ב-6 במאי1947 יצא רובוביץ לאזור רחביה בירושלים על מנת להדביק כרוזים. עדי ראייה הבחינו באדם דובר אנגלית, לבוש בבגדים אזרחיים, הגורר אותו לאחר מאבק למכונית אזרחית שבה ישבו בריטים, שמיהרה להסתלק מן המקום. מקום החטיפה והגרירה היה בפינת הרחובות אוסישקין וקק"ל[1].
משבושש לשוב לביתו, טענו השלטונות הבריטיים שאינם קשורים להיעלמותו. לאחר מספר ימים נודע למשפחה שכובע השייך לחוטף, נשמט במהלך החטיפה והגיע לידי נער בירושלים. בתוך הכובע נמצא כתוב השם farran או farkan (האות r הייתה מטושטשת). הוא זוהה כקפטןרוי פאראן (Roy Farran). פאראן היה אחד הקצינים המעוטרים בצבא הבריטי מקרבות מלחמת העולם השנייה, ויוצא קומנדו ה-SAS, שהקים בארץ ישראל יחידה סמויה שמטרתה הייתה לפעול באמצעים אלימים במיוחד נגד המחתרות היהודיות.
מכאן החלה מסכת ניסיונות טשטוש וטיוח של השלטונות הבריטיים, במטרה למלט ולזכות את פאראן, שהפך לחשוד ברציחתו של רובוביץ. בו-בזמן התחוללה סערה ביישוב ומחוצה לו סביב היעלמותו של הנער. השלטונות לא מיהרו לתפוס את פאראן. יתר על כן - הם מחקו את שמו מהכובע שנמסר להם. ב-28 ביוני אנשי לח"י צלפו והרגו ארבעה חיילים בריטים ובה בעת ירו אנשי לח"י נוספים על מסעדת אסטוריה בחיפה, הרגו קצין אחד ופצעו קשה שני שוטרים נוספים. בעיתונות פורסם כי הדבר נעשה כנקמה על רציחתו של הנער. בדרך כלשהי שמע פאראן על גל הרציחות וחש אחריות וכך למחרת ביום ראשון 29 ביוני התייצב פאראן בשערי מחנה אלנבי והודיע לזקיף על זהותו.
כאשר פאראן שוחרר על ידי בית דין בריטי "מחוסר ראיות" והבריטים מילטו אותו מן הארץ, ניסה לח"י להתנקש בו על אדמת אנגליה. הם שלחו חבילת נפץ שאותה הכין יעקב חרותי, לבית משפחת פאראן באנגליה. החבילה, שהיה כתוב עליה: "אוסף כתבי שייקספיר", נפתחה על ידי אחיו רקס, והרגה אותו.
התפתחויות בשנות האלפיים
57 שנים לאחר האירוע פורסמו מסמכים פנימיים של משרד המושבות הבריטי. במסמכים נמצא תצהיר שהגיש פאראן למפקדו הקולונל ברנרד פרגוסון, שבו דיווח כי הרג את רובוביץ במהלך נסיעה מירושלים לכיוון יריחו. פאראן עינה את הנרצח בתקווה שימסור לו ידיעות על המחתרת. לאחר שרצחו את רובוביץ, בגדיו הופשטו ממנו ונשרפו. גופתו של הנרצח הושלכה בצד הכביש ולא נמצאה[2].
”תעלומת סופו של לוחם החירות חיים לעולם לא פוענחה. גופתו לא נמצאה עד עצם היום הזה גם לא נודעו דבריו האחרונים. אבל יודעים אנו כי היו דברים שחיים לא סיפר למעניו. הוא לא אמר להם את אשר ביקשו לשמוע מפיו. הוא לא גילה דבר על חבריו ומפקדיו ומעשיהם, ובשל שתיקה זו עינוהו שוביו עד צאת נשמתו. בשתיקתו, כמו בדבריהם האחרונים של קדושים אחרים, קנה לו חיים נצח בין גיבורי האומה וקדושיה.”
בעקבות פרשת העלמות הנער, ולפני שנודע על רציחתו, נכתב על ידי נתן אלתרמן השיר "איה הנער"[5], אשר הולחן ובוצע על ידי יסמין אבן[6].
בשנת 2009 ראה אור ספרו של ההיסטוריון היהודי-אנגלידייוויד סזרני על הפרשה, הנושא את השם "Major Farran's Hat"[7]; הספר תורגם לעברית על ידי נעמי כרמל, נקרא "הכובע של מייג'ור פאראן", ויצא לאור בשנת 2015 בהוצאת כנרת זמורה-ביתן דביר. על פי הספר הופק סרט תיעודי בשם "מנדט לרצח", אשר שודר בכאן 11 בינואר 2022[8].