Lors de sa création, le marathon se jumelle avec la course du Mont Fuji afin de permettre aux meilleurs athlètes japonais de la discipline de venir courir en Suisse et en échange, d'attirer des coureurs étrangers au Japon[5].
En 2002, pour célébrer la dixième édition du marathon, les organisateurs décident de donner deux départs, le samedi et le dimanche, afin d'augmenter le nombre de participants limités à 4000 par jour[6],[7].
Après avoir battu le record du parcours de Sierre-Zinal en 2003, le champion du monde de course en montagneJonathan Wyatt prend pour la première fois le départ du marathon de la Jungfrau[8]. Survolant la concurrence, il s'impose en 2 h 49 min 1 s. Il établit un nouveau record du parcours en devenant le premier homme à franchir la ligne d'arrivée sous les 2 h 50. Il bat le tenant du titre Tesfaye Eticha de douze minutes[9].
L'édition 2012 accueille à nouveau le Challenge mondial de course en montagne longue distance. Celle nouvelle édition anniversaire se court à nouveau sur deux jours. Plus de 6 300 participants y prennent le départ. L'Autrichien Markus Hohenwarter décroche le titre en remportant sa deuxième victoire d'affilée. Chez les femmes, c'est l'Américaine Stevie Kremer qui s'impose[11].
La Suissesse Martina Strähl établit un nouveau record féminin du parcours en 2016 en 3 h 19 min 15 s en devenant la première femme en moins de 3 h 20[12]. Sa compatriote Maude Mathys abaisse le record à 3 h 12 min 56 s l'année suivante[13].
En 2019, le marathonien Patrick Wieser reprend la direction de l'événement[14].
En 2022, le Kényan Mark Kangogo franchit le premier la ligne d'arrivée en 2 h 59 min 16 s. Il reçoit par la suite une suspension de trois ans pour dopage subséquent à un contrôle lors de la course Sierre-Zinal[18]. Ses résultats à compter du sont annulés et sa victoire revient au Marocain Elhousine Elazzaoui[19].
Pour célébrer la trentième édition de la course en 2023, le parcours subit une modification sur les derniers kilomètres pour donner l'arrivée à Eigergletscher, la station suivante du chemin de fer de la Jungfrau. Un semi-marathon partant de Lauterbrunnen est également ajouté à l'événement[20].
Parcours
La course, d'une distance de 42,195 km, part d'Interlaken et comporte un dénivelé de 1 823 m pour atteindre l'arrivée en la station de Kleine Scheidegg.
Les premiers 10 km du parcours sont plats. La course démarre au centre de la ville d'Interlaken, circule au cœur du centre-ville avant de se diriger vers l'est vers Bönigen, où les coureurs courent brièvement le long de la rive du lac de Brienz. La course s'oriente alors vers le sud jusqu'à Wilderswil au km 10. De là, elle se dirige vers Zweilütschinen et Lauterbrunnen (à 20 km/h pour l'élite). Après Lauterbrunnen la course devient plus raide, pour monter à la station de Wengen. Puis le parcours se dirige vers le sud-est et poursuit son ascension vers Wengernalp, tournant vers l'est, puis vers le nord-est sous l'Eiger. Le parcours atteint son point le plus haut à 2 205 m au km 40, puis descend lors du dernier kilomètre jusqu'à Kleine Scheidegg à une altitude de 2 061 m[21].
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