ישנן מספר סברות ותאוריות[2][3] הטוענות למוצא הג'חנון וכיצד הגיע ליהודי עדן שבדרום תימן; כגון מתיישבים יהודים שהגיעו מאסיה הקטנה עם הגעת העות'מאנים גם לתימן; או, לחלופין, מאז הגעת מתיישבים יהודים ממגורשי ספרד ופורטוגל; או יהודים הודים שהתיישבו בעדן. הג'חנון לא היה בתפריט של יהודי צנעא וגם לא בתפריטם של יהודי צפון תימן.[2][4].
בתימן הכינו את בצק הג'חנון מקמח מלא ו "סָאמְנֶה" - חמאה מזוקקת, שעובד וקופל מספר פעמים ליצירת בצק עלים (יחד עם מעט סוכר ומלח). לאחר יצירת השכבות הרבות, מגלגלים את הג'חנון לקוטר של כ-3 ס"מ. אופים אותו בתוך סיר באפייה איטית - בטמפרטורה נמוכה של פחות מ-100 מעלות צלזיוס במשך 8 עד 12 שעות. לעיתים, לשם העשרת הטעם, שמים בסיר גם סילאן.
במטבח הישראלי אוכלים את הג'חנון במהלך כל השבוע, אם כי ישנן מכירות מרובות על-ידי משפחות מסורתיות שונות המייצרות ומוכרות את הג'חנון לסועדים שונים, בעיקר בבוקר ימי שבת, ללקוחות שהזמינו מהן מראש.