Après la guerre, il retourne à l'école pour étudier les dernières techniques d'artillerie navale et de torpilles, servant ensuite sur les navires Yamashiro, Yakumo et Hiei. En tant que lieutenant spécialisé dans les torpilles, il sert sur les Yubari et Sendai.
Son premier commandement est le destroyerNara à partir du . Promu lieutenant commandant un mois plus tard, il est ensuite capitaine des Kuri, Ashi, Asanagi, Yūnagi, et Shikinami. Après sa promotion au grade de capitaine en 1936, il commande le Sendai en 1938, suivi par les Mogami, Jintsu et Maya.
Il commande le 2e escadron de destroyers (DesRon2), avec comme navire amiral le Jintsu, lors de la bataille de Kolombangara contre la marine royale néo-zélandaise et la marine américaine le . Malgré une victoire japonaise, le Jintsu est touché à plusieurs reprises par des tirs et des torpilles, provoquant la mort d'Isaki et son naufrage le lendemain.
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