En 1980, pour défendre des objecteurs de conscience à qui le statut a été refusé, des personnalités bravent la loi qui réprime l'hébergement d'un assujetti recherché pour insoumission et le revendiquent. Yves Boisset est partie prenante de cet engagement[1],[2],[3].
Ayant enquêté sur les massacres de membres de l'ordre du Temple solaire pour son film Les Mystères sanglants de l'OTS, il a été entendu comme témoin de la défense lors du procès du chef d'orchestre franco-suisse Michel Tabachnik[6]. Il eut également un moment le projet de réaliser un documentaire consacré à l'affaire des « torturées d'Appoigny » (ou « affaire Dunand »), mais semble avoir mis fin à ses recherches du fait de pressions[7].
En 2011, il publie son autobiographieLa Vie est un choix.
↑A. A., « Accueil public d'objecteurs à Lyon », Libération,
↑B.V.D., « "Recel d'insoumis" public à Saint-Genis-Laval », Le Progrès,
↑Alain Desmaris, « Transgression hier à Saint-Genis-Laval Mais les gendarmes ont fait semblant de ne pas voir les insoumis », La Dernière Heure lyonnaise,
↑AFP, 26 octobre 2006 : « Le cinéaste Yves Boisset a affirmé vendredi devant la cour d'appel de Grenoble que les enquêteurs travaillant sur l'ordre du Temple solaire (OTS) et la "tuerie-suicide" en 1995 de seize adeptes de cette secte dans une forêt du Vercors avaient négligé le côté "politico-mafieux" de l'affaire », sur prevensectes.me.