בשנת 1948 יצחק יעקב נישא לשולמית גרייזמן אותה הכיר במסגרת שרותם בפלמ"ח בחטיבת הראל ולהם 2 בנות רוני וטלי.
לאחר מלחמת העצמאות, עבר את קורס המג"דים הראשון בצה"ל. למד ארבע שנים הנדסת מכונות בפקולטה להנדסת מכונות בטכניון ולאחר שנתיים בתעשייה האזרחית, שב בשנת 1955 לשרת בצה"ל במחלקת אמצעי לחימה, תחת פיקודו של עמוס חורב. ב-1956 הפך למפקד סדנה שעסקה בהסבת טנקים ישנים לטנקי מערכה. בתחילת שנות ה-60, יצא ללימודים ב-MIT, וב-1963 התמנה לראש מחלקת אמל"ח (אמצעי לחימה) באג"ם, בדרגת אלוף-משנה. ב-5 בספטמבר 1968 החליף את עמוס חורב בתפקיד סגן המדען הראשי של מערכת הביטחון[1]. ב-1972 מונה לראש יחידת המחקר והפיתוח של מערכת הביטחון, בדרגת תת-אלוף. סיים את שירותו בצה"ל בשנת 1973. בגזר הדין במשפטו תואר: ”הנאשם שירת בצבא בתפקידים רגישים וייחודיים, והיה אחד משותפי הסוד הבודדים בעניינים מסוימים, הקשורים לידיעות הסודיות שהורשע במסירתן. הנאשם היה המדען הבכיר ביותר בצבא, והאחראי על פיתוח מערכות נשק, עד לשחרורו מצה"ל בשנת 1973”. לפי הסאנדיי טיימס הוא מילא תפקיד חשוב בשלבים המוקדמים של פיתוח תוכנית הגרעין הישראלית[2].
במרץ 2001, לאחר שהגיע לישראל למסיבה לרגל יום הולדתו ה-75, נעצר יעקב עד תום ההליכים, בטענה למסוכנות וחשש להימלטות[7]. את החקירה נגדו ניהל השב"כ[8]. בכתב האישום שהוגש בעקבות המעצר יוחסו ליעקב עבירות של מסירת ידיעה סודית ללא סמכות בכוונה לפגוע בביטחון המדינה, לפי סעיף 113(ב) לחוק העונשין, מסירת ידיעה סודית ללא סמכות, לפי סעיף 113(א) לחוק (כיום סעיף 113א לחוק) ומסירת ידיעה בכוונה לפגוע בביטחון המדינה, לפי סעיף 112(א) לחוק. על פי כתב האישום פעל יעקב בארבע דרכים שבהן מסר ידיעות סודיות בשלושה תחומים שונים:
בשנת 1997 החל בכתיבת ספר עלילתי ובו כלולות הידיעות הסודיות. טיוטות אחדות של הספר העביר ל-18 אנשים וגורמים שונים בארצות הברית. במכתב שנלווה לטיוטות ציין כי הספר מבוסס על אירועים אמיתיים, ונכתב כספר עלילתי על-מנת להימנע מהצורך בקבלת אישור של השלטונות בישראל לפרסומו[9].
בשנת 1998 החל בכתיבת ספר זכרונות שנכללו בו הידיעות הסודיות. גם טיוטות של ספר זה הועברו לשישה אנשים בארצות הברית. בסוף 1999 הוזהר יעקב על ידי מערכת הביטחון כי המידע שכלל בספר אסור בפרסום[9].
בשנת 1999 מסר יעקב את הידיעות הסודיות לאזרח ישראלי המתגורר בארצות הברית[9].
בסוף שנת 2000 ובתחילת שנת 2001, העניק ריאיון לעיתונאירונן ברגמן. כחצי שנה לאחר מכן הוסרט הריאיון לתוכנית טלוויזיה. גם בראיונות אלה נכללו הידיעות הסודיות[9].
הידיעות שנחשפו כללו "ידיעות כמוסות לרבות בנושא הגרעין, שהיו ידועות למתי מעט גורמים בצה"ל"[10]. יעקב טען להגנתו ש"הידיעות הסודיות" שאליהן מתייחס כתב האישום אינן סודיות. טענה זו נדחתה על ידי בית המשפט, שהדגיש "קיים הבדל תהומי בין פרסומים ממקורות זרים או ישראליים על ידי חוקרים או עיתונאים לבין פרסום מפי האדם אשר היה אחראי לפיתוח אמצעי לחימה בצה"ל. פרסום שכזה יהיה בידי האויב ידיעה, להבדיל מהערכה, ויספק לו אישור מוסמך לידיעות שכבר יש בידיו, או להערכות המצויות בידיו"[11].
בית המשפט ציין כי יעקב חשף את הידיעות הסודיות כאשר חש כי זו אולי ההזדמנות האחרונה שלו לפרסם את חלקו בנושא, וכדבריו: "עכשיו זה הסיבוב האחרון שלי, ואני לא אחכה עד שהשטן יסיים לספור עד עשר".
