Ovídio Pequeño commence ses études à l'Université Pacific Western(en) puis les poursuit à l'Institut de technologie de New York[1]. Il devient de 1990 à 2000 rédacteur en chef de La Voix de l'Amérique à Washington[1]. En 1998 et 1999, il est directeur du même service de diffusion en Angola[1]. Avant d'être Premier secrétaire auprès de la Mission permanente de Sao Tomé-et-Principe aux Nations unies, il occupe le poste de chef du Département de l'Information au ministère de l'Information et des Affaires culturelles[1].
Il est ambassadeur de son pays à Taïwan de au et est nommé ambassadeur aux Nations unies[1] le , ainsi que le aux États-Unis et le de la même année au Canada, jusqu'à sa nomination comme ministre des Affaires étrangères le . Il reste en fonction deux ans, connaît trois gouvernements — le VIIIe de Maria das Neves, le IXe de Damião Vaz d'Almeida et le Xe de Maria do Carmo Silveira —, avant de démissionner le [2]. En même temps que ses postes au Canada et aux États-Unis, il est ambassadeur au Brésil de 2006 à 2007 puis de 2008 à 2012[3], fonction interrompue par son retour au ministère des Affaires étrangères, du jusqu'en 2008.