En 1995, Paul Goodwin est nommé chef d'orchestre associé de l'Academy of Ancient Music et partage son temps entre l'interprétation et la direction d'orchestre, avant de se consacrer exclusivement à ses activités de chef d'orchestre. À la tête de l'Academy of Ancient Music, il se produit aux Proms et effectue des tournées en Europe, dirigeant notamment Zaide de Mozart et des œuvres de Schütz et Monteverdi[1].
Il organise des concerts réunissant des instruments anciens et de la musique contemporaine et commande plusieurs œuvres nouvelles, dont Eternity's Sunrise (créé au City of London Festival en 1998) et Total Eclipse (créé au City of London Festival en 2000) de John Tavener et une suite orchestrale de David Bedford, notamment. Goodwin se consacre également à des projets éducatifs et travaille régulièrement en Grande-Bretagne, en France et en Espagne avec des orchestres baroques et classiques d'étudiants[1].