En 1787 ingresou no corpo de Infantaría de Mariña, actuando, aínda ben novo, en Tolón, Francia, e na Batalla de Trafalgar (1805), sendo ascendido a sarxento. No inicio da guerra da Independencia, Morillo estaría presente na batalla de Bailén, valéndolle a súa actuación o ascenso a capitán. Foi logo enviado a Galicia, pola Xunta Suprema Central.
Morillo, como militar, actúa nas comarcas miñotas da actual provincia de Pontevedra, onde se incorpora as guerrillas alí combatentes, con mandos como Cachamuíña, chegando a obter o grao de coronel. Participa logo no cerco de Vigo, cidade que é reconquistada o 28 de marzo de 1809. Despois acode ao cerco de Tui, e máis tarde ao de Santiago de Compostela, que se toma en maio dese mesmo ano. Apenas dous meses logo Morillo dirixe a vitoria de Ponte Sampaio, do 7 ao 8 de xuño de 1809, na que cae derrotado o xeneral Ney.
Coas tropas napoleónicas xa en franca retirada de Galicia, Morillo sae para Castela. En 1813 participa na batalla de Vitoria.
En América
Volto a España Fernando VII, Morillo, xa xeneral, é destinado a Hispanoamérica en 1814. O seu comportamento alí é cualificado de duro e brutal. Morillo toma Cartaxena de Indias e Santa Fe, obtendo vitorias sobre Simón Bolívar e Nariño, sendo quen de recuperar o dominio español sobre o antigo vicerreinado de Nova Granada. Porén foi derrotado por Bolívar en Boyacá. Ante o cariz adverso que tomaban os acontecementos, Morillo recibe instrucións desde España para que entre en negociacións cos insurrectos. As conversas rematan co Armisticio de Trujillo (1820). Nese mesmo ano regresa a España, onde o rei Fernando VII, o recompensará outorgándolle os títulos de conde de Cartaxena de Indias e marqués de la Puerta.
Últimos anos
O pronunciamento de Rafael del Riego, que instaura o liberalismo (Trienio liberal), parece decantar a Morillo do lado liberal, mais a entrada do duque de Angulema e os "Cen mil fillos de San Luís" mostra un Morillo colaborador cos absolutistas, perseguindo os liberais: vitorias de Compostela e Ponte Sampaio, toma da Coruña e Vigo. Porén ao retomar Fernando VII o poder absoluto, Morillo termina por exiliarse en Francia. En 1832, con todo, Morillo é nomeado capitán xeneral de Galicia, posto desde o cal emprenderá a represión contra o carlismo. Así e todo en 1836, pasa de novo a Francia, por motivos de saúde.