תהליך האיחוד נחשב מאז ומתמיד יעד תקציבי של משרדי האוצר והפנים, אשר ביקשו לייעל את המנגנונים של רשויות הסמוכות זו לזו, ומהלך של איחוד ביניהן נראה טבעי. בדרך כלל התגלה קושי בביצוע. הסיבות העיקריות הן:
התנגדותם של תושבים אשר חששו מאיבוד הצביון המקומי של ישובם (למשל איחוד רשות הנחשבת אזור מגורים יוקרתי עם רשות הנחשבת אזור נחשל).
התנגדותם של בעלי מִשׂרות מפתח ברשויות החוששים לאבד את מעמדם. כך למשל ראש עיר או חברי מועצה לא ממהרים לוותר בקלות על התפקיד אותו הם עלולים לאבד.
ועדי עובדים ברשויות החוששים מפיטורי עובדים כתוצאה מאיחוד המנגנונים.
בנוסף לכל אלו, נחשבים הליכי האיחוד בעייתיים מבחינת הביצוע שלהם הכרוך בקשיים בירוקרטיים שונים.
איחוד הרשויות הגדול ביותר בוצע בשנת 2003 על ידי ממשלת הליכוד ביוזמת שר האוצרבנימין נתניהו ושר הפניםאברהם פורז, כחלק מחוק התוכנית להבראת כלכלת ישראל. במסגרתו אוחדו המועצות המקומיות, העיריות והמועצות האזוריות המפורטות להלן. במהלך השנים שלאחר האיחוד, בוטלו ארבעת האיחודים שבוצעו במגזר הערבי והדרוזי, ונותרו על כנם שבעה האיחודים שבוצעו במגזר היהודי.
איחוד גייא בוטל בעקבות חוסר שביעות רצון התושבים מהאיחוד, ובלחץ ועד משותף של מנהיגי הדרוזים, שבא לידי ביטוי, בין היתר, בהחרמת הבחירות בחלק מהכפרים. הביטול הרשמי היה ב־17 במאי2004, כאשר הכנסת קיבלה את חוק הרשויות המקומיות (ביטול איחוד המועצות המקומיות אבו סנאן, ג'וליס, ינוח-ג'ת וירכא), התשס"ד-2004.
במסגרת איחוד הרשויות הוקמה במכבים-רעות מנהלה מקומית במעמד של ועד רובע עירוני לפי פקודת העיריות, כדי להבטיח את המשך צביונם של שני היישובים הוותיקים כיישובים קהילתיים אוטונומיים.
בשנת 2009 הוקמה על ידי משרד הפנים ועדה לחקר הגבולות בין בת ים לחולון וראשון לציון. הוועדה קבעה שיש פערים גדולים בין בת ים והערים השכנות בכל הקשור במשאבי קרקע ושימושים עסקיים במקרקעין. עם זאת היא לא המליצה לשנות את הגבולות בין הערים.
ב-27 במרץ 2014, הגישה עיריית בת ים עתירה כנגד שר הפנים גדעון סער, ונגד שלוש העיריות הסמוכות אליה - תל אביב, חולון וראשון לציון.
לפי העתירה, בת ים מופלית לרעה בהיקף שטחי המסחר והתעסוקה לעומת שכנותיה, וכך הכנסותיה נפגעות משמעותית. לטענתה, יש עיוותים היסטוריים בחלוקת הקרקעות בגוש דן. העיוותים נוגעים לשטח גאוגרפי מצומצם של בת ים, לצפיפות אוכלוסין גבוהה ולמחסור בשטחי תעסוקה ומסחר שהגבילו מאוד את אפשרות העירייה להפיק הכנסות מארנונה ומהיטלי פיתוח[8].
בעקבות העתירה, הודיע שר הפנים גדעון סער על הקמת ועדה לחקר גבולות בין תל אביב ובת ים, כאשר ועדה זו עשויה אף לבדוק את האפשרות לאיחוד בין שתי הערים, שביניהן יש רצף טריטוריאלי[9].
עיירת בת ים התנגדה לאיחוד עם תל אביב במתכונת שעמדה על הפרק, והביעה את החשש שהאיחוד יהפוך את בת ים ל"דרום תל אביב" וכך סוברים חלק מתושבי העיר[10]. מנגד, אחרים מן התושבים בבת ים ובתל אביב תומכים ביוזמה לאחד את תל אביב ובת ים, והם הקימו את "התנועה לאיחוד המטרופולין", אשר תומכת ביוזמה לאחד את בת ים עם תל אביב[11].
ב-8 ביוני 2021 בוטלה היוזמה לאיחוד בין שתי הערים[12].
בשנת 2015, ועדת הגבולות של משרד הפנים החלה לדון בשינוי תחום השיפוט בין כוכב יאיר צור יגאל לבין מועצה אזורית דרום השרון. ההצעה שעומדת על הפרק היא שהיישוב צור יצחק, השייך למועצה אזורית דרום השרון, יועבר לתחום אחריותה של המועצה המקומית כוכב יאיר-צור יגאל.
באפריל 2022, שרת הפנים, איילת שקד חתמה על ההחלטה העקרונית להקים רשות מקומית עצמאית בצור הדסה ולהיפרד ממועצה אזורית מטה יהודה. צור הדסה הוא ישוב המונה מעל 10,000 תושבים, עם צפי גידול לכ-25,000 תושבים ובעתיד מתוכנן להפוך לעיר. וב-23 במאי 2023, שר הפנים משה ארבל הודיע על מינוי תומר מוסקוביץ ליו"ר הוועדה הקרואה של המועצה המקומית עצמאית צור הדסה[18].
באפריל 2022, שרת הפנים, איילת שקד חתמה על ההחלטה לסיפוח הכפר הערבי הלא חוקי דהמש לרמלה. החלטה התקבלה אף על פי שהוועדה שמונתה להסדרת מעמד הכפר המליצה על צירופו לרמלה רק בעדיפות שנייה – כשהעדיפות הראשונה הייתה לספח את הכפר למועצה אזורית שדות דן. גם תושבי הכפר רצו להצטרף למועצה האזורית שדות דן. כמו כן, קיימת התנגדות של עיריית רמלה והם מתכוונים לעתור לבג"ץ[19].
ביולי 2024 פורסם שמשרד הפנים, בהובלתו של השר משה ארבל, פתח בתהליך לבחינת איחודן של מספר רשויות מקומיות קטנות ברחבי ישראל, שחלקן מונות אלפי תושבים בלבד, וגם איחוד בין 3 ערים במרכז הארץ: קריית אונו, גני תקווה וגבעת שמואל, הבחינה תתבצע על ידי הוועדה לבחינת איחודי רשויות מקומיות[20].
^שגור נקראה בחודשים הראשונים לאחר האיחוד "מכבד"א".
^עיר הכרמל נקראה בחודשים הראשונים לאחר האיחוד "דאלית אל־כרמל–עספיא".
^במסגרת איחוד הרשויות בין יהוד ונוה מונוסון, הוקמה בנוה מונוסון מנהלה מקומית במעמד של ועד רובע עירוני לפי פקודת העיריות, כדי להבטיח את המשך צביונו של היישוב כיישוב קהילתי אוטונומי.
^יהוד-מונוסון נקראה בחודשים הראשונים לאחר האיחוד "יהוד-נוה אפרים".
