ב-1993 אירחה קולומביה בפעם הראשונה והיחידה עד היום את אליפות היבשת לקטגורית גילאים זו וגם זכתה בפעם הראשונה והיחידה עד כה באליפות. היא ניצחה את כל יריבותיה בשלב המוקדם שכלל את ארגנטינה, פרו, אקוודור וונצואלה. בבית הגמר פגשה את ארגנטינה, ברזיל וצ'ילה. ניצחון נוסף על הארגנטינאים ושתי תוצאות תיקו מול צ'ילה וברזיל, נתנו לקולומביה את התואר. בין השחקנים הבולטים היו חורחה בולניו וריקרדו סיסיליאנו.
במונדיאליטו באותה שנה שנערך ביפן, שוב לא הצליחה קולומביה לעבור את שלב הבתים, לאחר שרשמה שני הפסדים, לקטר וצ'כוסלובקיה אל מול ניצחון על ארצות הברית שלא הספיק.[5]
קולומביה נעדרה במשך עשור מהמונדיאליטו והעפילה חזרה רק ב-2003 תחת הדרכתו של המאמן אדוארדו לארה. באותה שנה סיימה במקום השלישי בסודאמריקנו שנערך בבוליביה והעמידה נבחרת טובה שכללה בין היתר שחקנים כמו פרדי גוארין, פבלו ארמרו, אדריאן ראמוס, קרלוס הידלגו וכריסטיאן ספאטה. הנבחרת הצדיקה את הפוטנציאל והשיגה את המקום הגבוה ביותר שלה אי פעם, המקום הרביעי. בבית המוקדם סיימה בתיקו 0-0 עם מקסיקו, ניצחה 1:2 את סין והייתה זקוקה לתיקו במשחק האחרון מול המארחת פינלנד, אבל לא הסתפקה בכך והביסה אותה 1:9, במה שהפכה להיות התוצאה השנייה בגובהה בכל הזמנים במונדיאליטו עד גיל 17.
ברבע הגמר פגשה קולומביה את קוסטה ריקה וגברה עליה 0:2, אך נעצרה בחצי הגמר על ידי ברזיל באותה תוצאה. במחשק על המקום השלישי סיימה עם ארגנטינה בתיקו 1:1 אך הפסידה לה 4:5 בדו-קרב פנדלים.[6]
אחרי שלא העפילה למונדיאליטו ב-2005, חזרה קולומביה לטורניר ב-2007 שנערך בדרום קוריאה אחרי שסיימה במקום השני באותה שנה בסודאמריקנו שנערך באקוודור. הנבחרת כללה אז שמות כמו חאמס רודריגס, כריסטיאן נסרית', ריקרדו צ'ארה, מיגל חוליו וסנטיאגו טרייס. במשחק הפתיחה הצליחה קולומביה לכפות 3:3 מול גרמניה אחרי שכבר פיגרה 1:3. במשחק השני הביסה ללא קושי את טרינידד וטובגו 0:5 אבל הפסידה במשחק השלישי 1:2 מול גאנה. זה הספיק לה בשביל להעפיל לשלב שמינית הגמר, אך שם היא שוב פגשה נבחרת אפריקאית והפסידה, כאשר ניגריה ניצחה אותה 0:2 והדיחה אותה מהמשך הטורניר.[7]
ההופעה הבאה של קולומביה במונדיאליטו הייתה ב-2009, אז נערך בניגריה והנבחרת העפילה אליו בזכות כך שסיימה רביעית בסודאמריקנו באותה שנה בצ'ילה. בין השחקנים הבולטים של אותה נבחרת היו כריסטיאן בונייה, פביאן קסטייו, סנטיאגו אריאס, חואן קמילו סאיס, סטפן מדינה, וג'ייסון מורייו. ניצחון בפתיחה 1:2 על הולנד בתוספת תוצאות תיקו 0:0 ו-2:2 מול אירן וגמביה בהתאמה העלו את קולומביה לשמינית הגמר. שם פגשו את ארגנטינה ובמשחק מותח גברו עליה 2:3. ברבע הגמר סיימה בתיקו 1:1 מול טורקיה אך ניצחה אותה בדו-קרב פנדלים 5:3, אבל המסע הגיע לסיומו שוב בחצי הגמר, אז הובסה על ידי שווייץ 0:4. במשחק על המקום השלישי הפסידה 0:1 לספרד ושחזרה את הישגה מ-2003.[8]
נבחרת קולומביה עד גיל 17 לאחר משחק ידידות ב-2012
לאחר הפסקה של 8 שנים, חזרה הנבחרת למונדיאליטו של 2017 בהודו. היא לא כל כך הרשימה באליפות ההיבשת, אבל הצליחה לסיים במקום הרביעי ולהעפיל. הפסד במשחק הפתיחה מול גאנה 0:1 וניצחונות על המארחת הודו וארצות הברית 1:2 ו-1:3 בהתאמה, הספיקו לקולומביה בשביל לסיים במקום השני בבית ולהעפיל לשמינית הגמר. שם חיכתה להם נבחרת גרמניה וללא הרבה קושי הביסה את קולומביה 0:4 והדיחה אותה. שמות בולטים ששיחקו בנבחרת זו היו חואן סבסטיאן פנילוסה, חמינטון קמפס, דייבר קייסדו ותומאס גוטיירס.
