Les virus de cet ordre expriment leurs protéines structurelles séparément de leurs protéines non structurelles. Les protéines structurelles sont codées du côté 3’ et sont exprimées à travers un ensemble d'ARN sous-génomiques. Ces virus codent une protéase principale avec une à trois protéases accessoires qui interviennent essentiellement dans l'expression du gène de l'ARN polymérase ARN-dépendante. Ces protéases sont responsables de l'activation ou de l'inactivation de protéines spécifiques au moment adéquat au cours du cycle de vie du virus afin d'assurer la bonne réplication du virus.
↑(en) Antoine A. F.de Vries, Marian C. Horzinek, Peter J. M. Rottier et Raoul J. de Groot, « The Genome Organization of the Nidovirales: Similarities and Differences between Arteri-, Toro-, and Coronaviruses », Seminars in Virology, vol. 8, no 1, , p. 33-47 (DOI10.1006/smvy.1997.0104, lire en ligne)
↑(en) D. A. Brian et R. S. Baric, « Coronavirus Genome Structure and Replication », Current Topics in Microbiology and Immunology, vol. 287, , p. 1-30 (PMID15609507, DOI10.1007/3-540-26765-4_1, lire en ligne)