Son mari hérite de la couronne napolitaine en 1381, à la mort de la reine Jeanne, restée sans héritier. Après le décès de Louis le Grand, en 1385, elle est invitée à monter au trône hongrois par le parti des Horváti, s'opposant à la reine Marie et la mère de celle-ci, la reine veuve Élisabeth. Fin 1385 son mari est couronné, mais Élisabeth le fait assassiner en . Le parti des Horváti accepte alors le fils de Charles, le prince Ladislas, alors âgé de neuf ans, pour roi ; entre 1385 et 1390, pendant la minorité de Ladislas, la reine Marguerite restée veuve régente le royaume de Naples. Elle insiste à ce que ses partisans hongrois vengent la mort de son mari, ce qui se réalise bien vite : lors de la révolte des territoires méridionaux, que les reines Marie et Élisabeth tentent d'étouffer, celles-ci sont capturées par les Horváti et emmenées au château-fort de Novigrad, où la reine-mère fut, sur ordre de l'évêque Paul Horváti, étranglée en . Balázs Forgách, l'échanson-chef, assassin de Charles, eut le même sort - et sa tête - témoignant qu'il a bien été exécuté, fut envoyée à Naples, à la reine Marguerite.
Elle remet les rênes du pouvoir à son fils, le prince Ladislas, en 1390, et se retire à Salerne. Par la suite elle vit à Acquamela, où elle décède le . Elle est une femme catholique croyante, et dans les dernières années de sa vie elle entre dans le Tierce Ordre des Franciscains. Conformément à ses dernières volontés elle est ensevelie dans la cathédrale de Salerne. Son fils ne lui survit que de deux ans, duquel elle a un petit-fils extra-marital, Rinaldo di Durazzo. Sa fille, la princesse Jeanne, hérite du trône napolitain en 1414.
Luciana Mocciola, « La reine Marguerite d’Anjou-Duras et la construction d’une mémoire familiale », Mélanges de l’École française de Rome - Moyen Âge, nos 129-2, (ISSN1123-9883 et 1724-2150, DOI10.4000/mefrm.3659, lire en ligne)
