En 2013, il devient ministre de la Justice dans le gouvernement Ali Larayedh ; il fait partie des technocrates indépendants sollicités pour diriger plusieurs ministères régaliens, demande auparavant insatisfaite et qui avait entraîné la chute du gouvernement Hamadi Jebali[2]. Lors de son passage à la tête du ministère, plusieurs accusations de partialité le prennent pour cible et son indépendance est sévèrement remise en question[3].
Le , sa candidature est annoncée pour les élections législatives du 26 octobre : il est présenté en remplacement de Tarak Dhiab[3] et élu en tant que numéro trois de la liste d'Ennahdha dans la première circonscription de Tunis. Il y devient assesseur chargé des affaires législatives, membre de la commission de l'agriculture (-) et de la commission de législation générale (dès )[1].
Le , il démissionne du groupe parlementaire d'Ennahdha à la suite du vote par son parti de la loi sur la réconciliation administrative[4].
Vie privée
Nadhir Ben Ammou est marié et père de deux enfants[2].
Ouvrages
1996 : Le pouvoir de contrôle de la Cour de cassation
2008 : Le nantissement du fonds de commerce
2008 : Les contrats spéciaux, la vente et l'échange
2011 : Montages contractuels et droit des sociétés
2011 : Les nullités dans le Code des sociétés commerciales
2011 : La responsabilité de l'intermédiaire financier
2012 : Les transformations juridiques et institutionnelles en Méditerranée
