Pendant les 15 mois suivants, le Halligan est affecté à des missions d’escorte, à des patrouilles anti-sous-marines et à des bombardements de plusieurs têtes de plage. Le en fin d'après-midi, le destroyer opère dans des eaux peu profondes à environ cinq kilomètres au sud-est de Mae-shima, au large de la côte d'Okinawa, lorsqu'il heurte une mine qui explose ses deux magasins. Désemparé, l'ordre d'abandon est donné et le navire est abandonné vers 19 h 30, le laissant à la dérive au large d'Okinawa. 162 membres d'équipage ont péri dans le naufrage.
Le Halligan échoué sur l'île de Tokashiki (mars 1945).
Sa poupe s'échoua sur un récif de l’île de Tokashiki et fut inspectée par des équipes de sauvetage de l'US Navy. Considérée comme irrécupérable, l'épave fut dépouillée puis abandonnée. En 1958, elle fut vendue au gouvernement de la préfecture de Ryukyus puis mise au rebut.
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