גדל במחלקת הנוער של המועדון וערך את הופעת הבכורה שלו בקופה קולומביה ב-2010. בטורניר האפרטורה 2013 זכה באליפות קולומביה עם נסיונל תוך כדי שהוא נבחר לשחקן המצטיין בשורותיה לאורך הסמסטר. שיחק בקבוצה הבוגרת מ-2010 ועד 2014 והפך לאחד השחקנים הבודדים שזכו בהכי הרבה תארים כששיחקו במועדון.
מונטריי
ב-2014 הודיעה קבוצת מונטריי המקסיקנית על החתמתו תמורת 4.2 מיליון דולר.[1] בעונתו הראשונה קיבל מחמאות והפך לאחד משחקני ההגנה הטובים במקסיקו.
פצ'וקה
לאחר עונה בינונית במדי מונטריי ב-2015, עבר מדינה בהשאלה לפצ'וקה כאשר מיגל הררה אקינואה עושה את הדרך ההפוכה. בפצ'וקה חזר מדינה לכושרו הטוב וכבש את שער הבכורה שלו במקסיקו ב-5 במרץ2016 מול דורדוס דה סינלואה. למרבה האירוניה, במאי זכה מדינה באליפות הליגה עם פצ'וקה, שניצחה בגמר 1-2 את מונטריי.
מונטריי
ביוני 2017 חזר מדינה למונטריי והיה משחקניה הבולטים בטורניר האפרטורה, אך שוב מונטריי הגיע לגמר ולא הצליחה לזכות באליפות אחרי הפסד 3-2 בסיכום המשחקים לטיגרס.
נבחרת קולומביה
סטפן מדינה היה חלק מהנבחרת עד גיל 17 ששיחקה במונדיאליטו בניגרה בשנת 2009. קולומביה סיימה במקום הרביעי והמכובד בטורניר, כאשר מדינה משחק חמישה משחקים וכובש שער אחד.
לנבחרת הבוגרת הוא זומן לראשונה במאי 2013 לקראת צמד המשחקים של קולומביה מול אורוגוואי וצ'ילה, אך הוא לא שיחק טוב בשני המשחקים הראשונים, מה שגרר ביקורת גדולה מצד התקשורת והאוהדים עליו. את הזימון למונדיאל 2014 הוא לא קיבל ולמעשה לא זומן לנבחרת עד לאמצע שנת 2015, אז שיחק במשחק הידידות מול בחריין. כמו כן, היה חלק מסגל הנבחרת לקופה אמריקה 2016.
תארים והישגים
זכה עם אתלטיקו נסיונל באליפות (אפרטורה 2011), (אפרטורה 2013), (קלאוסורה 2013), (אפרטורה 2014)