בחודש סיון שנת ה'תר"ז (1847) התחתן עם אחייניתו סטערנא[1] - בת אחיו רבי חיים שניאור זלמן. כעבור שלושה חודשים נתאלמן. לאחר זמן התחתן עם בת דודתו רבקה[2], נכדת האדמו"ר האמצעי.
מצעירותו הייתה בריאותו רופפת, ולשם חיזוקה עסק, על פי המלצות רופאים, בעבודות פיזיות, בעיקר בנגרות ובכתיבת סת"ם[3].
קרוב לפטירתו של אביו הורה לו האב לקבל חסידים ולחזור לפניהם מאמרי חסידות. אביו נפטר בי"ג בניסןה'תרכ"ו (1866), והוא התמנה לאדמו"ר במקומו[4], למרות היותו צעיר הבנים. כמה מאחיו עברו למקומות אחרים, והקימו חצרות משלהם שהיו ענפים נוספים של החסידות, כגון חסידות קאפוסט.
היה בעל תואר "אזרח נכבד לדורותיו"[5] של האמפרייה הרוסית[6].
בשנת ה'תרל"א (1871) נשאל על ידי רבנים שונים לגבי כשרותם של תרנגולי ההודו. רבי שמואל פסק להתיר את התרנגולים, העיד כי בעיירה לובביץ' הם נאכלים "בלי שום פקפוק" וחיווה דעתו כי בין אלו שהובילו את המגמה להחמיר, היו בעלי זכויות החכירה של השחיטה שהרוויחו פחות משחיטת תרנגולי הודו[7].
רבי שמואל פעל רבות בתקופתו להקמת יישובים יהודיים ברחבי רוסיה, ונסע לשם כך לעיר הבירה סנקט פטרבורג, להשתדל בעניין אצל השלטונות.
כאשר הממשלה לא הטיבה עם חיי היהודים, התבטא שרוצה לנסוע לארץ ישראל ולקחת איתו "מאה אלף יהודים" (למרות עמדתו השלילית לגבי העלייה). לבסוף הוא נמנע מכך בעקבות עליית קבוצת ביל"ו, שנחשבו בעיניו כאנשים חופשים ולא דתיים, ולא רצה לתת להם תוקף. ידועה אמרתו: "אם היה אצל אנשי ביל"ו [תוספת המילים] באור ה' – "לכו ונלכה באור ה'", הייתי נוסע אתם"[8].
לקוטי תורה – תורת שמואל – סדרה בת כעשרים וחמשה כרכים, של 'מאמרי חסידות' שאמר במשך שנות נשיאותו, מסודרים על פי סדר השנים, נדפסו בשנת תשע"א-תשע"ג בהוצאה חדשה בהוצאת קה"ת. כרך נוסף, בשם "דרושי חתונה", מכיל מאמרים מאדמו"ר המהר"ש מזמנים שונים בקשר לחתונות בני משפחה, חלקם נכתבו על ידו, וחלקם נכתבו על ידי חסידים.
אגרות קודש – כרך אחד של מכתביו.
תורת שמואל – דברי תורה וסיפורים שסופרו בשם המהר"ש, מלוקטים מכתבי נכדו רבי יוסף יצחק שניאורסון.
^ 123בדור הרביעי חל פיצול בחסידות, ארבעה מבניו של ה"צמח צדק" התמנו לאדמו"רי חב"ד[14]. אחד מארבעתם רבי שמואל שניאורסון, צעיר בניו של ה"צמח צדק", היה הממשיך הרשמי של החסידות "חב"ד ליובאוויטש", וישב על כיסא אביו בליובאוויטש[15], וזאת על פי צוואת האב[16], רבי שמואל נשאר בלובביץ' בעוד שלושת אחיו עברו למקומות אחרים והקימו חצרות משל עצמם בערים שונות, שחלקן התקיימו דור נוסף. לחצרות אלה לא היה המשך, הן דעכו עם השנים ורוב חסידיהן עברו לחב"ד-ליובאוויטש.
^כאשר אדמו"רי חב"ד, הם נכדים של בעל התניא בדרכים נוספות – הוכנסו בעץ הדרכים הנוספות בהם הם מיוחסים אליו.[9]
^הבן הגדול, רבי ברוך שלום, בחר שלא לקבל על עצמו אדמו"רות, הבן רבי יוסף יצחק נהיה אדמו"ר מצ'רנוביל עוד בחיי אביו, והבן רבי יעקב נפטר בחיי אביו.
