L'équipage a entamé la phase d'approche malgré la mauvaise visibilité et les vents violents, entraînant une forte déviation de l'appareil vers la droite de l'axe d'approche. L'équipage n'a pourtant pas interrompu l'atterrissage et déclenché une remise des gaz, mais a tenté de corriger leur trajectoire tout en poursuivant la descente vers la piste.
À 1 km de la piste et à seulement 66 pieds (20 m) au-dessus du sol, l'équipage a décidé d'effectuer une remise de gaz, mais le MD-82 a continué à perdre de l'altitude, puis sa queue a heurté le tarmac, avant que l'avion ne sorte de la piste à grande vitesse et ne s'arrête prés d'un étang. Le fuselage s'est brisé en 3 morceaux sous la violence du choc. Deux personnes ont été tuées et dix autres sérieusement blessées.
Enquête
L'enquête a révélé que l'équipage du vol 5398 a enfreint la procédure d'approche standard à l'aéroport de Fuzhou, et ne s'est pas suffisamment bien coordonné avec les contrôleurs aériens. La cause principale de l'accident a été jugée comme étant le non-respect des procédures standard, conduisant à une série d'erreur de pilotage.