בית המשפט קבע כי יעקב לא פעל מתוך כוונה לפגוע בביטחון המדינה לא רק במובן זה שהוא לא חפץ להשיג תוצאה זו, אלא שהוא גם לא צפה אפשרות שכזו בדרגת הסתברות של ודאות קרובה, וציין:
אין ספק בעיני כי הנאשם, אשר הקדיש את מרבית שנותיו לחיזוק ביטחון המדינה, לא היה פועל כפי שפעל לו סבר כי קיימת אפשרות קרובה לוודאי לפגיעה ממשית בביטחון המדינה. הנאשם אמנם התרשל בצורה חמורה והזניח קשות את חובתו לשמור על הסודות הרגישים ביותר שהופקדו בידיו בתקופת שירותו הצבאי, אף שהיה מודע לכך שבעיני מערכת הביטחון קיימת חשיבות עליונה שלא לחשוף סודות אלו. אך הנאשם לא פעל מתוך מודעות מלאה לנזק הממשי שעלול להיגרם לביטחון המדינה כאפשרות קרובה לוודאי, שכן הוא עצמו, מבחינה סובייקטיבית, היה משוכנע אז – ועודנו משוכנע כיום – כי שום נזק של ממש לא היה נגרם לביטחון המדינה מחשיפת הסודות. אמנם ניתן לתהות כיצד אדם במעמדו של הנאשם, כבעל ניסיון רב שיש לו בתחומים הנדונים, איננו מסוגל להבין את הנזקים הממשיים שהתנהגותו עלולה לגרום. אך אי אפשר להתווכח עם תחושתו והבנתו הסובייקטיביות של הנאשם, שהן הקובעות לעניין היסוד הנפשי בעבירות הדורשות כוונה מיוחדת של פגיעה בביטחון המדינה.
במאי 2002, יעקב זוכה בשתי העבירות החמורות יותר שיוחסו לו[12], והורשע בעבירה הקלה מבין אלה שיוחסו לו, של מסירת ידיעה סודית ללא סמכות, לפי סעיף 113(א) לחוק העונשין, והתביעה דרשה לגזור עליו מאסר בפועל[13]. אך הוטל עליו עונש של שתי שנות מאסר על תנאי, לאחר ששהה במשך כשנה בכלא ניצן[14], ואחר כך במעין מעצר בית במלונית "אפרופו" שבתל השומר, עד למתן גזר הדין[דרוש מקור]. בגזר הדין הובאה בחשבון תרומתו העצומה של יעקב למדינה, ובין השאר כתבה בו השופטת שרה סירוטה: "כה רב השפע שהשפיע הנאשם בנתיבים שסלל, רעיונות שהגה, תלמידים שהקים בשמשו כפרופסור אורח באוניברסיטת באר-שבע - כל אלה קידמו את המדינה מבחינה טכנולוגית למקום שרק מעצמות גדולות עומדות". עוד ציינה השופטת: "להבדיל מקרבן עבירה שיכול לזעוק זעקתו ולהגיש תלונה, המדינה איננה יכולה להקים קול זעקה כשפוגעים באינטרסים שלה, והיא זקוקה להגנה, ועל כן מחמירים בתי המשפט בעבירות שפוגעות בציבור. אך בנסיבות עניננו אותה מדינה שלמענה היה מוכן הנאשם למסור את נפשו ואף הגיש לה מגש כסף בהבאת משקיעים לפיתוח הטכנולוגיות בארץ, אילו יכלה לומר דבר לעניין העונש הייתה בוודאי אומרת: הניחוהו!"
משפטו של יעקב נערך בדלתיים סגורות, ורק חלקים מפסק הדין הותרו לפרסום.
בתביעה אזרחית שהגיש משרד הביטחון נגד יעקב, דרש המשרד מיעקב סכום של 1,661,406 ש"ח שהוציא על אבטחתו בעת ששהה במעצר בית במלונית "אפרופו". תביעה זו נדחתה, תוך שהשופט טל שחר מציין: "טוב היה לה שלא תוגש, משתוגש"[15].
לאחר המשפט
יעקב הביע דעתו על גורמי הצנזורה בישראל במכתב למערכת "הארץ"[16], בו כתב, בין השאר:
מלמ"ב (הממונה על הביטחון במשרד הביטחון) קובע מהו סוד ומה פוגע בביטחון המדינה, ומלמ"ב ממונה על הבולשת שמתפקידה לתפוס עבריינים הפוגעים בביטחון המדינה. החתול לא רק שומר על החלב. הוא גם קובע מה זה חלב.
בשנת 2009 יצר הבמאי ניר טויב, במימון ערוץ 8, רשת והקרן החדשה לקולנוע וטלוויזיה, סרט תיעודי על הפרשה בשם "ממלכת הסוד". הסרט מציג את התגייסות המערכת הביטחונית להגן על הסוד אותו חשף יעקב ועל כשלים במערכת המשפט כאשר הנושא הוא ביטחוני[17]. הסרט הוקרן בערוץ 2 ב-12 בספטמבר 2010.
