L'histoire de Papanduva commence dès la moitié du XVIIIe siècle, quand les tropeiros du Rio Grande do Sul, voyageant sur le fameux « Chemin des troupeaux » (Caminho das Tropas en portugais), emmenant leurs animaux jusqu'aux foires de São Paulo à travers la région. La localité leur servait de point de repos. Une des raisons de leur choix était l'existence dans la région d'un type particulier de pâturage, appelé papuã en portugais, et qu'ils nommaient papanduva, ce qui valut son nom à la municipalité.
Autour de 1828, les premiers habitants, venus du Paraná, s'établirent dans la municipalité et se consacrèrent à l'élevage et à l'agriculture, ainsi qu'à la collecte du yerba maté.
La colonisation proprement dite commence autour de 1880, avec l'arrivée d'immigrants ukrainiens et polonais.
