מטרת המיזם היא לשפר את לימוד הגמרא וליצור הבנה משמעותית יותר בסוגיה הנלמדת. מטרת המיזם לפתור בעיות בלימוד הגמרא כגון: שפה זרה, חוסר בסימני פיסוק וניקוד, מהלכים ארוכים וסבוכים, קושי בהבחנה בין סוגיות ובין מקורות. בעוד עם כל קושי בפני עצמו ניתן להתמודד, הרי שכל הקשיים יחד מייאשים פעמים רבות את הלומד.
כבר לפני יותר ממאה שנה כתב על בעיה זו הרב אברהם יצחק הכהן קוק "הגורם היותר גדול להכבדת ההבנה של התלמוד, הוא היותו מסור לנו כמו שהוא, בלי סימני הפסק ויתר הסימנים המטעימים ומקילים את ההבנה. הרבה חלמנו שיבוא זמן וימנה החסרון הזה. ואור חדש יאיר על שמי התלמוד"[4]. הרב חיים דרוקמן כתב ברוח דברים אלו של הרב קוק דברי שבח על מהדורת גמרא סדורה[3]. המיזם שואף לפיתוח עצמאות בלימוד, השקעה בתוכן ובמשמעות, ראיית הסוגיה במבט כולל, מודעות לדמויות התנאים והאמוראים, כלים לבניית הזיכרון, הספק גדול יותר בלימוד הגמרא וכן יצירת גמרא "ידידותית" ללומד, לימוד נוסח הגמרא עצמה, ולא פרשנות מתווכת.
מטרת הוצאת הגמרא בנוסחה זו היא לשם נתינת כלים ללומד, שאמורים להביאו להבנה בהירה, מהירה ויסודית יותר של הסוגיה. בלי לוותר על עמל הלימוד, אך לתעל את העמל להבנה ולמשמעות. כחלק מדרכים לתעל את הלימוד הגמרא מחולקת לסוגיות ובתוך כל סוגיה ישנה חלוקה לפסקאות. כמו כן הגמרא מנוקדת, ומפוסקת ושמות הדוברים מודגשים. בנוסף גופנים שונים מבהירים את מקורות הגמרא: מתי מצוטט פסוק, ומתי מקור תנאי (משניות, ברייתות, תוספתות).
בנוסף לכך, גמרא סדורה הודפסה בהתאם לכלל תוכניות הלימודים של בתי הספר של החינוך הממלכתי דתי והחינוך העצמאי. ה'גמרא סדורה' היא חלק מספרי לימודי המאושרים בבתי ספר יסודי בתושב"ע ותלמוד[8].
צוות "גמרא סדורה"
מלבד הרב ווינט, שותפים בפרויקט צוות של אברכים ורבנים, בהדרכתם ובייעוצם של רבנים ומחנכים ובעיקר הרב שמואל אריאל, ראש כולל הלכה בישיבת ההסדר ירוחם. עד לפטירתו בשנת תש"פ הרב דוד פוקס, מחשובי רבני ישיבת נתיב מאיר ליווה את הפרויקט. בהכנת המהדורה משתתפים נקדנים ולשונאים מקצועיים, בהדרכתו ובהכוונתו של ד"ר יחיאל קארה.
