים בבריטניה, מונה דרורי למנהל אגף העתיקות במשרד החינוך[29]. דרורי הקים את רשות העתיקות, שהחלה בפעולתה בשנת 1990, וכיהן כמנהלהּ הראשון עד שנת 2000. דרורי נודע בעימותיו עם חרדים בשאלת חפירות באתרי קבורה עתיקים, ומשום כך היה נתון לאיומים על חייו[30]. עימותים אלו אף הובילו למשבר קואליציוני. דרורי התפטר במפתיע מתפקידו בשנת 2000, ודווקא לאחר שאושרה הארכת כהונתו[31].
^אורי שגיא, היד שקפאה, ידיעות ספרים, תל אביב, 2011, עמודים 101–102: "אמיר עלה לשם עם הכוח, ובסופו של דבר דווקא שם התנהל הקרב היחיד בגזרה; קרב שבסופו אמיר קיבל כאמור צל"ש, לאחר שהסתער על כוח סורי שניסה להגיע לאזור הפעולה".
^אורי שגיא, אורות בערפל, תל אביב, ידיעות אחרונות, 1998, עמ' 56
^עמית נבון, גולני היה חייב לכבוש את החרמון, באתר nrg, 2 באוקטובר 2011, "'שתיים בלילה התחילה הלחימה. קשה מאוד. באויב סך הכל גדול, שקשה היה לאתר אותו. היו נפגעים'. איפה אתה היית? 'עם פלוגת החוד של גדוד 51. הסיירת שהלכה מצפון כבשה את הרכבל העליון, אנחנו הפנינו אותם לבוא מצפון לסייע לגדוד 51, היו לו קשיים גדולים מאוד, אבל היא נתקלה באש ומפקד הסיירת נפצע קשה ואחר כך נהרג. קצת לפני אור ראשון, בחמש בבוקר, גם אני נפצעתי, העברתי את הפיקוד ליודקה, אחרי כמה דקות יודקה נפגע גם הוא'."
^נבון, "גולני היה חייב לכבוש את החרמון", אמיר דרורי: "בשמונה בבוקר העסק התחיל קצת להתייצב. יואב, קצין האג"ם החטיבתי שהיה חדש בחטיבה והיה חדש בצפון, קיבל את הפיקוד. בחור על הכיפאק. זה לא מצב אידיאלי שמפקדים, אפילו טובים מאוד, לא בדיוק מכירים את היחידות. אבל העסק היה תחת שליטה ולמעשה עד השעה שמונה, עם לחימה, עם עוד ארבעה הרוגים ועוד כעשרה פצועים, נכבש הרכס כולו, כולל החרמון הישראלי. בשעה תשע הונף הדגל על המוצב, וקראו ל תחנות כל העולם שישמעו שגולני כבש את החרמון. זה הסיפור של החרמון. היו לנו חמישים הרוגים ושבעים פצועים".
^עורך: אל"ם (במיל') בעז זלמנוביץ, הקרב בסולטאן יעקוב, מבוסס על מחקרו של ד"ר רפאל יקר ממחלקת ההיסטוריה של צה"ל, מודן, משרד הביטחון – ההוצאה לאור, צה"ל - המחלקה להיסטוריה, 2020, עמ' 34