אביו ודודו היו מנהיגי קהילת רומא. אחיו הם: רבי משה בן אברהם (פייטן, ממנו ידועות לנו שתי סליחות שחיבר על שריפת התלמוד בפריז), רבי בנימין בן אברהם - המפורסם שבאחים, ר' יחיאל בר אברהם, והוא עצמו היה צעיר האחים. ר' צדקיה חי מרבית ימיו ברומא, עיר משפחתו, אבותיו ורבותיו.
מרבותיו היה גם בן משפחתו רבינו שבתי בן רבי שלמה מן הענוים (סביב ה' אלפים-ה'ק'), מחבר פירוש על שאילתות דרב אחאי. בספרו מביא ר' צדקיה פסקים רבים מרבי ישעיה דטראני (הרי"ד).
את הספר "שיבולי הלקט" חיבר ר' צדקיה לא מוקדם משנת 1244 (הנזכרת בספר) ולא יאוחר משנת 1260 (שנתו המתוארכת של כתב יד של הספר שהגיע אלינו).
המקובל ר' אברהם אבולעפיה סיפר כי בשהותו ברומא ב-1280 (לרגל עלייתו לפגוש את האפיפיור) לימד את הספר מורה נבוכים לשני הרבנים הישישים של העיר, האחד מהם הוא רבי צדקיה (השני הוא ר' ישעיה, כנראה ריא"ז), והוא מעיד כי הם נפטרו זמן קצר לאחר מכן.
לפי הסברה המקובלת, לא היו לרבי צדקיה ילדים.
לקריאה נוספת
הקדמה לספר 'שבלי הלקט', חלק שני, מאת הרב שמחה חסידה, מכון ירושלים, ירושלים תשמ"ח