Après une croisière inaugurale le long de la côte ouest, il rejoint les Salomon en août et transporte des avions dans le Pacifique Sud, avant de rejoindre le VC-21 pour effectuer des missions de combat. Navire amiral de la division, il participe aux frappes aériennes de pré-invasion sur Peleliu et Angaur[1], dans les Palaos, appuyant la force d'invasion aérienne lors du débarquement le [2].
L'USS Marcus Island sous attaques kamikazes au large de Leyte en octobre/novembre 1944.
Le mois suivant, il participe à des opérations soutenant l'invasion des Philippines à Leyte, au duquel il participe à la bataille de Samar et endommage le croiseur lourd japonais Chikuma, revendiquant ainsi cinq avions japonais abattus. Le lendemain, le , ses avions participent à la destruction du croiseur Kinu et du destroyer Uranami en mer de Visayan[2].
En novembre, le Marcus Island est attaqué par plusieurs kamikazes pendant l'invasion de Mindoro. Quelques-uns sont abattus par la défense antiaériennes mais deux s'écrasent près de la proue à bâbord et à tribord, causant des dégâts mineurs et plusieurs victimes.
Entre la fin de l'année 1944 et début de 1945, il soutient l'invasion américaine de Mindoro et de Luçon, dans les Philippines. Alors qu'il traverse la mer de Mindanao le , l'un de ses avions bombarde un sous-marin japonais, plus tard coulé par le Taylor. Trois jours plus tard, ses avions détruisent quatre avions ennemis lors de combats aériens. Il rejoint ensuite le golfe de Lingayen où il participe au débarquement amphibie qui débute le . Trois jours plus tard, ces mêmes avions coulent deux petits navires côtiers ennemis au nord du golfe Lingayen, le long de la côte de Luçon[2].
Après ces opérations, le Marcus Island cède sa fonction de navire amiral de la division à Ulithi le , rôle qu'il reprend deux jours plus tard lorsqu'il est nommé navire amiral de la 24e division de porte-avions du contre-amiral Felix Stump[2].
Embarquant les escadrons VC-87 et VCO-1, l'USS Marcus Island opère dans les îles Ryukyu de fin mars à fin pour soutenir l'invasion d'Okinawa, effectuant au cours de cette période 1085 missions aériennes. Ses pilotes ont détruit 11 avions japonais en vol et 13 autres au sol, pilonné les aérodromes, les emplacements d'armement, les dépôts de ravitaillement et les points de rassemblements des troupes ennemies.
Lors de ses dernières missions de la guerre du Pacifique, il joue un rôle de logistique, transportant des avions et des hommes à travers l'océan Pacifique[2]. Après la guerre, il effectue plusieurs voyages supplémentaires dans le Pacifique pour ramener les vétérans aux États-Unis dans le cadre de l'opération Magic Carpet. Amarré à Boston, dans le Massachusetts, pendant la majeure partie de 1946, il est retiré du service en , vendu pour démolition en et démoli au Japon quatre mois plus tard[3].
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