^צבי הר שפר, העבר, שבט תשי"ד, גיליון ב', עמוד 86, בכותרת: "ליובויץ, עיר מושב אדמו"רי חב"ד".
^הצוואה פורסמה בספר: איליה לוריא, עדה ומדינה: חסידות חב"ד באימפריה הרוסית, תקפ"ח-תרמ"ג, ירושלים, הוצאת ספרים ע"ש י"ל מאגנס, תשס"ו, מסת"ב 9654932636, ובעקבות פסיקת בית דין שמונה לדון בנושא שפסקו שרבי שמואל ימשיך את השושלת – היכל הבעש"ט, חלק ט"ז, "גבור כארי כ"ק אדמו"ר רבי יהודה לייב שניאוסון מקאפוסט" עמודים ק"ע-קע"א ובהערות שם (באוצר החכמה). וראו בספר "ליובאוויטש – העיירה של חב"ד" פרק י"א, עמודים 197–216, תשע"ז, כפר חב"ד; חנוך גליצנשטיין, 'ספר התולדות אדמו"ר מהר"ש', תשמ"ו, כפר חב"ד, הוצאת ספרים קה"ת, עמודים 35–38 {באוצר החכמה)
^עוד בחיי אביו החל לכהן כאדמו"ר מצ'רנוביל. נהג בסגנון צ'רנוביל ולא בסגנון חב"ד בין השנים תרי"ט-תרל"ז, אך עם מאפיינים חב"דיים מסוימים (יצחק אלפסי 'המאירים לארץ' עמודים 283–284. וכן בלקו"ש ח"ב ע' 477 ובהערה 52). לשאר צאצאיהם ראו עץ משפחת טברסקי, ענף צ'רקס-שניאורסון
^א] חצר ניעזין פעלה במשך 15 שנים, עד שנת תרמ"ג. ב] אצל נשי רבי ישראל נח לא הובאו שמות נשיו, אף שחלקן היו נכדי בעל התניא, היות שלפי המקורות המופיעים בסוף העץ (ולפי המקורות ב'לקריאה נוספת' בערך עליו), כפי הנראה נשא לכל הפחות 3 נשים שונות, שתיים מהן בנות דודות שלו – נינות בעל התניא. לא ברור בוודאות מאיזו אישה נולדו איזה ילדים ולא ידועים במדויק שמותם. לכן לא הוכנסו לעץ הנשים מכיוון שייתכן שהילדים: אסתר ליבא – מאישה אחת, ואברהם – מאישה שנייה. בכל אופן למען השלמות, כפי הנראה: שמות 2 הנשים בנות הדודות: חנה חיקע (או חנה חיישא) בת דודו מנחם נחום (ייד') (בן אדמו"ר האמצעי). פריידא (ב"המבשר": שרה פריידא) בת דודתו ביילא (בת אדמו"ר האמצעי). כמו כן ידוע על אישה בשם נחמה דינה – [כי בנו ר' אברהם חותם "אברהם בן נחמה דינה" (צילום כתב היד בספר "קיצור תולדות חב"ד"' קמינצקי, תשס"ד, עמוד 153)] – ועל אישה שהייתה אחות של ר' עקיבא רטנר (אלפסי). לעומת זאת במפקד נכתב שאשתו מנישואיו השניים נקראה זלאטא. כרגע לא ידוע האם מדובר בנישואים נוספים, או שזו אחת מהנשים המפורטות לעיל והיה לה שם נוסף.