ב-13 במרץ2012 הגיש יעקב תביעת לשון הרע בגובה מיליון שקל נגד כתב מעריבבן כספית. בכתב התביעה נאמר כי "מאז מעצרו החל כספית בפרסום ידיעות וכתבות שכללו פרסומים משמיצים, התאפיינו בהצגה חלקית של העובדות, תוך ניצול העובדה שקוראיו אינם מכירים את פרטי הרשעתו וטיבה של הידיעה הסודית ושמוטל צו איסור פרסום על חלקים נכבדים מתוך הכרעת הדין, בייחוס ליצה כוונות לפגיעה בביטחון במדינה ובהשוואתו לעבריינים שהורשעו בביצוע עבירות חמורות של בגידה וריגול.
כך, למשל, באחד הפרסומים כותב כספית: 'פולארד יושב על פחות מזה. במדינה שלנו הכל אפשרי ויצה הופך עכשיו מאדם בזוי שהיה מוכן למכור את המדינה שלו כדי לקבל כבוד, לסוג של גיבור'. בפרסום אחר כותב עליו כספית: 'בארצות הברית גורלו היה מר מגורלו של פולארד. במדינות אחרות ייתכן שהיה מסיים מול כיתת יורים. רק אצלנו הוא הפך לגיבור תרבות'".
במאמר שפרסם הפרשן הצבאייוסי מלמן לאחר פטירתו של יעקב[18], עולה כי הגילויים עליהם נשפט נגעו להיערכות בישראל, בתקופת הכוננות שקדמה למלחמת ששת הימים, לאיום בהפעלת נשק גרעיני או הפעלתו כמוצא אחרון אם ישראל תיקלע לעמדת הפסד וסכנת השמדה בעימות הצפוי - מבצע שמשון. מלמן הסתמך על פרסומים זרים וספרים על הנושא, ולדבריו מתברר כי על רקע החששות לגורל המדינה בתקופת הכוננות נתקבלה ההחלטה לערוך הכנות ולהעמיד לכשירות מבצעית את פצצת הגרעין שהצליחה ישראל לפתח עד אז.
לדברי מלמן לא ברור אם הדיון בו נתקבלה ההחלטה נערך בידיעה או באישור של ראש הממשלה לוי אשכול. לדבריו מי שהיה אחראי לנושא הוא הרמטכ"ל לשעבר, רב-אלוף (מיל') צבי צור, שהיה אז עוזר שר הביטחון ועמד בראש ועדה מצומצמת שעסקה בסוגיה. מלמן מצטט את דברי צור שאמר, בעדות שפורסמה לאחר מותו על ידי העיתונאי אמיר אורן ב"הארץ", כי "לא שמישהו חשב לעשות משהו. הדרג הפוליטי לא עסק בזה והדרג הטכני שאני הייתי חבר בו היה (צריך) לבדוק מה מצבנו, ואם אפשר לעשות משהו, זה הכל. אחרי יום הסתבר שלא צריך לבדוק. אבל ביום הראשון בדקנו"[19]. לצד צור ויצחק יעקב השתתף בדיונים גם אלוף-משנה (מיל') יובל נאמן.
מלמן מדגיש כי מי שדחף באותם ימים להבלטת היכולת הגרעינית של ישראל היה שמעון פרס, אז חבר הכנסת מטעם סיעת רפ"י, שימים אחדים לפני המלחמה הצטרפה לממשלת הליכוד הלאומי. לדברי מלמן, המסתמך על דברי הביוגרף של פרס, מיכאל בר-זוהר, ב-1 ביוני1967 הציע פרס "לבצע ניסוי גרעיני הפגנתי, שיציג בפני הערבים והעולם את עוצמתה של ישראל", אך הצעתו נדחתה.
הבדיקה וההכנות לשמישות נעשו על ידי רפא"ל שמהנדסיה עבדו מסביב לשעון בשבועות שלפני המלחמה. במקביל הצטווה מפקד סיירת מטכ"ל, סגן-אלוףדב תמרי, להכין צוות של היחידה, שיוטס במסוק לחצי האי סיני ויישא עמו "חפץ", שלא הוסבר לו מהו. הכוונה הייתה, ככל הנראה, שהלוחמים יניחו את ה"חפץ" – המתקן הגרעיני הראשון של ישראל – על הר גבוה בסיני.
מלמן הדגיש כי על פי העדויות והאזכורים המעטים הקיימים בנושא, הכוונה הייתה לאיים בהפעלת המתקן כדי להרתיע את מצרים. לדברי מלמן אפשר שגם דובר על הפעלת המתקן, כמוצא אחרון, אם צבא מצרים יפעיל במלחמה נשק כימי או ביולוגי או יפציץ בטילים מרכזי אוכלוסייה וישראל תעמוד בפני סכנת הכחדה. מלמן מצטט את דברי יצחק יעקב בספרו, כי "אף לא פעם אחת, לשנייה אחת, לא עלה בדעתי, שאמצעי ההרתעה הפרימיטיבי שהכנו יבוא לידי שימוש אם נאצר לא יפעיל את טיליו".