Naceu nunha vila da Galicia austríaca, seu pai era un funcionario austríaco, xefe da administración da rexión de Chodorów, Franz Balzer e súa nai Antonina Kloss, procedía dunha familia xermano-austríaca. Comezou a súa educación aos 6 anos na escola alemá da súa vila natal, e logo continuou na Real e Imperial Escola Exemplar Católica Romana de Lviv para pasar tras a súa graduación ao Real e Imperial Ximnasio Francisco Xosé desa capital, onde en 1878 aprobou con éxito o exame de fin de secundaria.[1] Nese mesmo ano comezou a estudar na Facultade de Dereito da Universidade de Lviv. Pasou o seu cuarto ano de estudos na Universidade Iaguelónica de Cracovia (1881-1882), onde coñeceu a Michał Bobrzyński, Stanisław Smolka e Władysław Abraham. O 13 de marzo de 1881, elixírono vicepresidente do Salón de Lectura Académica de Lviv.[2] En novembro de 1883 recibiu unha bolsa para estudos adicionais en Berlín. En 1885 defendeu a súa tese de doutoramento, Geneza Trybunału Koronnego. O 4 de febreiro de 1885 leu a tese de habilitación: Sądy kapturowe w Polsce. No semestre de verán de 1885 comezou a dar conferencias na Universidade de Lviv como profesor asistente de dereito privado polaco. En maio de 1887, nomeárono profesor extraordinario na Universidade de Lviv.[3] En 1890 converteuse en profesor titular de dereito privado polaco e de historia do dereito polaco e alí exerceu ata a súa morte en 1933. Entre os seus alumnos estivo, entre outros, o despois profesor Przemysław Dąbkowski. Foi editor da publicación académica histórica Kwartalnik Historyczny entre 1891 e 1894.[4] Dende 1891 foi tamén director dos arquivos municipais de Lviv e durante o curso 1895–1896 foi reitor da Universidade de Lviv.
En 1902, representou[5] ao goberno de Galicia na famosa disputa entre Galicia e Hungría arredor do lago Morskie Oko nas montañas Tatra. Esta vista tivo lugar ante o tribunal arbitral de Graz. Apoiado por moitas personalidades destacadas daquel período, incluído o conde Władysław Zamoyski, propietario, entre outros, de Zakopane, o doutor Aleksander Mniszek-Tchorznicki de Sanok como xuíz e xefe da delegación. Balzer gañou este proceso e levou ao establecemento do límite dentro do Imperio nos montes Tatra entre Galicia e Hungría acorde coas expectativas da sociedade polaca. A demarcación establecida naquel momento segue vixente como a fronteira internacional entre Polonia e Eslovaquia.
Foi o fundador en 1901 e presidente durante moito tempo da Sociedade Científica de Lviv, membro de varias ducias de institucións científicas polacas e foráneas, como a Academia de Coñecemento[6] e a Academia Polaca de Coñecemento de Cracovia (1888) , Academia de Ciencias de Praga, San Petersburgo, Sofía, Zagreb, Sociedade Científica de Varsovia, Sociedade de Amigos das Ciencias de Poznań, Vilnius, Przemyśl. Membro de honra da Sociedade do Museo Nacional Polaco de Rapperswil dende 1898, da Sociedade Histórica de Lviv. Pertenceu tamén á Sociedade Arqueolóxica de Moscova, a Sociedade Histórica da Universidade de San Petersburgo, a Sociedade de Historia e Antigüidades Rusas en Moscova e foi membro correspondente da Academia Imperial de Ciencias de San Petersburgo. Pertenceu á Sociedade de Amigos de Ossolineum, e legou á súa biblioteca a súa colección de libros e manuscritos.[7] Era doutor honoris causa polas universidades de Lviv (1903), Carolina de Praga (1909), Varsovia (1921), Poznań (1926) e Vilnius (1928).
Durante a Primeira Guerra Mundial, a principios de 1915 en Viena, pasou a ser membro do Comité dos Arquivos de Guerra Polacos.[8] Foi membro da Comisión Constitucional-Sejm do Consello Provisional de Estado (1917). Despois de Polonia recuperar a independencia, emitiu a súa opinión, entre outras cousas, sobre o escudo polaco, o nome da moeda polaca (era partidario do zloty) e defendeu o termo "República de Polonia". No crítico agosto de 1920, o Consello de Defensa do Estado ofreceulle o cargo de presidente do Tribunal de Defensa do Estado. En 1921 foi o primeiro historiador polaco en recibir a Orde da Aguia Branca.
Investigou a estrutura estatal e administrativa de Polonia na Idade Media e a historia do dereito eslavo. Entre as súas obras máis recoñecidas[9] está a Genealogia Piastów que publicou en 1895 sobre a xenealoxía da familia real polaca dos Piast, con moita información dos matrimonios dinásticos dos principes e reis polacos cos Rurícovich. A súa obra Regestr złoczyńców grodu sanockiego: 1554–1638, é unha valiosa fonte sobre as bandas de ladróns campesiños en zonas dos Cárpatos no séculos XVI e XVII.
Está soterrado no cemiterio de Lychakiv en Lviv.[10]