Président de la République, du au , avec une interruption du 15 au en raison d'un coup d'État.
Miguel Trovoada participe à la création du Comité de libération de Sao Tomé-et-Principe (actuel Mouvement pour la libération de Sao Tomé-et-Principe – Parti social-démocrate, MLSTP-PSD) en 1960.
En 1992, des partisans et dissidents des autres formations politiques créent l'Action démocratique indépendante (ADI), parti qui le soutient et dont son fils, Patrice Trovoada, deviendra un dirigeant.
Il est arrêté le , durant un coup d'État mené par le lieutenant Manuel Quintas de Almeida, puis libéré le 18. Ayant repris le pouvoir le , il décrète l’amnistie des putschistes.
le , il est réélu avec 52,74 % des voix, face à Manuel Pinto da Costa.
En 2001, à défaut de pouvoir de se représenter comme candidat à l'élection présidentielle (la Constitution de 1990 prévoit un maximum de deux mandants consécutifs), il appuie la candidature de Fradique de Menezes, membre et député de l'Action démocratique indépendante, qui remporte l'élection.