Le nord du pays est principalement peuplé d'Haoussas, qui sont majoritairement de confession musulmane. Les autres grands groupes ethniques de cette partie du pays sont les Nupe, Tiv, et les Kanuri. Les Yorubas sont l'ethnie dominante du sud du pays, ils sont musulmans pour plus de la moitié, chrétiens pour environ un quart, le reste suivant généralement une religion ancestrale. Enfin le sud-est du pays est dominé par les Igbos majoritairement chrétiens. Il y a aussi de nombreux agnostiques, concentrés surtout au centre, et au sud du pays, et ils sont enregistrés dans la catégorie "Autres" dans les statistiques. Les athées sont plus rares, mais ils sont présents au Nigeria. Il y a aussi des Baha'is et des Ahmadis (l'ahmadisme représente 3 % des musulmans du Nigeria en 2018), deux courants dissidents de l'islam qui ne sont généralement pas considérés comme des musulmans par les autres musulmans.
La répartition globale des religions au Nigeria est la suivante[1],[2] :
L'influence des Églises évangéliques sur la vie politique et culturelle du Nigeria est si importante que certains chercheurs présentent le pays comme une « République pentecôtiste ». Nombre d'hommes d'affaires et de hauts fonctionnaires sont issus de ce courant, tandis que l'affiliation religieuse devient un critère déterminant lors des recrutements au sein de l'appareil de l’État. En période électorales, les candidats, y compris musulmans, courtisent ces églises. Olusegun Obasanjo s'était tout particulièrement appuyé sur l'électorat évangélique pour revenir au pouvoir en 1999. Cette pénétration par les Églises évangéliques de toutes les sphères du pouvoir s'est poursuivit sous les présidences de Umaru Yar'Adua (2007-2010), de Goodluck Jonathan (2010-2015) et de Muhammadu Buhari (depuis 2015)[4].
L'islam est la religion du pays. 53,5%[19] de la population est musulmane (tandis que 45,9 % est chrétienne). Cela représente environ 109 millions de musulmans, majoritairement sunnites de ritemalékite. Il existe aussi une minorité chiite qui représente 12 % des musulmans[20], surtout dans l'état de Sokoto. Une petite minorité de 3 % de musulmans sont ahmadis[20],[21]. Il y a aussi une petite minorité de Baha'is.
Douze États du Nord sont sous le régime de la charia.
La secte islamisteBoko Haram existe depuis le début des années 2000. Elle cherche à instaurer un État islamique appliquant la charia. Ses attaques visent les chrétiens et les musulmans considérés comme non religieux. En 2009, Boko Haram lance une insurrection armée, puis en 2015 ses dirigeants prêtent allégeance à l'État islamique. Le mouvement est à l'origine de nombreux massacres, attentats et enlèvements à l'encontre de populations civiles de toutes confessions, au Nigeria mais aussi au Cameroun, au Niger et au Tchad. Il est responsable de crimes de guerre, de crimes contre l'humanité et est classé comme organisation terroriste par le Conseil de sécurité des Nations unies le [22].
Depuis plusieurs années, le Nigeria est le théâtre de persécutions antichrétiennes de la part des musulmans. La secte islamiste Boko Haram, qui a pour objectif de faire appliquer strictement la charia dans tout le pays[23], a mené de nombreuses attaques, essentiellement dans le nord du Nigeria, qui ont fait des milliers de morts depuis la mi-2009[24].
Ces conflits étant selon le spécialiste Laurent Fourchard à relier à un problème territorial et économique (le Nigéria étant un pays pétrolier dirigé par Goodluck Jonathan lors d'une élection controversée[25]). Ainsi les discriminations et les certificats d'"indigénéité " retirés par le gouvernement local de l'époque dirigé par l'évangélique Jos du PDP, parti gouvernemental aux Haoussas, habitants musulmans des Hauts Plateaux[26].
En mai 2022, la lapidation à mort de Deborah Samuel Yakubu, étudiante chrétienne accusée de blasphème contre le prophète Mahomet par des étudiants musulmans dans l'État de Sokoto — où la charia est en vigueur parallèlement au droit commun —, est largement relayée par la presse internationale[27],[28] Des centaines de personnes manifestent à Sokoto pour protester contre l’arrestation de deux étudiants après le meurtre de l’étudiante[29].
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