^בנו הגדול של הצמח צדק, נפטר בשנת תרכ"ט ('בית רבי' חלק ג' עמודים י"ב-י"ד). פריט Q83736620 בוויקינתונים. בנו רבי לוי יצחק נפטר בשנת תרל"ח (קובץ 'הערות וביאורים' שב'מקורות' עמוד 112), נכדו רבי ברוך שניאור נפטר בחודש טבת בין תרפ"ו לתרפ"ח (הקדמה לספרו רשימות הרב"ש עמוד 14), נינו רבי לוי יצחק הוא אביו של הרבי מלובביץ
^א] חצר ליאדי פעלה במשך 43 שנים, עד שנת תר"ע. ב] לאחר פטירתו כיהנו יחדיו במקביל באותו זמן, בנו רבי יצחק דובער וחתנו רבי לוי יצחק מסיראטין ('בית רבי' חלק ג' עמודים י"ז-י"ח)
^א] חצר קאפוסט פעלה במשך 57 שנים, עד שנת תרפ"ג. ב] חצי שנה לאחר שהחל לנהוג באדמו"רות נפטר. לאחר פטירתו כיהן בנו רבי שלמה זלמן. באמצע כהונת רבי שלמה זלמן התחיל אחיו רבי שלום דובער מרציצה לנהוג באדמו"רות. לאחר פטירת רבי שלמה זלמן, הבן השלישי רבי שמריה נח גם החל לנהוג באדמו"רות כאשר למעשה ניצני אדמו"רות החלו כבר בחיי אחיו רבי שלום דובער. ג] מקורות: 'בית רבי' עמודים ט"ז-י"ח, 'המאירים לארץ' עמודים 290–302. אודות חצר קאפוסט ופתיחת פלג זה על ידי רבי יהודה לייב, ראו בבלוג "עונג שבת". אודות ניצני אדמו"רות אצל שמריה נח, ראו: עמרם בלוי, "קורות הרה"ק רבי שמרי' נח שניאורסהן מבאברויסק", קטע ג' "מעין אדמו"רות בצר משרתו כרב העיר" – היכל הבעש"ט כרך כ"ב, ניסן תשס"ח, עמוד ק'-ק"ג.
^נפטרה שלושה חודשים לאחר נישואיהם (בית רבי חלק ג' עמוד 30)
^בנישואין ראשונים התחתנה עם רבי שניאור, בן דודה רבי יעקב שניאורסון, לאחר שנפטר התחתנה עם רבי לוי יצחק גוטרמן מסיראטשין שלימים החליף את אביה בשושלת ליאדי (בית רבי חלק ג', פרק ט', עמוד י"ח)
^התחיל לכהן עוד בחיי אחיו, רבי שלמה זלמן בעת שכיהן כאדמו"ר, לאחר פטירת דודו רבי ישראל נח מניעז'ין בתרמ"ג, וחצרו גדלה במיוחד לאחר פטירת אחיו רבי שלמה זלמן בשנת תר"ס ('המאירים לארץ' עמוד 301)
^ 1] מפקד עיריית אורשא, 27 באוקטובר 1850 קהלת ליובאוויטש, מחוז ארשא, נדפס באג"ק צ"צ, עמוד קכ"א-קכ"ג, תשע"ג ברוקלין ניו יורק, הוצאת קה"ת מסת"ב 978-08266-5532-5 2] בית רבי, חלק ג', כל הספר ובעיקר בעמודים י"ג - י"ט. חיים מאיר היילמן, בית רבי, ברדיטושב, תרס"ב, באתר היברובוקס 3] לגבי שנות התחלת נשיאות ארבעת בני הצמח צדק: הקריאה והקדושה, שבט תש"ב, ניו יורק. עמוד ג (מדור: 'אגודת חב"ד טהעטיגקייט'). ולגבי התחלת נשיאות רבי לוי יצחק גוטרמן: בפרדס חב"ד גיליון 15 עמוד 122, עמרם בלוי 4] יוסף יצחק קמינצקי, קיצור תולדות חב"ד, כפר חב"ד, תשס"ד 5]קובץ שלשלת היחס מורחב, על בסיס מהדורת תש"ג 1942 – נדפס בתשע"א 6] שמואל אלעזר היילפרין, "ספר הצאצאים - אילן יוחסין", ירושלים תש"מ 1980 7] ספרו של הרב ד"ר יצחק אלפסי, המאירים לארץ – תולדות אדמו"רי בית חב"ד, ג' תמוז תשס"ט 2009, ישראל (כרטיס הספר בספריית חב"ד) 8]מרדכי ברונשטיין, כתבה בעיתון המבשר, קהילות, י"ד בכסלו תשע"ג 9] ברוך אוברלנדר, early years, הוצאת ספרים קה"ת, תשע"ו 2016, מסת"ב 978-1-932349-04-7 בעמודים 448–449 מופיע עץ משפחת אדמו"רי חב"ד 10] שלום דובער קוביטשעק, י' שבט תשע"ו, "משפחת אדמו"ר הצמח צדק בחייו", הערות וביאורים גיליון א'קא (1101) עמודים 111–122 11] "מפת שלשלת היחס" - מפת שבעת הדורות, נשיאי חב"ד ונסיכי בית רבי, שבט תשע"ח הוצאת חזק, עץ שלשלת אדמו"רי חב"ד 12] הרב עדין אבן ישראל שטיינזלץ, הרבי שלי, מהדורה ראשונה בעברית, 2019, מסת"ב 9789655262565 בתחילת הספר, עמודים י"ד-ט"ו (14–15)