Il est bordé au sud par la Grande Île, à l'ouest par le quartier de la Gare, au nord par la place de Haguenau[2] et à l'est par le quartier du Tribunal. Administrativement, le quartier des Halles s'inscrit dans l'ensemble plus vaste Gare - Tribunal[3].
À la suite d'une disette dans la ville de Strasbourg en 1817, une halle aux blés est construite en bordure du canal du Faux-Rempart le long du côté droit (en venant du quai) de la rue du Marais-Vert d'aujourd'hui, la ville disposant là de vastes terrains inoccupés. La halle est achevée en 1829[1].
Vers 1868-1870, des Strasbourgeois ont demandé au maire de couvrir la portion du fossé du Faux-Rempart située en face de la gare (entre le pont de Saverne et le pont de la Gare) afin d'y construire un marché couvert. Les habitants mettent en avant la proximité immédiate avec le chemin de fer et préconisent une halle comportant 8 entrées, construite dans le style des halles centrales de Paris. L'édifice envisagé aurait une longueur de 130 mètres et une largeur de 33 mètres pour une superficie de 4300 mètres². Le projet ne sera jamais réalisé[6].
La grande synagogue de Strasbourg est construite en 1898 sur le quai Kléber. À cet effet, la partie avant de la halle aux blés est démolie, la partie arrière conservant ses fonctions commerciales. Plus tard, la communauté juive achète la halle aux blés désaffectée pour en faire des dépendances de la synagogue. Elle sera incendiée en même temps que la synagogue par les nazis en 1941. L'espace qu'occupait la synagogue n'a jamais été reconstruit et est aujourd'hui un square, le square de l'Ancienne Synagogue.
Un poste de secours souterrain de la défense passive est construit en 1937 sous la place des Halles. Vraisemblablement jamais utilisé, il existe toujours aujourd'hui mais n'est pas accessible au public[7].
Le quartier des Halles s'articule autour de la place des Halles. Le centre commercial Place des Halles au sud-ouest de la place est un vaste ensemble immobilier à vocation tertiaire construit à la fin des années 1970. Quand le centre est construit, le tunnel Wodli - Sébastopol est percé pour relier directement la sortie de l'autoroute aux parkings du centre commercial. Ce tunnel est aujourd'hui condamné pour cause d'infiltrations d'eau. Il est finalement comblé en 2019.
Sur la place des Halles se situe la gare routière du réseau 67 et un square au nord. Un projet envisage le départ de la gare routière du site à l'horizon 2021 et son remplacement par un complexe cinématographique[8].
Non loin, rue des Bonnes-Gens, se trouvent l'institution Notre-Dame et sa chapelle, école, collège et lycée privés, ainsi que le groupe scolaire public Saint-Jean.
Une mosquée se situait jusqu'en 2012 impasse de Mai (Faubourg de Pierre). À la suite de l'ouverture de la Grande mosquée de Strasbourg, le lieu ne sert plus qu'à des activités culturelles[9].
Le rectorat de l'Académie de Strasbourg est situé rue de la Toussaint. La clinique de la Toussaint et sa chapelle sont dans la même rue. L'hôtel du Recteur est un peu plus loin le long du quai Kléber. Le rectorat annexe, rue de Bouxwiller, est plus au nord.
Sur le même quai plus à l'ouest, à l'angle de rue du Marais-Vert, le square de l'Ancienne Synagogue ainsi qu'un mémorial rappellent le passé du site.
Plusieurs hôtels se trouvent dans le quartier en raison de sa situation entre la gare et le centre historique.
Plusieurs écoles privées se sont installées dans le quartier notamment dans les anciens entrepôts de la rue des Magasins (Pigier, le campus privé d'Alsace, l'école commerciale privée, l'école supérieure d'optique).
Le quartier est très hétéroclite du point de vue architectural. Les rues du Faubourg de Saverne et du Faubourg de Pierre (la rue du Faubourg de Pierre était une ancienne voie romaine pavée d’où son nom) se composent essentiellement d'immeubles antérieurs à 1870 ou reconstruits après le siège de Strasbourg. Les boulevards et la place de Haguenau au nord ont été aménagés dans le cadre de la Neustadt tandis que le secteur de la rue du Travail date des années 1930.