Le secrétariat est établi en tant que dicastère de la curie romaine, tel que défini dans la constitution apostoliquePastor Bonus. Placé sous l'autorité directe du pape, il est chargé de mettre en œuvre, conformément aux orientations définies par le conseil pour l'économie, les politiques de contrôle économique et budgétaire des structures et des activités administratives et financières des dicastères de la curie romaine, des institutions liées au Saint-Siège et de l'État de la Cité du Vatican. Il met également en œuvre les politiques et les procédures d'acquisitions et d'attribution des ressources humaines. Il est dirigé par un cardinal-préfet qui « collabore avec le secrétaire d’État ». Le préfet est assisté d'un prélat secrétaire général.
Lors de la promulgation, le , le pape nomme en même temps comme premier préfet du secrétariat, le cardinal George Pell[6]. Le suivant, il nomme son secrétaire particulier MgrAlfred Xuereb, comme secrétaire général[7].
Le , le secrétariat pour l'économie s'installe dans la tour Saint-Jean[8].
Dans le prolongement du motu proprio fidelis dispensator et prudens le pape en publie un second le par lequel il modifie les articles 172 et 173 de Pastor Bonus et abroge les articles 174 et 175. Ces changements ont pour but de transférer au secrétariat pour l'économie, la section ordinaire de l'Administration du patrimoine du siège apostolique (APSA) chargée de la l'administration des biens du Saint-Siège. L'APSA ne conserve plus que les missions précédemment dévolues à sa section extraordinaire et qui sont celles d'une banque centrale[9].
Le , le cardinal-préfet Pell publie un manuel sur les politiques de gestion financière prévu pour entrer en vigueur le , qui doit aider les dicastères de la curie dans l'élaboration de leurs bilan financier. Ce document a été approuvé par le Conseil pour l'économie et le pape François[10].
Les statuts du secrétariat pour l'économie sont publiés avec ceux du conseil pour l'économie et du service du réviseur général le . Ces statuts ont été approuvés sous la forme d'un motu proprio par le pape le et entrent en vigueur à compter du [11],[12].
Le , le motu proprio I beni temporali du pape François en date du sur une réforme des relations entre le secrétariat pour l'économie et l'APSA, le texte abroge notamment l'article 17 des statuts du secrétariat[13].
Direction
Depuis la publication des statuts le , les membres de la direction du secrétariat sont tous nommés ad quinquennium. La direction est composé d'un préfet dirigeant et représentant le secrétariat. Celui-ci est assisté d'un prélat secrétaire général chargé d'aider le préfet dans la section sur le contrôle de la vigilance, et d'un prélat secrétaire pour la section administrative[14].
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