RhGB01

RhGB01
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Classification
Domaine Riboviria
Ordre Nidovirales
Sous-ordre Cornidovirineae
Famille Coronaviridae
Sous-famille Orthocoronavirinae
Genre Betacoronavirus
Sous-genre Sarbecovirus
Espèce SARSr-CoV

forme

Bat SL-CoV RhGB01
 

Le virus RhGB01 est une souche de coronavirus associé au SRAS (espèce SARSr-CoV), qui a été identifié en 2020 dans des échantillons de chauves-souris Rhinolophus hipposideros dans le Somerset et le Monmouthshire au Royaume-Uni.

C'est le premier Sarbecovirus découvert chez une chauve-souris dans l'Ouest de l'Europe[a]. La protéine spiculaire de ce coronavirus est identique à 81 % à celle du SARS-CoV-1 et à 77 % à celle du SARS-CoV-2. Elle n'est toutefois pas capable de se lier au récepteur ACE2 humain et ne présente donc pas en l’état de risque de produire une zoonose humaine[1],[2].

Position phylogénétique

L'arbre phylogénétique des souches de coronavirus de l'espèce SARSr-CoV est le suivant :



Bat CoV BtKY72[3]



Bat CoV BM48-31[4]



Bat CoV RhGB01[5]






SARSr-CoV JL2012 et Rf4092[6]




SARSr-CoV YN2013, Rp3, HKU3 etc.[6]




SARSr-CoV LYRa11[7]





SARSr-CoV WIV1



SARSr-CoV RsSHC014




SARS-CoV-1 (agent infectieux du SRAS)








Rc-o319, Rhinolophus cornutus, Iwate, Japon[8]





SL-ZXC21, Rhinolophus pusillus, Zhoushan, Zhejiang[9]



SL-ZC45, Rhinolophus pusillus, Zhoushan, Zhejiang[9]





SARSr-CoV-GX, Manis javanica, Asie du Sud-Est[10]




SARSr-CoV-GD, Manis javanica, Asie du Sud-Est[11]





RshSTT182, Rhinolophus shameli, Stoeng Treng, Cambodge[12]



RshSTT200, Rhinolophus shameli, Stoeng Treng, Cambodge[12]





RacCS203, Rhinolophus acuminatus, Chachoengsao, Thaïlande[13]



RmYN02, Rhinolophus malayanus, Mengla, Yunnan[14]





RaTG13, Rhinolophus affinis, Mojiang, Yunnan[15]



SARS-CoV-2 (agent infectieux de la Covid-19)









Notes et références

Notes

  1. ↑ Un sarbécovirus, le BM48-31, a été identifié en Bulgarie en 2008 chez Rhinolophus blasii.

Références

  1. ↑ Julie Kern, « Un nouveau coronavirus découvert en Angleterre », Futura Santé, (consulté le ).
  2. ↑ DOI 10.1038/s41598-021-94011-z
  3. ↑ DOI 10.1016/S0140-6736(20)30251-8
  4. ↑ DOI 10.1128/JVI.00650-10
  5. ↑ DOI 10.1038/s41598-021-94011-z
  6. ↑ a et b DOI 10.1186/s44149-021-00005-9
  7. ↑ DOI 10.1038/s41586-020-2012-7
  8. ↑ Shin Murakami, Tomoya Kitamura, Jin Suzuki, Ryouta Sato, Toshiki Aoi, Marina Fujii, Hiromichi Matsugo, Haruhiko Kamiki, Hiroho Ishida, Akiko Takenaka-Uema, Masayuki Shimojima et Taisuke Horimoto, « Detection and Characterization of Bat Sarbecovirus Phylogenetically Related to SARS-CoV-2, Japan », Emerging Infectious Diseases, vol. 26, no 12,‎ , p. 3025–3029 (DOI 10.3201/eid2612.203386)
  9. ↑ a et b Hong Zhou, Xing Chen, Tao Hu, Juan Li, Hao Song, Yanran Liu, Peihan Wang, Di Liu, Jing Yang, Edward C. Holmes, Alice C. Hughes, Yuhai Bi et Weifeng Shi, « A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein », Current Biology, vol. 30, no 11,‎ , p. 2196–2203.e3 (DOI 10.1016/j.cub.2020.05.023)
  10. ↑ Tommy Tsan-Yuk Lam, Na Jia, Ya-Wei Zhang, Marcus Ho-Hin Shum, Jia-Fu Jiang, Hua-Chen Zhu, Yi-Gang Tong, Yong-Xia Shi, Xue-Bing Ni, Yun-Shi Liao, Wen-Juan Li, Bao-Gui Jiang, Wei Wei, Ting-Ting Yuan, Kui Zheng, Xiao-Ming Cui, Jie Li, Guang-Qian Pei, Xin Qiang, William Yiu-Man Cheung, Lian-Feng Li, Fang-Fang Sun, Si Qin, Ji-Cheng Huang, Gabriel M. Leung, Edward C. Holmes, Yan-Ling Hu, Yi Guan et Wu-Chun Cao, « Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins », Nature, vol. 583, no 7815,‎ , p. 282–285 (DOI 10.1038/s41586-020-2169-0)
  11. ↑ Ping Liu, Jing-Zhe Jiang, Xiu-Feng Wan, Yan Hua, Linmiao Li, Jiabin Zhou, Xiaohu Wang, Fanghui Hou, Jing Chen, Jiejian Zou et Jinping Chen, « Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (SARS-CoV-2)? », PLOS Pathogens, vol. 16, no 5,‎ , e1008421 (DOI 10.1371/journal.ppat.1008421)
  12. ↑ a et b (en) Vibol Hul, Deborah Delaune, Erik A. Karlsson, Alexandre Hassanin, Putita Ou Tey, Artem Baidaliuk, Fabiana Gámbaro, Vuong Tan Tu, Lucy Keatts, Jonna Mazet, Christine Johnson, Philippe Buchy, Philippe Dussart, Tracey Goldstein, Etienne Simon-Lorière et Veasna Duong, « A novel SARS-CoV-2 related coronavirus in bats from Cambodia », sur bioRxiv, (DOI 10.1101/2021.01.26.428212), p. 2021.01.26.428212
  13. ↑ S Wacharapluesadee, CW Tan, P Maneeorn, P Duengkae, F Zhu, Y Joyjinda, T Kaewpom, WN Chia, W Ampoot, BL Lim, K Worachotsueptrakun, VC Chen, N Sirichan, C Ruchisrisarod, A Rodpan, K Noradechanon, T Phaichana, N Jantarat, B Thongnumchaima, C Tu, G Crameri, MM Stokes, T Hemachudha et LF Wang, « Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia. », Nature Communications, vol. 12, no 1,‎ , p. 972 (PMID 33563978, PMCID 7873279, DOI 10.1038/s41467-021-21240-1)
  14. ↑ H Zhou, X Chen, T Hu, J Li, H Song, Y Liu, P Wang, D Liu, J Yang, EC Holmes, AC Hughes, Y Bi et W Shi, « A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein. », Current biology : CB, vol. 30, no 11,‎ , p. 2196-2203.e3 (PMID 32416074, DOI 10.1016/j.cub.2020.05.023)
  15. ↑ « Addendum: A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin », Nature, vol. 588, no 7836,‎ , E6 (PMID 33199918, DOI 10.1038/s41586-020-2951-z, lire en ligne)