En 2019, il rejoint la franchise des Jaguares qui évolue en Super Rugby[5],[6]. Il ne joue cependant aucune rencontre lors de sa première saison. Il fait ses débuts en Super Rugby la saison suivante, le contre les Hurricanes[7].
Fin , il rejoint le Stade toulousain en tant que joker médical, un poste auquel manquent alors notamment Sofiane Guitoune et Lucas Tauzin[8],[9]. Il connait sa première titularisation pour Toulouse le formant une paire de centre argentine avec son coéquipier en équipe nationale Juan Cruz Mallía, pour le match de Top 14 contre le RC Toulon[10]. Plus tard la même saison, il est titulaire durant la finale du Top 14 remportée face au Stade rochelais[11]. En , il prolonge son contrat jusqu'en 2023[12].
Début , il est opéré du genou gauche, après une blessure au ligament antérieur, le rendant indisponible près de six mois. Il manque alors la première moitié de saison 2022-2023[13]. Il fait son retour sur les terrains en début d'année 2023 et monte en puissance petit à petit jusqu'à gagner sa place de titulaire pour les phases finales du championnat[14], alors qu'il était en concurrence avec Pierre-Louis Barassi, Sofiane Guitoune et Pierre Fouyssac pour la deuxième place de titulaire au poste de centre, la première étant prise par Pita Ahki[15]. Les Toulousains terminent à la première place de la saison régulière, se qualifiant donc en demi-finale où ils battent largement le Racing 92 sur le score de 41 à 14 et retrouvent donc le Stade rochelais en finale, comme en 2021[16],[17]. En finale comme en demi-finale, il est titulaire au centre accompagné par Ahki, puis est remplacé en seconde période par Barassi[18]. Dans un match très serré, il inscrit le premier essai de la rencontre après une interception, puis Toulouse s'impose en fin de match et l'emporte 29 à 26[19],[20]. Santiago Chocobares remporte donc le bouclier de Brennus pour la deuxième fois de sa carrière. À l'issue de cette saison, il prolonge son contrat avec le Stade toulousain de deux ans, soit jusqu'en 2026[21].
Le , il est remplaçant avec le Stade toulousain en finale de la Champions Cup face au Leinster[22]. Il entre en jeu dès la 24e minute à la place de Pita Ahki blassé. Les Toulousains s'imposent 31 à 22 après les prolongations face aux Irlandais, et remportent ainsi le sixième titre de champions d'Europe du club[23],[24]. Un mois plus tard, il est titulaire en finale du Top 14 contre l'Union Bordeaux Bègles, étant préféré à Paul Costes qui a joué la phase finale de Champions Cup en tant que titulaire[25]. Les Toulousains l'emportent 59 à 3, plus large score de l'histoire en finale du championnat de France[26].
En , il est sélectionné dans un groupe de 48 joueurs pour préparer la Coupe du monde 2023[32]. Le , il est annoncé au sein du groupe final de 33 joueurs retenu pour disputer la Coupe du monde en France[33]. Il joue cinq matchs lors de la compétition, tous comme titulaire[2].