Les 11 et , il couvre des débarquements de troupes à Legaspi (Luzon, Philippines). Il y retourne du 24 au pour couvrir d'autres débarquements dans le sud-est de l'île de Luzon.
De retour à Célèbes en , il couvre l'invasion de Makassar. Dans la nuit du , il est attaqué sans succès de deux torpilles Mark 14 tirées de l'USS Sculpin.
Le , il escorte un convoi de troupes de la 48e division pour l'invasion de Bali et de Java. Au cours de l'opération, le HMS Truant tire six torpilles qui le manquent.
Le Nagara retourne en toute sécurité au Japon le . Il ramène au cours de son voyage environ 500 blessés à Hashirajima qui sont ensuite transférés sur le navire Hikawa Maru le .
Batailles des Salomon et de Guadalcanal
Le , la 10e flottille de Destroyer est réaffectée dans la 3e flotte. Le Nagara et la Flottille partent pour Truk, dans les îles Carolines le . La Flotte comprenait les porte-avions Shōkaku, Zuikaku, Ryūjō, les cuirassés Hiei et Kirishima, les croiseurs Tone et Chikuma et les destroyers Akigumo, Makigumo, Kazagumo, Yūgumo, Akizuki, Hatsukaze, Nowaki, Amatsukaze, Maikaze, Tanikaze et Tokitsukaze.
Le , le Nagara participe à la bataille des Salomon orientales où il n'est pas endommagé. Il retourne à Truk le . Basé dorénavant sur cette île, le navire effectue plusieurs patrouilles vers les Salomon en septembre. Du 25 au , il participe à la bataille de Santa Cruz et retourne à Truk en bon état.
Lors de la bataille navale de Guadalcanal en , le navire est touché par un obus de 5 pouces (130 mm) du croiseur USS San Francisco, tuant six membres d'équipage et causant quelques dégâts à la coque. Le Nagara se retire vers l'ouest, autour de Savo, en escortant le Kirishima, lui-même remorquant le Hiei. Le Hiei fut plus tard coulé par des avions de la base de Henderson Field, des B-17 Flying Fortress d'Espiritu Santo et des bombardiers de l'Entreprise.
Le , le Nagara et ses destroyers tirent plus de 30 torpilles Type 93 sur l'USS South Dakota, mais aucune n'atteint son but. Le Nagara, non endommagé, retourne à Truk le .
Le , le Nagara devient navire amiral de la 4e flotte de Destroyer du contre-amiral Takama.
Après un retour à Maizuru pour des travaux de réaménagement fin 1942, le canon de 140 mm no 5 est retiré. Pendant les exercices d'artillerie à Saipan, il subit des dommages mineurs après une explosion accidentelle dans sa soute à carburant. Il retourne ensuite à Truk le .
En , il escorte la « Force navale Spéciale de Débarquement » Yokosuka no 2 lors de l'opération RY.
Opérations dans le Pacifique Sud
En , le Nagara escorte le porte-avions Jun'yō, transportant des avions vers Kavieng, en Nouvelle-Guinée. Pendant l'amarrage, le Nagara saute sur une mine posée pendant la nuit par des hydravions à coque australiens PBY Catalina. Malgré de légers dommages sous sa poupe, le navire continue sa mission.
Le , la 4e flottille est dissoute et le Nagara remplace le Jintsū en tant que navire amiral de la 2e flottille de destroyers de la 2e flotte du contre-amiral Shunji Isaki. Le , il est réaffecté dans la 8e flotte du vice-amiral Tomoshige Samejima. Il retourne ensuite à Maizuru où il est équipé d'un radar de recherche aérien Type 21 et quatre canons de 25 mm Type 96 en montage double.
Le Nagara (ou l'Isuzu) sous les bombes américaines à Kwajalein en décembre 1943.
Il est de nouveau modifié à l'Arsenal naval de Maizuru le . Le support du canon de 140 mm no 7 est enlevé et remplacé par un pistolet HA antidérapant de 127 mm. Les tubes lance-torpilles doubles avant et arrière sont remplacés par deux supports quadruples à l'arrière. La catapulte est remplacée par deux montures double canons Type 96 à triple montage, portant le total à 22 canons de 25 mm. Des rails de charges de profondeur sont installés dans la poupe et un ensemble d'hydrophones de Type 93 est installé à l'avant.
Le , le Nagara remplace le croiseur Tatsuta comme navire amiral de la 11e flottille de Destroyer de la Flotte combinée. Il opère dans les eaux intérieures japonaises, s’entraînant avec de nouveaux destroyers et escortant un convoi jusqu'à l'Archipel d'Ogasawara en juin et jusqu'à Okinawa en juillet. Pendant un autre aménagement à l'Arsenal naval de Yokosuka le , dix canons type 96 sont installés, portant le total à 32 canons de 25 mm. Il est équipé d'un radar de recherche de surface Type 22.
Le , alors qu'il est en transit de Kagoshima à Sasebo, le Nagara est repéré par le sous-marin USS Croaker. Stoppé à 1 200 mètres, le sous-marin tire une salve de quatre torpilles, touchant le Nagara à tribord à l'arrière. Le croiseur coule par la poupe au large des îles Amakusa à la position géographique 32° 09′ N, 129° 53′ E. Le capitaine et 348 hommes d'équipage décèdent dans cette attaque, 235 hommes d'équipage sont sauvés. Le navire est rayé des listes de la marine le .
