En 1949 regresou a España e comeza a traballar como profesor do Departamento de Instalacións da ETSAM. No ano 1968 logrou a cátedra de Proxectos e entre os anos 1981 e 1983 foi director da dita Escola. Tras xubilarse con 67 anos continuou como profesor emérito desta.
Compaxinou a súa actividade docente coa profesional. Foi colaborador de Romany na construción de vivendas sociais e no estudio de Manuel Cabeñes.
Mestre de arquitectos dende a Universidade e dende o seu estudio polo que pasaron entre outros Francisco Alonso, Rafael Moneo (1956-1961) ou Juan Daniel Fullaondo. Considérase unha das figuras máis relevantes de arquitectura española, foi un creador polémico e arriscado, con obras discutidas que o final acabaron converténdose en símbolos.
Teoría da arquitectura
Sáenz de Oiza definía a Arquitectura como:
Unha actividade artística impulsada pola potencia do creador capaz de espertar emocións.
Un xogo lúdico, referíndose a parte de aventurarse ó enfrontamento co enigma.
Aventurarse ó descoñecido, a un camiño ou proceso non percorrido cunha actitude ilusionada e forte.
Sen liberdade non hai obra de arte.
Obras destacadas
Santuario da Nosa Señora de Arantzazu (1950-1954), situado en Oñati (Guipúscoa), proxecto onde coñece a Jorge Oteiza, edificio de formigón, pedra e aceiro.
Edificio Torres Blancas de Madrid (1961-1969). Edificio de 71 metros de altura, cunha concepción de cidade xardín vertical, onde se busca unha nova estrutura espacial para edificios en altura mediante unha formulación non convencional do programa.
Torre do Banco de Bilbao edificio de 107 metros de altura coa fachada de aceiro e cristal, situado no complexo financeiro e comercial AZCA de Madrid, (1971-1978).
Fullaondo Errazu, Juan Daniel (1991). La bicicleta aproximativa: conversaciones en torno a Sáenz de Oiza. Madrid: Kain Editorial. ISBN ISBN 84-87828-00-0..
Sáenz de Oiza, Javier; Capitel, Antón e Sáenz Guerra, Javier (1996). Javier Sáenz de Oiza, arquitecto. Madrid: Ediciones Pronaos, S.A. ISBN 84-85941-28-4..
Alberdi Jimenez, Rosario e Sáenz Guerra, Javier (1996). F.J. Sáenz de Oiza, arquitecto: libro-estudio. Madrid: Ediciones Pronaos, S.A. ISBN 84-85941-32-2..
Alberdi Jimenez, Rosario (1996). Cinco proyectos de vivienda social en la obra de Javier Sáenz de Oiza. Madrid: Ediciones Pronaos, S.A. ISBN 84-85941-24-1..
Cánovas Alcaraz, Andrés (2000). Banco de Bilbao, Saénz de Oiza. Madrid: Universidad Politécnica de Madrid. Escuela Técnica Superior de Arquitectura. Departamento de Proyectos Arquitectónicos. ISBN 84-922352-8-4..
Climent Guimerá, Federico e Carbonero Malbertí, Jaume (2001). J. Sáenz de Oiza: Mallorca, 1960-2000, proyectos y obras. Palma: José J. de Olañeta, Editor. ISBN 84-7651-978-8..
El croquis 32/33 Francisco Javier Sáenz de Oiza 1947 - 1988. El Escorial:El croquis editorial. 2002. ISBN 84-88386-24-9..