במהלך לימודיו בישיבת הכותל הושפע מהרב חיים ישעיהו הדרי, ונקשר באופן מיוחד לרב אביגדר נבנצל והפך לתלמידו המובהק. כתב את השיחות השבועיות שהעביר הרב נבנצל, ושמרן בקלסרים. ד"ר יצחק ארנסט נבנצל - אביו של הרב אביגדר, פנה לרב יוסף בבקשה לערוך את השיחות ולהוציאן לאור. גם הרב משה צבי נריה, שהתארח בביתו של הרב יוסף וראה את קלסרי השיחות, עודדו להוציאן לאור.
בשנת ה'תשמ"ח יצא לאור הכרך הראשון בסדרת שיחות הרב נבנצל - זמנים: "שיחות לראש השנה", ובשנת ה'תשנ"ז יצא הכרך השני "שיחות ליום הכיפורים". שני הספרים תורגמו לאנגלית ולצרפתית.
בין השנים ה'תשמ"ט עד ה'תשס"ב יצאו "שיחות לספר בראשית", "שיחות לספר שמות", "שיחות לספר ויקרא", "שיחות לספר במדבר" ו"שיחות לספר דברים". הרב נבנצל בדק כל שיחה אחרי עריכתה, ואישר את הנוסח. הסדרה זכתה להצלחה רבה בזכות סגנון העריכה המיוחד אותו חידש הרב יוסף.
סדרת השיחות נמכרה עד כה (ה'תשע"ט) בכ-160,000 עותקים.
התורה המשמחת ואורו של עולם
בשנת ה'תשנ"ח הוציא יחד עם אשתו רות את הספר "התורה המשמחת", ביוגרפיה על רבי שלמה זלמן אוירבך, רבו המובהק של הרב נבנצל. לצורך העבודה על הספר הפסיק את עבודתו בישיבה למשך שנה וראיין מאות אנשים. הספר תרם לתחושת חיבור ואחדות בין הציבור החרדי והדתי לאומי, בזכות אישיותו של הרב אוירבך שהיה מקושר לכל הזרמים. להגברת הדיוק והאמינות, יש בספר רק סיפורים מ"כלי ראשון", וארבעה ממקורבי הרב אוירבך בדקו אם כל סיפור אכן תואם להשקפת עולמו המרכזית של הרב בנושא: שניים מבניו - הרב ברוך והרב אברהם דב אוירבך; נכדו של הרב - אהרון גולדברג, והרב נבנצל - תלמידו המובהק.
ספר זה נמכר עד כה (ה'תשע"ט) בכ-30,000 עותקים. בעקבות הוצאת הספר העביר הרב יוסף כ-250 הרצאות ברחבי הארץ.
ב-2014 יזם והפיק סרט בשם "התורה המשמחת"[2] העוסק באישיותו של הרב אוירבך שביים הרב זאביק הראל[3].
בשנת ה'תשס"ט הוציא את ספר ההמשך, "אורו של עולם" ובו כ-400 סיפורים נוספים.
כולם שבים הביתה
ב-2001 הוציא לאור ספר ילדים בשם "כולם שבים הביתה", גרסה יהודית-תורנית לספר "לאסי חוזרת הביתה". הספר מספר על הדוד אלישע המתחיל תהליך של חזרה בתשובה בעקבות קלטת שקיבל בצומת, ומשולב בסיפורה של הכלבה קוקי החוזרת גם היא הביתה, לילדי משפחת כהן. לפני הדפסת הספר, קראו אותו הרבנים מרדכי אליהו ואביגדר נבנצל, והוסיפו בו משלהם.
חקרי לב
כאשר התגורר בשכונת בית וגן, התוודע לרב אריה לייב היימן, תלמיד של הרב אהרון קוטלר. בין השנים ה'תשס"ד - ה'תשע"ד הוא ערך ועיבד את תורתו בסדרת הספרים "חקרי לב" - מאמרים וגילויים בפרשיות השבוע ע"פ שיחות של הרב היימן. בסדרה זו יצאו לאור 4 כרכים: כרך על ספר בראשית, כרך על ספר שמות כרך על ספר ויקרא, במדבר ודברים, וכרך לחגים ולימי מועד.
סוד הנישואין
בשנת ה'תשס"ה כתב יחד עם הרב נבנצל את החלק הראשון של הסדרה "סוד הנישואין". הספר משווה את הקשר הזוגי בין איש לאשתו לקשר בין כנסת ישראל והקדוש ברוך הוא. בעקבות כך החל לכתוב טור שבועי בעלון השבת "תלמי גאולת עם ישראל" ובעקבות כך התוודע לתופעת הרווקות בציבור הדתי. כמו כן פרסם טורים בעלון "מעייני הישועה".
בשנת ה'תשס"ט הוציא את "סוד הנישואין בפרשת השבוע", ספר המשך הערוך לפי פרשיות השבוע.
ארגון עין טובה
בשנת ה'תשס"ז התייעץ עם הרב מרדכי אליהו בנושא, ובעקבות כך הקים את עמותת "עין טובה"[4]. בין פעילויות הארגון: הכשרה מקצועית והסמכה לשדכניות/ים, וצירופם לעבודה בחמ"ד מול בוגרי/ות מגיל 24 ומעלה; שבתות וערבי מפגש לפו"פ, קידום מיזם רכזת ל"ב מטעם רשות מקומית שתפקידה לקדם את נישואי הצעירים שגדלו בעיר, ועוד.
בשנת ה'תש"ע החל לעסוק יחד עם אשתו כשדכן מקצועי בתשלום מראש, דבר שלא היה מקובל בציבור הדתי לאומי והחרדי באותה תקופה[5]. מאז שנת ה'תש"ע משמש לצד אשתו כשדכן של מכללה ירושלים. במסגרת המכללה בנה בשנת ה'תשע"א את הקורס לשדכנות בן 120 שעות אקדמיות, כולל עבודה מעשית[6][7]. כיום הקורס נקרא הקורס להקמת משפחה במסגרת מכללת הרצוג[8]. הרב יוסף מנחה את הקורס, ומרצות בו בין השאר ד"ר חנה קטן, הרבנית אהובה צוקרמן ועוד. בוגרי ובוגרות הקורסים משמשים כשדכנים במגזר הפרטי והציבורי.
בשנת ה'תשע"ו בעקבות פגישה עם בכירים בחינוך ממלכתי דתי - ביניהם אברהם ליפשיץ וראשי אולפנות, קידם הקמת תקן חדש בחמ"ד: רכזת ל"ב ח"ן (ליווי בוגרות חיי נישואין) המסייעת לבוגרות (מגיל 24 ומעלה) להקים משפחה[9].