עיקר מפעלו הספרותי הוא ספר מצות קטן אותו כינה 'עמודי גולה' שמטרתו לתת ספר הלכה מעשי לפשוטי העם. רבי יצחק פעל רבות להפצת ספרו ברחבי קהילות אשכנז ואכן כתבי היד הרבים של הספר והעתקתו בתוך סידורי התפילה מלמדת על תפוצתו הרחבה. בנוסף חיבר תוספות לתלמוד וכתב תשובות ופסקים[2].
תלמידו המפורסם רבנו פרץ כתב הערות רבות על ספרו הסמ"ק והן משובצות במהדורות הנדפסות.
כונה גם "רבי יצחק בעל החוטם"[3] (כינוי המופיע כבר בתלמוד הבבלי (תענית כט, א) ומתפרש כתואר של כבוד[4]). יש אומרים שהסיבה בגינה זכה בכינוי זה היא משום שהיה לו חוטם גדול[5], או מכיוון שעל חוטמו צמחו שערות[6].