Despois de graduarse, Thaçi cursou estudos de posgrao sobre Historia de Europa Suroriental no Departamento de Relacións Internacionais da Universidade de Zürichh. Durante a súa etapa universitaria, foi un dos líderes estudantís albaneses, e o primeiro estudante presidente da Universidade de Pristina paralela, creada en 1989 como ruptura coa Universidade de Pristina por mor do boicot dos albaneses de Kosovo ao novo estatuto imposto por Slobodan Milošević a Kosovo e Metohija.
UÇK e guerra de Kosovo
A principios da década de 1990 foi membro da resistencia pasiva contra Belgrado. Ante a falta de resultados, fundou canda a outros membros o Exército de Liberación de Kosovo (UÇK). A pesar da fundación do Partido Democrático de Kosovo, o UÇK seguiu utilizando a violencia e a intimidación a rivais políticos para manter o control da rexión. Condenado por un tribunal serbio a 22 anos de cárcere por actos de terrorismo, refuxiouse en Suíza, onde rematou estudos de Ciencias Políticas. Trala Guerra de Kosovo apareceu na conferencia de Rambouillet (1999), postulándose como líder dos negociadores albanokosovares, co apoio dos EUA.
Eleccións de 2007
Nas eleccións kosovares do 17 de novembro de 2007 o PDK venceu co 34 % dos votos, pactando coa Liga Democrática de Kosovo (do Presidente Fatmir Sejdiu). A participación nos comicios foi especialmente baixa por mor do boicot da minoría serbia. Hashim Thaçi garantiu a súa intención de declarar a independencia de Kosovo o 10 de decembro, día fixado pola ONU para a fin das negociacións con Serbia. Foi proclamado Primeiro Ministro o 9 de xaneiro de 2008.
Malia que o 19 de novembro de 2007 a Unión Europea advertira a Thaçi e os seus aliados albaneses que non levasen a cabo a declaración de independencia sen realizar antes unha consulta, o 17 de febreiro de 2008 declarou unilateramente a independencia da República de Kosovo, co recoñecemento inmediato dos Estados Unidos, a condena por parte de Rusia e división na UE[5].