En 1878, le prince Lev Viktorovitch Kotchoubeï (1810-1890), francisé en Léon Kotchoubey, conseiller privé du tsar Alexandre II en 1859, s'installe à Nice avec son épouse, Élisabeth Vassilievna Kotchoubey (Ielizaveta Vasilievna Kotchoubeï (1821-1897). La princesse achète un terrain et entreprend de faire construire une villa d'inspiration Renaissance italienne d'une composition harmonieuse d'après les modèles génois et michelangelesques qui sont très en vogue à cette époque[1]. Elle pourrait être inspirée par le palais Razumovsky de Batourine en Ukraine plutôt que le palais Kotchoubey de Saint-Pétersbourg.
En 1881, la villa n'est toujours pas terminée. La princesse Kotchoubey est peut-être lassée de la lenteur de la construction car elle décide de vendre la villa en construction. Le , la villa est achetée par le riche entomologiste d'origine américaine James Livingston Thompson (ou Thomson). L'architecte niçois Constantin Scala en termine la construction[2]. Les Thompson n'ont pas ménagé leur fortune pour aménager la villa à leur goût et donnèrent leur nom à la villa. James Thompson meurt le 9 décembre 1897[3] dans cette villa. La villa est vendue en 1920 et une partie du parc est lotie.
La ville de Nice achète la villa en 1925 pour y installer son musée des Beaux-Arts. La villa transformée, qui prend alors le nom de palais des Arts, musée Jules Chéret, est inauguré en 1928[4].
Les façades à l'architecture génoise maniériste et les toitures de l'édifice sont inscrites au titre des monuments historiques par arrêté du et ont été classées par arrêté du [5].
Il est initialement constitué à partir d’un dépôt de l’État souhaité par Napoléon III après l'annexion de Nice à la France en 1860. Mais aucun local n’est prévu à cet effet. Le dépôt cohabite provisoirement avec les archives et la bibliothèque de la rue saint François de Paule. En 1892, il trouve refuge dans un immeuble en location du boulevard Dubouchage, puis en 1901 avenue Notre Dame, jusqu’à son affectation définitive dans le quartier des Baumettes[6].
Depuis 2023, le musée d'Orsay a signé un partenariat avec le musée ; ce rôle de parrain consiste en un partenariat scientifique et, vise, entre autres, à accompagner les prêts du musée sur le plan national et international.
