Co golpe de Estado do 18 de xullo de 1936 pasou a colaborar inmediatamente cos sublevados, e ocupou a xefatura dunha autodenominada Guardia Cívica, que se dedicou a incautar locais dos sindicatos obreiros e organizacións agrarias de Pontevedra, participando en torturas e decenas de asasinatos.[2][3] Participou tamén na detención do deputado Ignacio Seoane Fernández, nos sucesos de Salcedo (12 de decembro de 1936) e na operación na que resultaron mortos Ángel Matilde Migueles e o "escapado" Manuel González Fresco, O Fresco (1937). Nese mesmo ano a Guardia Cívica foi disolta. En total, está considerado responsábel da morte de 20 persoas e da detención de 30 máis. Ascendido ao grao de capitán médico de complemento dentro do corpo de Sanidade Militar, Lis Quibén proseguiu o resto da guerra incorporado ao exército franquista. Terminada a contenda abandonou a política, dedicándose ao exercicio da profesión médica e á investigación etnográfica na que xa publicara algún traballo nos anos da Segunda República, paradoxalmente iniciada na Revista Nós.