L'histoire de Mafra est liée à celle de Rio Negro, au Paraná. En effet, avant le changement de frontière entre les deux États, les deux villes faisaient partie de la même municipalité. Jusqu'au XVIIIe siècle, vivaient dans la région des indiens botocudos. La ville se trouvait sur le chemin des tropeiros et leur servait d'étape. La colonisation proprement dite de la région fut le fait de colons européens. À partir de 1894, la frontière entre Santa Catarina et le Paraná fait l'objet d'un litige entre les deux États. Il est résolu par un accord du . Le , par décision du Tribunal Fédéral Suprême (Supremo Tribunal Federal, en portugais), l'État de Santa Catarina prend possession du territoire contesté, marquant les limites de la municipalité de Mafra, qui sera installée officiellement le de cette même année, sur la rive gauche du Rio Negro. Le nom de la municipalité est un hommage au juriste Manuel da Silva Mafra, qui défendit le Santa Catarina contre le Paraná. L'exploitation du yerba maté et du bois permet le développement de la région.
Tourisme
Mafra est mondialement connue pour sa production de miel. Peuplée de colons d'origines diverses, elle garde vivantes les traditions de habitants. L'église Nossa Senhora do Perpétuo Socorro est le lieu de culte des ukrainiens de la ville. Le pont métallique « Dr. Dinis Assis Henning », sur le Rio Negro, inauguré en 1896 est le principal monument historique de la région. Quelques particularités de la ville: les camphriers de la place Hercílio-Luz, les rues pavées de basalte et les fossiles, qui prouvent qu'il y a quelques millions d'années la région était sous les eaux. Mafra est également une destination de tourisme rural.
Événements
La ville accueille diverses manifestations au long de l'année:
la fête de São José, en mars;
la fête de Nossa Senhora do Perpétuo Socorro, traditionnelle de la communauté ukrainienne, en juin;
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