ברקר נולד בפילדלפיה, פנסילבניה למשפחה יהודית וגדל בצ'לטנהאם טאונשיפ, פרוור סמוך. הוא נחשף למוזיקת הג'אז מגיל צעיר על ידי אביו, נגן פסנתר ג'אז חובב. הוא גדל כחלק מדור של נגני ג'אז אשר לא ראו במוזיקת הרוק אויב לג'אז אלא אפשרות למיזוג ולהשפעה הדדית. בתחילה למד קלרינט, ממנו עבר לסקסופון אלט בבית הספר, ולבסוף עבר לסקסופון טנור ככלי הנגינה העיקרי שלו. הוא סיים את לימודיו בתיכון בצ'לטנהאם בשנת 1967 ולאחר שנה בלבד באוניברסיטת אינדיאנה עבר לניו יורק בשנת 1969, שם כבש לעצמו נישה כסולן ג'אז דינמי ומרגש. הוא השאיר את חותמו הראשון בגיל 21 כחבר בלהקת הג'אז-רוק Dreams (חלומות) - להקה אשר כללה את אחיו החצוצרןרנדי ברקר, הטרומבוניסטבארי רוג'רס, המתופףבילי קובהם, הקלידן ג'ף קנט והבסיסט דאגלס לובאהן. הלהקה לא האריכה ימים, נמשכה רק שנה, אך מיילס דייוויס נראה בכמה הופעות הקדמו להקלטת אלבומו ג'אק ג'ונסון.
מרבית עבודתו המוקדמת של ברקר מתאפיינת בגישה מושכלת לפי גיטרת רוק ולפי R&B (רית'ם אנד בלוז) סקסופון. לאחר חלומות, הוא עבד עם הוראס סילבר ולאחר מכן עם בילי קובהם לפני שחבר בשנית עם אחיו רנדי להקמת האחים ברקר. הלהקה הלכה בעקבות זרם ג'אז-רוק של אותם ימים, אך עם דגש רב יותר על עיבודים מובנים, תיפוף רקע כבד יותר והשפעה חזקה של רוק. הלהקה פעלה בין השנים 1975 עד 1982, עם הצלחה ומוזיקליות עקביים.
סיידמן ונגן ראשי
היה ביקוש רב לברקר כסולן וכסיידמן. הוא הופיע עם להקות שטווח סגנונן מהזרם המרכזי של הג'אז לזרם המרכזי של הרוק. הוא הופיע בלמעלה מ-700 אלבומים, כחבר להקה או כסולן אורח. הוא השאיר את חותמו על הקלטות פופ ורוק רבות כסולן. הסולואים שלו כסולן אורח עם ג'יימס טיילור ופול סיימון הם דוגמאות מצוינות לחלק זה בעבודתו. לדוגמה, באלבומו של טיילור One Man Dog בשנת 1972, הסולו של ברקר בקטע "Don't Let Me Be Lonely Tonight" משלים את הכלים האקוסטיים האחרים והקולות המעטים. באלבומו של סיימון Still Crazy After All These Yearsבשנת 1975, הסולו של ברקר בקטע על שמו קרוי האלבום משמש לאפקט דומה. הסולואים שלו ממוקמים לעיתים קרובות בגשר, או מסופחים כקודה. שילוב זה של מבנה מוזיקלי ותזמור מאפיין (ויש שיגידו מגדיר) את סגנון ג'אז-רוק פיוז'ן זה. עוד שיתופי פעולה ראויים לציון בג'אז וברוק כוללים עבודה עם סטילי דן, לו ריד, דונלד פייגן, דייר סטרייטס, ג'וני מיטשל, אריק קלפטון, בילי ג'ואל, ג'ון לנון, אירוסמית', דן פוגלברג, פרנק סינטרה, פרנק זאפה, ברוס ספרינגסטין, ופארליאמנט-פאנקדליק.
במהלך תחילת 1980, ברקר היה חבר בלהקת הסאטרדיי נייט לייב של NBC. ניתן לראות אותו ברקע במשקפי שמש בעת הפרודיה על ג'יימס בראון של אדי מרפי. לאחר תפקיד שותף מוביל בהרכב האול-סטארס סטפס אהד עם מייק מניירי, הוציא ברקר את אלבום הסולו הראשון שלו בשנת 1987. אלבום זה מסמן את חזרתו לזירת הג'אז המסורתי, המבוסס על בי בופ ופוסט-בופ מובנה עם נגיעות של ג'אז חופשי ואת כישרונו כמלחין. בתקליטים ובהופעות העוקבות ניגן בכלי נגינה אלקטרוני המופעל על ידי אוויר ננשף (EWI - Electronic Wind Instrument , כלי נשיפה אלקטרוני). תקליטיו והופעותיו כמוביל הרכב בשנות התשעים ובשנות ה-2000 זיכו אותו בפרסי גראמי רבים, בהכרת הביקורת ובפופולריות רבה בקרב הקהל. חלק מהפרויקטים שלו היו מחוות לענקי הג'אז כג'ון קולטריין ומיילס דייוויס. ב-1991 חבר לג'ו לובנו ודייב ליבמן ללהקת "פסגת הסקסופון" (Sax Summit), הרכב שיועד להבלטת נגינה וירטואוזית ו"חקירת המוזיקה של ג'ון קולטריין".
בעת הופעה בפסטיבל בשנת 2004 חש כאב חד בגבו. הוא הובהל לבית חולים ואובחן כחולה בסוג של לוקמיה מיאלואידית חריפה (שהתפתחה מ-MDS - ראשי תיבות של Myelodisplastic Syndrome). הוא קיבל טיפולי כימותרפיה וניסה להמשיך להקליט ולהופיע. ב-23 ביוני2006 הופיע יחד עם הרבי הנקוק בקרנגי הול. הייתה זו הופעתו האחרונה. חצי שנה לאחר מכן נפטר.
למייקל ברקר היה קשר חם ומיוחד עם מדינת ישראל. ברקר היה מבין הראשונים להענות לבקשתו של דני גוטפריד, מנהלו האמנותי של פסטיבל ג'אז בים האדום באילת להופיע בפסטיבל הראשון ב-1987, הוא היה האמן הידוע והמוערך ביותר שנענה ועשה זאת בהתנדבות. הדבר בא לידי ביטוי גם כאשר בשנת 1996 מיעטו אמנים בינלאומיים מובילים לאשר הגעתם לפסטיבל, מפחד מהמצב הביטחוני. גם אז התגייסו האחים ברקר, הופיעו בפסטיבל והשפיעו על אחרים להגיע. בשנת 2000 הופיע בפסטיבל יחד עם דייב ליבמן בראש תזמורת חיל האוויר.
בשנת 2005 התקשרה אשתו של ברקר לדני גוטפריד וביקשה לגייס עבור ברקר תרומת מח עצם, כיוון שהוא היה זקוק לתרומה מיהודי אשכנזי וכזו לא נמצאה עבורו בארצות הברית. גוטפריד נענה ובסיוע עזר מציון העמיד ניידת תרומה בפסטיבל להתרמה מן הצופים[2].